More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3974 on replicon NC_007488
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009484  Acry_2013  pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)  55.36 
 
 
794 aa  800    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2065  transketolase, central region  74.97 
 
 
801 aa  1187    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3079  transketolase central region  54.65 
 
 
784 aa  813    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3974  transketolase  100 
 
 
788 aa  1602    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.235821  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1639  Transketolase central region  65.01 
 
 
797 aa  1009    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.134803 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1529  transketolase central region  64.2 
 
 
798 aa  1046    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.634061  normal  0.848622 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0661  transketolase central region  76.76 
 
 
790 aa  1239    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.639898  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3251  pyruvate dehydrogenase alpha subunit  62.36 
 
 
798 aa  999    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.319183  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3557  transketolase protein  62.56 
 
 
795 aa  966    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2214  transketolase, central region  62.23 
 
 
798 aa  993    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.251817  normal  0.367542 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2736  transketolase, putative  76.47 
 
 
794 aa  1205    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.665908  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0214  pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)  67.69 
 
 
819 aa  1077    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2830  putative dehydrogenase  63.41 
 
 
789 aa  998    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1166  transketolase, central region  55.56 
 
 
821 aa  813    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.802626 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2952  transketolase, central region  44.92 
 
 
795 aa  576  1.0000000000000001e-163  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1946  transketolase central region  43.95 
 
 
795 aa  572  1.0000000000000001e-162  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.252675 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0632  Transketolase domain protein  42.13 
 
 
773 aa  536  1e-151  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14180  pyruvate dehydrogenase complex, dehydrogenase (E1) component  40.81 
 
 
770 aa  527  1e-148  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.585456 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5230  transketolase domain-containing protein  44.25 
 
 
789 aa  521  1e-146  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0328581  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1114  transketolase domain-containing protein  43.47 
 
 
785 aa  516  1.0000000000000001e-145  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0742084  hitchhiker  0.000721041 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1222  transketolase domain-containing protein  42.91 
 
 
785 aa  503  1e-141  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0670  Transketolase domain protein  40.25 
 
 
780 aa  486  1e-136  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2498  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  27.32 
 
 
902 aa  174  5e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.710638  normal  0.585556 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1551  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  26.33 
 
 
879 aa  171  4e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00110575  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0874  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  27.07 
 
 
891 aa  168  2.9999999999999998e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.242196  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2097  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  26.61 
 
 
890 aa  167  6.9999999999999995e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1895  pyruvate dehydrogenase complex dehydrogenase (E1) component-like  27.53 
 
 
915 aa  167  6.9999999999999995e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.148141  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3119  2-oxo-acid dehydrogenase E1 subunit, homodimeric type  26.4 
 
 
943 aa  164  7e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.304554  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5149  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  26.59 
 
 
888 aa  164  8.000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1617  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  26.28 
 
 
905 aa  161  5e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.743799  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3831  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  26.38 
 
 
900 aa  159  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1254  pyruvate dehydrogenase subunit E1  25.22 
 
 
891 aa  159  2e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4757  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  26.44 
 
 
915 aa  159  2e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3328  pyruvate dehydrogenase subunit E1  25.68 
 
 
887 aa  157  5.0000000000000005e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.973498  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1239  pyruvate dehydrogenase subunit E1  25.89 
 
 
884 aa  156  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0713  pyruvate dehydrogenase subunit E1  27.16 
 
 
912 aa  157  1e-36  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.8227  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0734  pyruvate dehydrogenase subunit E1  26.58 
 
 
898 aa  156  1e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00461526  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2792  pyruvate dehydrogenase subunit E1  24.44 
 
 
893 aa  155  2e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.215552  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1522  pyruvate dehydrogenase subunit E1  24.88 
 
 
887 aa  155  2.9999999999999998e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7191  pyruvate dehydrogenase subunit E1  26.31 
 
 
889 aa  155  4e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3972  pyruvate dehydrogenase subunit E1  27.04 
 
 
917 aa  154  5e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1461  pyruvate dehydrogenase subunit E1  24.88 
 
 
887 aa  154  5.9999999999999996e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5613  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  26.23 
 
 
891 aa  154  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.703964  normal  0.076798 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4472  pyruvate dehydrogenase subunit E1  27.23 
 
 
913 aa  154  7e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00150993 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5334  pyruvate dehydrogenase subunit E1  25 
 
 
890 aa  154  7e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0482103  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12060  pyruvate dehydrogenase subunit E1  25.52 
 
 
915 aa  154  8.999999999999999e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.00682926  normal  0.280194 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1088  pyruvate dehydrogenase subunit E1  26.01 
 
 
898 aa  153  1e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  decreased coverage  0.00000843212  normal  0.805293 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6301  pyruvate dehydrogenase subunit E1  26.01 
 
 
889 aa  152  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.931564  normal  0.0458346 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0476  2-oxo-acid dehydrogenase E1 subunit  26.19 
 
 
907 aa  152  3e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4794  2-oxo-acid dehydrogenase E1 subunit, homodimeric type  25.34 
 
 
919 aa  151  4e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2591  pyruvate dehydrogenase subunit E1  26.88 
 
 
898 aa  151  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.524735  hitchhiker  0.000249788 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2130  pyruvate dehydrogenase subunit E1  25.69 
 
 
885 aa  151  5e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3504  2-oxo-acid dehydrogenase E1 subunit, homodimeric type  26.66 
 
 
937 aa  151  5e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.526288  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0358  pyruvate dehydrogenase subunit E1  25.7 
 
 
889 aa  151  6e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1810  pyruvate dehydrogenase subunit E1  27.05 
 
 
907 aa  150  6e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.430079  normal  0.0122735 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2722  2-oxo-acid dehydrogenase E1 subunit, homodimeric type  25.79 
 
 
937 aa  150  7e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.165625  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2147  2-oxo-acid dehydrogenase E1 subunit, homodimeric type  26.22 
 
 
915 aa  150  1.0000000000000001e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1827  pyruvate dehydrogenase subunit E1  27.35 
 
 
885 aa  150  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0242412  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3752  pyruvate dehydrogenase subunit E1  25.68 
 
 
924 aa  150  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0660504  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2967  2-oxo-acid dehydrogenase E1 subunit, homodimeric type  27.2 
 
 
894 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.547445  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5820  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  26.85 
 
 
898 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0282311  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0576  pyruvate dehydrogenase subunit E1  25.54 
 
 
881 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.27136  hitchhiker  0.00128721 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3350  pyruvate dehydrogenase subunit E1  23.76 
 
 
890 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0269  pyruvate dehydrogenase subunit E1  26 
 
 
895 aa  149  2.0000000000000003e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.818226  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1745  pyruvate dehydrogenase subunit E1  27.18 
 
 
885 aa  149  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3650  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  25.6 
 
 
875 aa  148  3e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10310  pyruvate dehydrogenase subunit E1  25.3 
 
 
938 aa  148  3e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0229969 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2074  pyruvate dehydrogenase subunit E1  24.3 
 
 
884 aa  148  4.0000000000000006e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6501  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  26.29 
 
 
904 aa  147  6e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1887  pyruvate dehydrogenase subunit E1  26.72 
 
 
902 aa  147  7.0000000000000006e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3000  pyruvate dehydrogenase subunit E1  24.91 
 
 
895 aa  147  8.000000000000001e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.685258  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1644  2-oxo-acid dehydrogenase E1 subunit, homodimeric type  25.4 
 
 
921 aa  147  8.000000000000001e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0195955  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4864  pyruvate dehydrogenase subunit E1  25.54 
 
 
881 aa  146  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.195364  normal  0.376386 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2781  pyruvate dehydrogenase subunit E1  25.92 
 
 
929 aa  147  1e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1541  pyruvate dehydrogenase subunit E1  27.01 
 
 
898 aa  146  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.292704  normal  0.0677375 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12270  pyruvate dehydrogenase subunit E1  26.16 
 
 
901 aa  145  2e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00000002671  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4683  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  27.88 
 
 
891 aa  145  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.219426  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1557  pyruvate dehydrogenase subunit E1  26.07 
 
 
924 aa  145  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.20523  normal  0.0111422 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3856  pyruvate dehydrogenase subunit E1  23.87 
 
 
888 aa  145  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000907125 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5261  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  26.98 
 
 
897 aa  145  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.251337 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3913  pyruvate dehydrogenase subunit E1  23.87 
 
 
888 aa  145  3e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0367  pyruvate dehydrogenase subunit E1  25.54 
 
 
881 aa  145  4e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.867491  normal  0.136569 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3934  pyruvate dehydrogenase subunit E1  23.87 
 
 
888 aa  145  4e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.441572  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0364  pyruvate dehydrogenase subunit E1  25.71 
 
 
881 aa  145  4e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0426  pyruvate dehydrogenase subunit E1  23.63 
 
 
888 aa  145  4e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.373094  normal  0.0838359 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4054  pyruvate dehydrogenase subunit E1  23.87 
 
 
888 aa  145  4e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0880174  normal  0.600674 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0431  pyruvate dehydrogenase subunit E1  24.91 
 
 
888 aa  145  4e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.378227  hitchhiker  0.00196487 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2927  pyruvate dehydrogenase subunit E1  25.13 
 
 
886 aa  144  4e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0320949  normal  0.180637 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0339  pyruvate dehydrogenase subunit E1  25.57 
 
 
881 aa  144  5e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.684841 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3373  pyruvate dehydrogenase subunit E1  25.74 
 
 
912 aa  144  5e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3057  pyruvate dehydrogenase subunit E1  25.06 
 
 
945 aa  144  5e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.636776  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1133  pyruvate dehydrogenase subunit E1  26.09 
 
 
898 aa  144  6e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.12031  normal  0.545641 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1063  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  25.89 
 
 
906 aa  144  7e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0428  pyruvate dehydrogenase subunit E1  23.63 
 
 
888 aa  144  7e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.753679  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3599  pyruvate dehydrogenase subunit E1  23.63 
 
 
888 aa  144  7e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.172197  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0518  pyruvate dehydrogenase subunit E1  25.98 
 
 
881 aa  144  8e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0424  pyruvate dehydrogenase subunit E1  23.63 
 
 
888 aa  144  9e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3340  pyruvate dehydrogenase subunit E1  26.2 
 
 
918 aa  143  9.999999999999999e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.163158 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7491  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  25.94 
 
 
904 aa  143  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.430951  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3245  2-oxoacid dehydrogenase subunit E1  25.98 
 
 
904 aa  143  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.633638  normal  0.656536 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>