More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_4006 on replicon NC_007488
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007488  RSP_4006  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
244 aa  478  1e-134  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.563723  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.83 
 
 
251 aa  203  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.164277  normal  0.032162 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.12 
 
 
247 aa  191  8e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.43 
 
 
265 aa  167  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.08 
 
 
252 aa  158  6e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 
250 aa  155  7e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189012  normal  0.165554 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
258 aa  155  8e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4004  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.56 
 
 
259 aa  154  1e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.132038  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1464  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
262 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.305305  normal  0.474897 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
257 aa  153  2e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
251 aa  152  2.9999999999999998e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
251 aa  152  2.9999999999999998e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
269 aa  150  2e-35  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2035  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
248 aa  150  2e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000355798  normal  0.0941785 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  40 
 
 
257 aa  149  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
262 aa  149  4e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0318564  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.68 
 
 
246 aa  149  5e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  38.8 
 
 
253 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.92 
 
 
251 aa  147  2.0000000000000003e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.677514  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
255 aa  146  2.0000000000000003e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.649375  normal  0.270956 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.06 
 
 
255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.72 
 
 
260 aa  147  2.0000000000000003e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.27 
 
 
246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  38.4 
 
 
253 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1264  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
260 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  38 
 
 
253 aa  145  6e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3743  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
254 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19210  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.92 
 
 
243 aa  145  8.000000000000001e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0731595  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 
256 aa  144  9e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.624972 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000395  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  39.76 
 
 
252 aa  144  9e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.36672  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
253 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2036  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 
258 aa  144  1e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0904  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 
254 aa  143  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
291 aa  144  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.60014  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
253 aa  144  2e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.38 
 
 
274 aa  144  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.138252  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  39.29 
 
 
253 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 
250 aa  143  3e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2992  short chain dehydrogenase  36.11 
 
 
269 aa  142  3e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3961  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.21 
 
 
243 aa  143  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.985096  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  37.11 
 
 
253 aa  142  4e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.14 
 
 
251 aa  142  4e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2700  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.7 
 
 
268 aa  142  5e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.657901 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  35.46 
 
 
255 aa  142  5e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
247 aa  142  6e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000108862  hitchhiker  0.000102827 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2582  short chain dehydrogenase  36.11 
 
 
269 aa  142  6e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1056  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  36.14 
 
 
254 aa  142  7e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 
261 aa  142  7e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.33 
 
 
248 aa  141  7e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.18 
 
 
285 aa  141  8e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.798039  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2411  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
286 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12873  short chain dehydrogenase  39.52 
 
 
258 aa  140  9.999999999999999e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4047  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.08 
 
 
249 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
254 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4826  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.56 
 
 
244 aa  140  9.999999999999999e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal  0.806753 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3588  hypothetical protein  40.16 
 
 
254 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00208776  normal  0.410255 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 
260 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17140  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  37.45 
 
 
307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.391545  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
256 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.99 
 
 
245 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
248 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.057049  hitchhiker  0.000702749 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
262 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351696  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1671  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.2 
 
 
246 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3955  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.54 
 
 
249 aa  139  3e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.572818  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.99 
 
 
263 aa  140  3e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1896  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.49 
 
 
247 aa  139  3e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.176277 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
252 aa  139  3e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.22334  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1409  aldose dehydrogenase  36.51 
 
 
258 aa  139  3.9999999999999997e-32  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1936  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.03 
 
 
245 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000245701  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 
285 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1215  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.86 
 
 
245 aa  139  3.9999999999999997e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.765065 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1255  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.44 
 
 
247 aa  139  3.9999999999999997e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
254 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
251 aa  139  4.999999999999999e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
251 aa  139  4.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  36.8 
 
 
253 aa  139  6e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.68 
 
 
246 aa  138  6e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
277 aa  138  7.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281211  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2307  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.38 
 
 
247 aa  138  7.999999999999999e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4257  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 
262 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0797349  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.68 
 
 
246 aa  138  8.999999999999999e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1769  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.7 
 
 
245 aa  138  8.999999999999999e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.485655 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2043  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
257 aa  137  1e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1526  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.55 
 
 
249 aa  138  1e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1651  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
254 aa  138  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.44826  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
253 aa  137  1e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.129193  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2060  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
257 aa  137  1e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3656  short chain dehydrogenase  34.38 
 
 
263 aa  137  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2106  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
257 aa  137  1e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.077628 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 
263 aa  137  1e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00404736  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.98 
 
 
263 aa  137  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2723  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.06 
 
 
285 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.612253  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
262 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2712  short chain dehydrogenase  33.98 
 
 
263 aa  137  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
251 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2562  short chain dehydrogenase  33.98 
 
 
263 aa  137  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1253  short chain dehydrogenase  33.98 
 
 
263 aa  137  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0560735 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2581  short chain dehydrogenase  33.98 
 
 
263 aa  137  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2462  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
254 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.131471  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2798  short chain dehydrogenase  33.98 
 
 
263 aa  137  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>