More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3977 on replicon NC_007488
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007488  RSP_3977  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  606  9.999999999999999e-173  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459808  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4846  transcriptional regulator, LysR family  42.3 
 
 		 295 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.067999 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6858  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 307 aa  224  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.1149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5290  transcriptional regulator, LysR family  42.57 
 
 		 295 aa  223  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0902185 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  34.97 
 
 		 308 aa  177  3e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0065  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 317 aa  172  5e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 341 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5375  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 302 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.323066 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2717  LysR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 308 aa  165  6.9999999999999995e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.624024  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00400  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 304 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.119408 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0079  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 299 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000353876 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0030  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.96 
 
 		 316 aa  162  6e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0094  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 299 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.686241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 308 aa  162  7e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 316 aa  161  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0164  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 316 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3780  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 303 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.116323  decreased coverage  0.000992163 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0431  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 327 aa  159  7e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3743  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00613556 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4620  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4992  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6145  transcriptional regulator, LysR family  35.39 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.506053  normal  0.493104 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 308 aa  157  3e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4750  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 326 aa  156  4e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4366  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 310 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2352  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 301 aa  155  8e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2922  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 312 aa  155  8e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.264653  normal  0.551343 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  36.52 
 
 		 339 aa  155  9e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 314 aa  155  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 343 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0094  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 299 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000160709 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 308 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  40.38 
 
 		 312 aa  153  4e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0097  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 299 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.603539  hitchhiker  0.0000731437 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  40.07 
 
 		 312 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 299 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 306 aa  152  7e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1574  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 304 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 294 aa  151  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 292 aa  151  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 301 aa  151  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.1 
 
 		 306 aa  151  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2058  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 304 aa  151  2e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7408  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 330 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 308 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0891  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 299 aa  149  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3358  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 293 aa  149  4e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 310 aa  149  5e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 302 aa  149  6e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0491  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.42 
 
 		 315 aa  148  1.0000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 327 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 296 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5999  LysR family transcriptional regulator  34.7 
 
 		 330 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5634  LysR family transcriptional regulator  34.7 
 
 		 330 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.03 
 
 		 310 aa  147  3e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6490  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 330 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3030  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0262827 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 308 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 296 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.99 
 
 		 300 aa  146  5e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 296 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5980  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 292 aa  145  8.000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.307628 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 301 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0745  LysR family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 320 aa  145  9e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0528277 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 297 aa  145  9e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1190  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 291 aa  145  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3325  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 298 aa  144  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.642488  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 295 aa  145  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 311 aa  145  1e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1252  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  34.57 
 
 		 304 aa  145  1e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.648754  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6153  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 330 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1327  transcriptional regulator, LysR family  36.25 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.251237 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.13 
 
 		 312 aa  144  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0033  putative transcriptional regulator  36 
 
 		 299 aa  143  3e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.195958  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1391  transcriptional regulator, LysR family  36.48 
 
 		 314 aa  143  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00658926  normal  0.188344 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 305 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 305 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2215  LysR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 313 aa  143  5e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4496  LysR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 309 aa  142  6e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.592927  normal  0.0547536 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2092  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 313 aa  142  6e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.56 
 
 		 314 aa  142  7e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5789  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 301 aa  142  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.04167 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 317 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5586  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 333 aa  141  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.861314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1716  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  31.35 
 
 		 312 aa  141  9.999999999999999e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.106395  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 295 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5486  LysR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 313 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.272052  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>