More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3966 on replicon NC_007488
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007488  RSP_3966  ABC branched chain amino acid transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
337 aa  651    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  34.59 
 
 
333 aa  144  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  35.76 
 
 
340 aa  144  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  34.6 
 
 
358 aa  139  8.999999999999999e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  36.31 
 
 
314 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4079  inner-membrane translocator  36.13 
 
 
323 aa  136  4e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  37.63 
 
 
332 aa  136  6.0000000000000005e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  40 
 
 
328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3293  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  36.71 
 
 
332 aa  133  3e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11625  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  34.67 
 
 
309 aa  134  3e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4025  inner-membrane translocator  36.71 
 
 
332 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  35.58 
 
 
342 aa  132  6e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.74 
 
 
331 aa  132  9e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  33.1 
 
 
344 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  33.56 
 
 
314 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1805  inner-membrane translocator  35.13 
 
 
337 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.50221  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3735  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.77 
 
 
333 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4999  inner-membrane translocator  33.03 
 
 
333 aa  130  3e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0649125  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1795  inner-membrane translocator  33.93 
 
 
338 aa  130  3e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121113  hitchhiker  0.000132557 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3288  hypothetical protein  35.99 
 
 
332 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.334199  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  35.31 
 
 
339 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  35.31 
 
 
339 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6269  inner-membrane translocator  37.5 
 
 
339 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3367  inner-membrane translocator  35.49 
 
 
342 aa  126  5e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5953  inner-membrane translocator  34.78 
 
 
343 aa  126  6e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0291485  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1818  inner-membrane translocator  33.8 
 
 
313 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2868  inner-membrane translocator  35.26 
 
 
330 aa  124  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3164  inner-membrane translocator  28.83 
 
 
324 aa  122  7e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.317947  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  33.13 
 
 
334 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0298292 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  33.33 
 
 
339 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1398  inner-membrane translocator  34.32 
 
 
329 aa  122  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1839  inner-membrane translocator  34.56 
 
 
350 aa  122  9.999999999999999e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0089  inner-membrane translocator  36.91 
 
 
324 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.828472 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2520  inner-membrane translocator  29.52 
 
 
323 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3340  transmembrane ABC transporter protein  36.17 
 
 
328 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2139  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  34.15 
 
 
313 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  32.97 
 
 
340 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3911  inner-membrane translocator  37.8 
 
 
323 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.658147  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  33.33 
 
 
337 aa  119  6e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  33.33 
 
 
337 aa  119  6e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0021  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.71 
 
 
323 aa  119  6e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.901563  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0663  inner-membrane translocator  33.58 
 
 
339 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.722061  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  30.79 
 
 
656 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  30.86 
 
 
346 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0547  inner-membrane translocator  37.66 
 
 
337 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6725  inner-membrane translocator  35.19 
 
 
329 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2332  inner-membrane translocator  29.13 
 
 
324 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404854  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4477  branched-chain amino acid inner-membrane translocator  33.09 
 
 
332 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364038  normal  0.0227687 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0078  inner-membrane translocator  35.06 
 
 
324 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3779  inner-membrane translocator  37.88 
 
 
349 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5819  inner-membrane translocator  35.19 
 
 
329 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.186482  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2283  inner-membrane translocator  32.59 
 
 
318 aa  116  5e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3209  inner-membrane translocator  33.03 
 
 
334 aa  116  5e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6489  inner-membrane translocator  32.15 
 
 
320 aa  116  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635062  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2032  inner-membrane translocator  30.74 
 
 
318 aa  116  6e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3595  inner-membrane translocator  33.81 
 
 
311 aa  115  8.999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.612179 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3458  inner-membrane translocator  31.65 
 
 
328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.494334  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2951  inner-membrane translocator  29.45 
 
 
323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0213557  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0010  inner-membrane translocator  36.09 
 
 
318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.429526  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1379  inner-membrane translocator  34.33 
 
 
317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1050  inner-membrane translocator  31.33 
 
 
328 aa  114  3e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3759  hypothetical protein  28.82 
 
 
322 aa  114  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232972  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3675  putative branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  30.19 
 
 
632 aa  114  3e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1713  inner-membrane translocator  34.98 
 
 
332 aa  114  3e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0542902  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1285  inner-membrane translocator  31.53 
 
 
326 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.168466  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3269  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.5 
 
 
324 aa  112  6e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.251109 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1439  inner-membrane translocator  32.24 
 
 
330 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674436  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5446  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  34.52 
 
 
332 aa  111  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.695996  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3368  ABC transporter related  34.62 
 
 
593 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0059  inner-membrane translocator  30.04 
 
 
328 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0244383  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3425  inner-membrane translocator  33.59 
 
 
344 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3045  inner-membrane translocator  36.05 
 
 
323 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.926794  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.22 
 
 
315 aa  110  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1850  inner-membrane translocator  31.65 
 
 
340 aa  110  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.2267  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4108  inner-membrane translocator  35.51 
 
 
361 aa  109  5e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3327  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.71 
 
 
324 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3516  inner-membrane translocator  35.37 
 
 
344 aa  109  8.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.1335 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1097  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.09 
 
 
315 aa  108  9.000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.701299  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4270  inner-membrane translocator  33.76 
 
 
325 aa  108  9.000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2899  ABC transporter related  32.42 
 
 
852 aa  108  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4109  inner-membrane translocator  32.55 
 
 
325 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.648849 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1676  inner-membrane translocator  27.63 
 
 
323 aa  108  1e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.102995  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4399  inner-membrane translocator  33.1 
 
 
333 aa  108  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2932  inner-membrane translocator  34.8 
 
 
311 aa  108  2e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0999  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.49 
 
 
328 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.203493  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1386  inner-membrane translocator  30.23 
 
 
312 aa  108  2e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3769  ABC transporter related  34.62 
 
 
593 aa  107  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4062  ABC transporter related  32.69 
 
 
606 aa  107  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1175  inner-membrane translocator  33.57 
 
 
328 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0500  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.23 
 
 
314 aa  107  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0771469  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2122  inner-membrane translocator  33.1 
 
 
304 aa  107  4e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.589332 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1583  inner-membrane translocator  34.45 
 
 
319 aa  107  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  29.18 
 
 
315 aa  106  5e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0196  putative branched-chain amino acid ABC transporter integral membrane subunit  34.81 
 
 
324 aa  106  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.47626  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3988  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  34.81 
 
 
324 aa  106  5e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3373  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  34.81 
 
 
324 aa  106  5e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4062  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  34.81 
 
 
324 aa  106  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1605  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  34.81 
 
 
324 aa  106  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2997  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  34.81 
 
 
324 aa  106  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.801367  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1582  inner-membrane translocator  31.78 
 
 
313 aa  106  6e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>