More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3953 on replicon NC_007488
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007488  RSP_3953  ABC amino acid transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
243 aa  482  1e-135  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.801361  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0343  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.82 
 
 
216 aa  115  5e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0325  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.82 
 
 
216 aa  115  8.999999999999998e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1057  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.05 
 
 
216 aa  112  4.0000000000000004e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000168875  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3522  amino acid ABC transporter permease  33.65 
 
 
293 aa  112  7.000000000000001e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0534138  normal  0.223285 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1222  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.33 
 
 
290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.312704  normal  0.133993 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1045  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  32.88 
 
 
216 aa  110  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0716  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.21 
 
 
216 aa  107  1e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.267737  normal  0.0337978 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5220  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.1 
 
 
219 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0543  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.78 
 
 
214 aa  105  6e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2765  amino acid ABC transporter permease  30.19 
 
 
596 aa  104  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.55 
 
 
598 aa  104  1e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0310843  hitchhiker  0.00101821 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3915  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.19 
 
 
301 aa  104  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0226  amino acid ABC transporter permease  30.24 
 
 
209 aa  103  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.466164  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4527  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.01 
 
 
232 aa  103  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6679  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.16 
 
 
215 aa  103  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0469  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter, permease protein EhuC  32.99 
 
 
216 aa  103  3e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6209  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.33 
 
 
229 aa  102  5e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3747  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.84 
 
 
218 aa  102  5e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6378  amino acid ABC transporter permease  33.33 
 
 
229 aa  102  5e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6611  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.33 
 
 
229 aa  102  5e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0311568 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0728  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.95 
 
 
221 aa  102  7e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000362636  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0611  amino acid ABC transporter, permease protein  29.36 
 
 
217 aa  100  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000123395  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1474  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.8 
 
 
216 aa  100  2e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2219  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.43 
 
 
596 aa  100  2e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.118848  normal  0.796256 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0691  conserved hypothetical protein, ABC transporter, His/Glu/Gln/Arg/opine family (permease protein)  29.33 
 
 
219 aa  99.8  3e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.446042  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5080  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.22 
 
 
218 aa  99.8  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2786  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.92 
 
 
596 aa  99  5e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3128  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.95 
 
 
222 aa  99  6e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0272486 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2808  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.37 
 
 
216 aa  99  6e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2943  amino acid ABC transporter permease  30.73 
 
 
219 aa  98.6  8e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.627929  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4942  amino acid ABC transporter permease  33.54 
 
 
489 aa  98.2  9e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5323  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.54 
 
 
489 aa  98.6  9e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.54 
 
 
489 aa  98.2  9e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0710  amino acid ABC transporter, permease protein  31.94 
 
 
214 aa  97.8  1e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0493  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  28.87 
 
 
218 aa  97.8  1e-19  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000976702  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0905  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.33 
 
 
218 aa  98.2  1e-19  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0518  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  29.38 
 
 
218 aa  97.1  2e-19  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.776955  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0304  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.51 
 
 
215 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0463  amino acid ABC transporter, permease  28.9 
 
 
217 aa  97.4  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0770  amino acid ABC transporter, permease protein  31 
 
 
218 aa  97.1  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3462  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.95 
 
 
216 aa  97.1  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0693  amino acid ABC transporter permease  31.31 
 
 
229 aa  97.1  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1232  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.52 
 
 
503 aa  97.4  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0615942 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3334  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.1 
 
 
217 aa  97.1  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.281722 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0709  amino acid ABC transporter, permease protein  30.15 
 
 
218 aa  96.7  3e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3084  glutamine/glutamate ABC transporter, permease protein  31.87 
 
 
219 aa  96.7  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.14393  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0553  glutamine ABC transporter permease  30.15 
 
 
218 aa  96.7  3e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.421713  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1127  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.31 
 
 
217 aa  96.7  3e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.10483  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3108  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  28.86 
 
 
214 aa  96.7  3e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5948  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.19 
 
 
213 aa  96.3  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.518149  normal  0.0212185 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4389  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.68 
 
 
266 aa  96.3  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.223267  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1471  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  28.35 
 
 
218 aa  96.3  4e-19  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000381865  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0699  amino acid ABC transporter, permease protein  31.02 
 
 
214 aa  95.9  5e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5576  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.93 
 
 
503 aa  95.9  5e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3672  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.77 
 
 
216 aa  95.5  6e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4661  amino acid ABC transporter, permease protein  31 
 
 
218 aa  95.5  6e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.128052  hitchhiker  2.19299e-21 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7088  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.81 
 
 
213 aa  95.5  7e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0724  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  28.18 
 
 
241 aa  95.5  7e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1743  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.92 
 
 
216 aa  95.5  8e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0698  amino acid ABC transporter, permease protein  29.65 
 
 
218 aa  95.1  8e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0608  amino acid ABC transporter permease  29.65 
 
 
218 aa  95.5  8e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0191188  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0552  glutamine ABC transporter permease  29.65 
 
 
218 aa  95.5  8e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1707  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.43 
 
 
219 aa  95.5  8e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0641  amino acid ABC transporter permease  29.65 
 
 
218 aa  95.5  8e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00751047  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4511  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.22 
 
 
216 aa  94.7  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0761922  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0553  glutamine ABC transporter permease  31.31 
 
 
214 aa  95.1  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000165212  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3886  amino acid ABC transporter permease  31.09 
 
 
501 aa  94.7  1e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5461  amino acid ABC transporter permease  29.76 
 
 
216 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0218905 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0554  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.65 
 
 
218 aa  94.7  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2075  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.03 
 
 
219 aa  94.4  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.280824 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3263  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.77 
 
 
323 aa  94.7  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0684  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.82 
 
 
221 aa  94.7  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0799785  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0677  amino acid ABC transporter, permease protein  31 
 
 
218 aa  94.7  1e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2696  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.87 
 
 
225 aa  93.6  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.525187  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5247  amino acid ABC transporter, permease protein  30.56 
 
 
215 aa  94  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4861  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.47 
 
 
219 aa  94  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.412462  normal  0.557505 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0678  amino acid ABC transporter, permease protein  30.66 
 
 
214 aa  94.4  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1451  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.35 
 
 
290 aa  93.6  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0609  amino acid ABC transporter permease  30.84 
 
 
214 aa  93.2  3e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00355475  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0554  glutamine ABC transporter permease  30.84 
 
 
214 aa  93.2  3e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.282364  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5458  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  31.55 
 
 
216 aa  93.2  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1631  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  27.15 
 
 
227 aa  93.2  3e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0642  amino acid ABC transporter permease  30.84 
 
 
214 aa  93.2  3e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00728334  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0120  ABC-type amino acid transport system, permease component  27.75 
 
 
226 aa  93.6  3e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3951  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.4 
 
 
221 aa  93.6  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.365778 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0790  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  28.43 
 
 
483 aa  92.8  4e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.124129  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0014  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  27.09 
 
 
217 aa  92.8  4e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.792397  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0019  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  27.09 
 
 
217 aa  92.4  5e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5602  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  28.18 
 
 
241 aa  92.8  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4924  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.5 
 
 
251 aa  92.8  5e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.69133  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4660  amino acid ABC transporter, permease protein  30.19 
 
 
214 aa  92.4  6e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.084926  hitchhiker  1.97521e-21 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1570  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  27.57 
 
 
219 aa  92.4  6e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.324967 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1541  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  26.7 
 
 
218 aa  92.4  6e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00385329  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1631  ABC-type amino acid transport system, permease component  30.5 
 
 
222 aa  92.4  6e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0226  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  29.03 
 
 
222 aa  92  7e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00679283 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0241  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.03 
 
 
222 aa  92  7e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.213346 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1933  ABC-type amino acid transport system, permease component  33.33 
 
 
219 aa  92  8e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1071  hypothetical protein  33.14 
 
 
235 aa  91.7  9e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.292378  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1031  amino acid ABC transporter permease  29.44 
 
 
214 aa  91.3  1e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000917559  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>