More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0304 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_0304  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
215 aa  424  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1918  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  82.33 
 
 
215 aa  347  8e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.179252 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5247  amino acid ABC transporter, permease protein  80.93 
 
 
215 aa  344  5e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5461  amino acid ABC transporter permease  78.97 
 
 
216 aa  339  2e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0218905 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0296  amino acid ABC transporter permease  78.14 
 
 
215 aa  320  8e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5543  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  65.26 
 
 
219 aa  274  7e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.468657 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5267  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  63.85 
 
 
219 aa  273  1.0000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.316086  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1688  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  62.44 
 
 
218 aa  271  4.0000000000000004e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.022194  normal  0.493441 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2075  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  67.77 
 
 
219 aa  270  1e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.280824 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4962  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  61.97 
 
 
218 aa  269  2e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0311986  normal  0.0537626 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0228  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  66.67 
 
 
217 aa  268  5e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0209  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  66.5 
 
 
217 aa  267  7e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4063  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  61.97 
 
 
216 aa  267  8e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1510  ABC transporter membrane spanning protein  61.32 
 
 
219 aa  266  2e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3311  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  62.74 
 
 
218 aa  264  5.999999999999999e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0014  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  63.45 
 
 
217 aa  263  1e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.792397  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0019  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  63.45 
 
 
217 aa  263  1e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3327  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  62.74 
 
 
217 aa  262  2e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3447  amino acid ABC transporter permease  62.74 
 
 
217 aa  262  2e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3188  amino acid ABC transporter, permease protein  62.74 
 
 
217 aa  262  2e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3474  amino acid ABC transporter permease  63.68 
 
 
216 aa  262  3e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3669  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  64.29 
 
 
217 aa  262  4e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0447  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  57.94 
 
 
216 aa  261  4.999999999999999e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3467  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  62.26 
 
 
217 aa  261  6e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3209  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  58.96 
 
 
216 aa  259  2e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6998  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  63.51 
 
 
216 aa  259  2e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0176333 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1496  amino acid ABC transporter permease  63.51 
 
 
216 aa  259  2e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6333  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  63.51 
 
 
216 aa  259  2e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.200705  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3249  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  62.62 
 
 
218 aa  256  1e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.862152  normal  0.352927 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0934  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  62.26 
 
 
218 aa  256  2e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.080844  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0879  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  61.79 
 
 
218 aa  255  4e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0962107  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2430  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  57.14 
 
 
216 aa  253  2.0000000000000002e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.891065  normal  0.0353371 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0909  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  63.21 
 
 
218 aa  249  2e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.436863  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2105  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  62.03 
 
 
217 aa  246  1e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0163  amino acid ABC transporter permease  58.57 
 
 
214 aa  243  9.999999999999999e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.784261  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1503  amino acid ABC transporter permease  57.14 
 
 
212 aa  241  5e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6713  ABC amino acid transporter, inner membrane subunit  56.34 
 
 
218 aa  240  1e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3991  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  57.62 
 
 
215 aa  231  8.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.841796  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3747  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  57 
 
 
218 aa  229  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7088  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.94 
 
 
213 aa  221  4.9999999999999996e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3334  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.95 
 
 
217 aa  221  8e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.281722 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5948  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.45 
 
 
213 aa  217  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.518149  normal  0.0212185 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4511  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.63 
 
 
216 aa  216  2e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0761922  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5080  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.25 
 
 
218 aa  215  4e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1491  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  55.28 
 
 
217 aa  207  8e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3128  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50 
 
 
222 aa  206  2e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0272486 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1707  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.49 
 
 
219 aa  205  3e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3418  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  55.05 
 
 
217 aa  205  5e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3462  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49 
 
 
216 aa  198  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5458  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  50 
 
 
216 aa  198  6e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1743  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.63 
 
 
216 aa  197  7e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3672  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.2 
 
 
216 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1031  amino acid ABC transporter permease  47.96 
 
 
214 aa  195  4.0000000000000005e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000917559  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2440  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.52 
 
 
219 aa  194  8.000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221978  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4925  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.37 
 
 
214 aa  193  1e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2073  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.7 
 
 
216 aa  189  4e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2599  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.72 
 
 
216 aa  188  5.999999999999999e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.635143  normal  0.180313 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1600  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.27 
 
 
214 aa  186  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0175  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.31 
 
 
217 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4669  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.28 
 
 
214 aa  181  6e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.287398  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3974  amino acid ABC transporter permease  44.28 
 
 
219 aa  171  9e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0732034  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3977  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.58 
 
 
213 aa  170  2e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.734464  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5576  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.63 
 
 
503 aa  152  4e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.15 
 
 
489 aa  150  1e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5323  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.15 
 
 
489 aa  150  1e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4942  amino acid ABC transporter permease  41.15 
 
 
489 aa  150  1e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1232  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.67 
 
 
503 aa  150  2e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0615942 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0463  amino acid ABC transporter, permease  40.1 
 
 
217 aa  145  5e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.38 
 
 
513 aa  145  6e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0611  amino acid ABC transporter, permease protein  40.1 
 
 
217 aa  144  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000123395  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3108  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.81 
 
 
214 aa  144  1e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0790  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.25 
 
 
483 aa  144  1e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.124129  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0226  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  38.81 
 
 
222 aa  143  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00679283 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1127  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.71 
 
 
217 aa  143  2e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.10483  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0241  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.81 
 
 
222 aa  143  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.213346 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0376  amino acid ABC transporter permease  45 
 
 
319 aa  142  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.45598 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3695  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42 
 
 
315 aa  142  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.538203  normal  0.259206 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1045  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  41.86 
 
 
216 aa  142  4e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4986  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.81 
 
 
222 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.86981 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6679  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.55 
 
 
215 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0716  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.47 
 
 
216 aa  139  3.9999999999999997e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.267737  normal  0.0337978 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0250  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.81 
 
 
222 aa  137  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0442  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.13 
 
 
320 aa  137  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1728  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.41 
 
 
222 aa  136  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000424447  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5023  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  42.13 
 
 
320 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0963279  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2505  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.89 
 
 
222 aa  136  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.110474  normal  0.780737 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5073  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.13 
 
 
320 aa  136  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4897  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.13 
 
 
320 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.691189  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2135  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  39.5 
 
 
219 aa  136  2e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1721  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.41 
 
 
222 aa  136  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.796808 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2017  L-cystine ABC transporter, permease protein  36.41 
 
 
222 aa  136  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0245386  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2610  polar amino acid ABC transporter permease  39.5 
 
 
219 aa  136  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.703731  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1127  amino acid ABC transporter permease  37.27 
 
 
237 aa  136  2e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2692  L-cystine ABC transporter, permease protein  36.41 
 
 
222 aa  137  2e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0324102  normal  0.0361809 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0776  polar amino acid ABC transporter permease  39.5 
 
 
219 aa  136  2e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1264  L-cystine ABC transporter, permease protein  36.41 
 
 
222 aa  136  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0917804  normal  0.0118842 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2004  polar amino acid ABC transporter permease  39.5 
 
 
219 aa  136  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.695709  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2152  L-cystine ABC transporter, permease protein  35.92 
 
 
222 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00489018  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3092  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  39.5 
 
 
219 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3057  polar amino acid ABC transporter permease  39.5 
 
 
219 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>