More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5080 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_5080  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
218 aa  426  1e-119  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3747  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  70.64 
 
 
218 aa  296  1e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3334  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  61.75 
 
 
217 aa  276  1e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.281722 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1491  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  64.52 
 
 
217 aa  268  5.9999999999999995e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5948  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  61.58 
 
 
213 aa  259  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.518149  normal  0.0212185 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7088  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  62.07 
 
 
213 aa  257  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3418  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  62.98 
 
 
217 aa  251  7e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3672  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  67.31 
 
 
216 aa  251  8.000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3209  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  57.35 
 
 
216 aa  245  4e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1743  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  64.02 
 
 
216 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3462  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  56.73 
 
 
216 aa  241  3.9999999999999997e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5458  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  58.45 
 
 
216 aa  239  2e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0163  amino acid ABC transporter permease  58.69 
 
 
214 aa  237  9e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.784261  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1503  amino acid ABC transporter permease  59.33 
 
 
212 aa  236  1e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1918  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.5 
 
 
215 aa  234  8e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.179252 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5461  amino acid ABC transporter permease  53.05 
 
 
216 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0218905 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1707  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.76 
 
 
219 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4063  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53.81 
 
 
216 aa  232  3e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3474  amino acid ABC transporter permease  55.45 
 
 
216 aa  229  2e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2430  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  52.63 
 
 
216 aa  229  2e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.891065  normal  0.0353371 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0304  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.25 
 
 
215 aa  230  2e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0228  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  57.75 
 
 
217 aa  226  2e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3669  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  55.5 
 
 
217 aa  224  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0019  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53.06 
 
 
217 aa  223  2e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0014  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53.06 
 
 
217 aa  222  3e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.792397  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0209  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.59 
 
 
217 aa  222  3e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2440  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50 
 
 
219 aa  221  4e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221978  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5247  amino acid ABC transporter, permease protein  53.55 
 
 
215 aa  221  7e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1510  ABC transporter membrane spanning protein  55.84 
 
 
219 aa  220  9.999999999999999e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1688  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  50 
 
 
218 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.022194  normal  0.493441 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0447  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.3 
 
 
216 aa  220  1.9999999999999999e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6713  ABC amino acid transporter, inner membrane subunit  50 
 
 
218 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2075  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.36 
 
 
219 aa  219  3e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.280824 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4962  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50 
 
 
218 aa  219  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0311986  normal  0.0537626 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2599  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.93 
 
 
216 aa  218  3.9999999999999997e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.635143  normal  0.180313 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4511  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.31 
 
 
216 aa  218  6e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0761922  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3128  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.18 
 
 
222 aa  217  1e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0272486 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1496  amino acid ABC transporter permease  55.5 
 
 
216 aa  216  1e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6998  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  55.5 
 
 
216 aa  216  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0176333 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6333  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  55.5 
 
 
216 aa  216  1e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.200705  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2105  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  53.16 
 
 
217 aa  215  2.9999999999999998e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3977  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.57 
 
 
213 aa  213  9.999999999999999e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.734464  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3991  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.07 
 
 
215 aa  211  4.9999999999999996e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.841796  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3311  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53 
 
 
218 aa  210  1e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3467  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53 
 
 
217 aa  210  1e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3447  amino acid ABC transporter permease  53.54 
 
 
217 aa  209  2e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3188  amino acid ABC transporter, permease protein  53.54 
 
 
217 aa  209  4e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3327  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53.54 
 
 
217 aa  209  4e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2073  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  55.77 
 
 
216 aa  208  4e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0296  amino acid ABC transporter permease  56.35 
 
 
215 aa  208  5e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3249  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.24 
 
 
218 aa  206  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.862152  normal  0.352927 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0934  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53.5 
 
 
218 aa  205  5e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.080844  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1031  amino acid ABC transporter permease  47.62 
 
 
214 aa  205  5e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000917559  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5267  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.36 
 
 
219 aa  203  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.316086  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0879  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53 
 
 
218 aa  202  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0962107  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1600  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.74 
 
 
214 aa  202  4e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4925  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.29 
 
 
214 aa  201  8e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4669  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.34 
 
 
214 aa  200  9.999999999999999e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.287398  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0175  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.5 
 
 
217 aa  197  1.0000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5543  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.95 
 
 
219 aa  195  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.468657 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0909  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.04 
 
 
218 aa  193  2e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.436863  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3974  amino acid ABC transporter permease  45.54 
 
 
219 aa  187  1e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0732034  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0790  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.73 
 
 
483 aa  159  4e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.124129  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1232  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.14 
 
 
503 aa  151  8.999999999999999e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0615942 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5576  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.65 
 
 
503 aa  150  2e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5323  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.16 
 
 
489 aa  147  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.16 
 
 
489 aa  147  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4942  amino acid ABC transporter permease  42.16 
 
 
489 aa  147  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0684  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.78 
 
 
221 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0799785  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1833  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.52 
 
 
224 aa  143  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.355125  normal  0.900413 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.38 
 
 
598 aa  144  2e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0310843  hitchhiker  0.00101821 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3584  amino acid ABC transporter permease  43.62 
 
 
223 aa  142  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.495139  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6679  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.31 
 
 
215 aa  142  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0776  polar amino acid ABC transporter permease  44.02 
 
 
219 aa  142  5e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2004  polar amino acid ABC transporter permease  44.02 
 
 
219 aa  142  5e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.695709  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2135  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  44.02 
 
 
219 aa  142  5e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3092  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  44.02 
 
 
219 aa  142  5e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2610  polar amino acid ABC transporter permease  44.02 
 
 
219 aa  142  5e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.703731  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3057  polar amino acid ABC transporter permease  44.02 
 
 
219 aa  142  5e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3004  polar amino acid ABC transporter permease  44.02 
 
 
219 aa  142  5e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6209  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.09 
 
 
229 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0835  amino acid ABC transporter inner membrane protein  43.09 
 
 
219 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0932034 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6378  amino acid ABC transporter permease  40.09 
 
 
229 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6611  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.09 
 
 
229 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0311568 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1548  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  42.02 
 
 
219 aa  139  3e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1045  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  38.68 
 
 
216 aa  139  3.9999999999999997e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0716  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.73 
 
 
216 aa  138  4.999999999999999e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.267737  normal  0.0337978 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1570  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.97 
 
 
219 aa  138  4.999999999999999e-32  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.324967 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0688  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.04 
 
 
232 aa  138  6e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.452276  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3132  amino acid ABC transporter permease  39.5 
 
 
222 aa  138  6e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.9281  normal  0.0247415 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3108  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.58 
 
 
214 aa  138  7e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0343  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.49 
 
 
216 aa  137  8.999999999999999e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0325  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40 
 
 
216 aa  137  1e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0766  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter permease  38.97 
 
 
219 aa  137  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0399907  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1255  amino acid ABC transporter, permease protein  38.97 
 
 
219 aa  137  1e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1823  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter permease  38.97 
 
 
219 aa  137  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.118724  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1807  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter permease  38.97 
 
 
219 aa  137  1e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1738  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter permease  38.97 
 
 
219 aa  137  1e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.094824  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0226  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  37.62 
 
 
222 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00679283 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0396  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter permease  38.97 
 
 
230 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.310385  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>