More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3939 on replicon NC_007488
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007488  RSP_3939  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 354 aa  697    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3653  hypothetical protein  93.35 
 
 		 353 aa  630  1e-180  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.101524 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5456  alanine racemase  41.87 
 
 		 368 aa  241  1e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000537083  normal  0.747323 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5553  transcriptional regulator LacI family  39.13 
 
 		 356 aa  229  4e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.539573  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  38.08 
 
 		 347 aa  225  9e-58  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  35.61 
 
 		 342 aa  222  8e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5418  transcriptional regulator, LacI family  41.38 
 
 		 356 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00263593 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0299  transcriptional regulator protein  38.27 
 
 		 365 aa  217  2e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  38.99 
 
 		 346 aa  216  5e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5122  transcriptional regulator, LacI family  40.23 
 
 		 356 aa  216  7e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.958101  normal  0.135885 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5754  transcriptional regulator, LacI family  41.23 
 
 		 348 aa  214  9.999999999999999e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.597528  normal  0.0761262 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5883  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.39 
 
 		 356 aa  209  9e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.92391 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.65 
 
 		 352 aa  208  1e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.34 
 
 		 336 aa  206  4e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0812  ribose operon repressor, putative  37.42 
 
 		 343 aa  205  1e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  39.7 
 
 		 326 aa  201  9.999999999999999e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  32.93 
 
 		 348 aa  201  1.9999999999999998e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1984  LacI family transcription regulator  35.26 
 
 		 360 aa  199  7e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0783818  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1005  transcriptional regulator, LacI family  33.04 
 
 		 336 aa  197  2.0000000000000003e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.436284  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3400  transcriptional regulator, LacI family  39.51 
 
 		 338 aa  197  3e-49  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.125574 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  36.9 
 
 		 342 aa  196  4.0000000000000005e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 346 aa  195  1e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  32.54 
 
 		 336 aa  195  1e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  36.67 
 
 		 349 aa  191  2e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7934  putative LacI-family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 335 aa  189  5e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.47 
 
 		 356 aa  189  5e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  32.04 
 
 		 340 aa  189  5.999999999999999e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  34.56 
 
 		 333 aa  189  5.999999999999999e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  31.82 
 
 		 331 aa  189  8e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0647  transcriptional regulator, LacI family  35.89 
 
 		 357 aa  189  9e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2567  transcriptional regulator, LacI family  38.58 
 
 		 342 aa  188  1e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.789697  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.15 
 
 		 338 aa  187  3e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0187  transcriptional regulator, LacI family  39.64 
 
 		 339 aa  186  4e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  32.73 
 
 		 335 aa  186  6e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3542  transcriptional regulator, LacI family  31.63 
 
 		 335 aa  186  6e-46  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  35.63 
 
 		 339 aa  186  7e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3620  transcriptional regulator, LacI family  35.17 
 
 		 342 aa  185  8e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  34.51 
 
 		 337 aa  185  9e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8123  transcriptional regulator, LacI family  33.74 
 
 		 358 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0592322  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  35.47 
 
 		 334 aa  185  1.0000000000000001e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  34.55 
 
 		 330 aa  183  5.0000000000000004e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  35.67 
 
 		 337 aa  182  6e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  37.35 
 
 		 332 aa  182  7e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1599  LacI family transcription regulator  30 
 
 		 346 aa  182  9.000000000000001e-45  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  35.87 
 
 		 334 aa  181  2e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.88 
 
 		 330 aa  179  7e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5940  transcriptional regulator, LacI family  37.58 
 
 		 347 aa  178  1e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.146898  normal  0.555591 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.21 
 
 		 337 aa  178  1e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0559  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.13 
 
 		 323 aa  178  1e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000011059  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0696  ribose operon repressor  32.22 
 
 		 323 aa  177  2e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345677  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  35.87 
 
 		 348 aa  177  2e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27690  transcriptional regulator  37.46 
 
 		 361 aa  177  2e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  32.34 
 
 		 343 aa  177  2e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0186  alanine racemase  37.24 
 
 		 335 aa  177  2e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3984  transcriptional regulator, LacI family  35.53 
 
 		 336 aa  177  3e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  34.14 
 
 		 353 aa  177  3e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1481  transcriptional regulator, LacI family  29.64 
 
 		 342 aa  177  3e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.510371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0501  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.54 
 
 		 335 aa  177  3e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0579669  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4620  transcriptional regulator, LacI family  36.09 
 
 		 349 aa  177  4e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1481  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.91 
 
 		 348 aa  176  7e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  32.42 
 
 		 323 aa  175  8e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  36.2 
 
 		 353 aa  175  9e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  32.22 
 
 		 323 aa  175  9e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  32.11 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  32.11 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2249  LacI family transcription regulator  29.91 
 
 		 333 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00326004  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  33.24 
 
 		 339 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  32.11 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  30.52 
 
 		 347 aa  174  1.9999999999999998e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  31.5 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01040  transcriptional regulator  34.25 
 
 		 336 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  32.11 
 
 		 323 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7027  LacI family transcription regulator  35.26 
 
 		 353 aa  173  2.9999999999999996e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.777473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2664  transcriptional regulator, LacI family  34.3 
 
 		 352 aa  174  2.9999999999999996e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.686839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  32.54 
 
 		 334 aa  173  2.9999999999999996e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  32.11 
 
 		 323 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2751  DNA-binding transcriptional regulator GalS  34.55 
 
 		 340 aa  173  3.9999999999999995e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2330  transcriptional regulator  29.91 
 
 		 333 aa  173  5e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0241905  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2293  LacI family transcription regulator  29.91 
 
 		 333 aa  173  5e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000119214  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2509  transcriptional regulator  29.91 
 
 		 333 aa  173  5e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2524  transcriptional regulator/sugar-binding domain, LacI family  29.91 
 
 		 333 aa  173  5e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000304303 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4121  transcriptional regulator, LacI family  32.83 
 
 		 343 aa  173  5e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.944766 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0905  LacI family transcription regulator  35.54 
 
 		 333 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.069217  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2540  DNA-binding transcriptional regulator GalS  34.14 
 
 		 340 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.182428  normal  0.113132 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4368  transcriptional regulator, LacI family  38.48 
 
 		 347 aa  171  1e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.0119453 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2426  DNA-binding transcriptional regulator GalS  34.14 
 
 		 340 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.656004  normal  0.991172 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2337  DNA-binding transcriptional regulator GalS  34.14 
 
 		 340 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  29.91 
 
 		 341 aa  171  1e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  31.5 
 
 		 323 aa  171  2e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2817  LacI family transcription regulator  29.73 
 
 		 339 aa  171  2e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  32.33 
 
 		 329 aa  171  2e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3127  transcriptional regulator, LacI family  34.52 
 
 		 331 aa  171  2e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.501484  hitchhiker  0.00254336 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2029  transcriptional regulator, LacI family  35.31 
 
 		 337 aa  171  2e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2430  DNA-binding transcriptional regulator GalS  34.14 
 
 		 340 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.688486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  32.22 
 
 		 332 aa  171  2e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  32.22 
 
 		 332 aa  171  2e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1186  transcriptional regulator, LacI family  36.53 
 
 		 358 aa  171  2e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0882106  normal  0.328337 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2382  DNA-binding transcriptional regulator GalS  34.14 
 
 		 340 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.824252 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1482  transcriptional regulator, LacI family  31.16 
 
 		 337 aa  171  3e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.22 
 
 		 337 aa  170  4e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>