More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3946 on replicon NC_007488
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007488  RSP_3946  hypothetical protein  100 
 
 
470 aa  929    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3646  hypothetical protein  84.04 
 
 
469 aa  714    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0271589 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6498  FAD dependent oxidoreductase  40.56 
 
 
491 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.438276  normal  0.189635 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3079  aminophosphonate oxidoreductase  41.56 
 
 
462 aa  343  4e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0471981 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3196  FAD dependent oxidoreductase  41.5 
 
 
462 aa  342  7e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2530  FAD dependent oxidoreductase  40.13 
 
 
521 aa  340  2e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3163  aminophosphonate oxidoreductase  41.06 
 
 
462 aa  340  2e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0194513 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3143  FAD dependent oxidoreductase  41.06 
 
 
462 aa  339  7e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2277  FAD dependent oxidoreductase  43.76 
 
 
486 aa  336  7e-91  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39720  putative amino acid oxidase  44.03 
 
 
466 aa  333  5e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3139  aminophosphonate oxidoreductase  40 
 
 
462 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000145397 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5870  FAD dependent oxidoreductase  40.4 
 
 
463 aa  318  2e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.982629  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3679  FAD dependent oxidoreductase  41.12 
 
 
463 aa  316  5e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2220  aminophosphonate oxidoreductase  42.14 
 
 
463 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3367  aminophosphonate oxidoreductase  42.02 
 
 
463 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.585702  normal  0.425425 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2549  hypothetical protein  41.91 
 
 
463 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165188  decreased coverage  0.00741775 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3166  FAD dependent oxidoreductase  42.14 
 
 
463 aa  314  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.659262  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0812  FAD dependent oxidoreductase  42.4 
 
 
473 aa  311  2e-83  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3762  hypothetical protein  42.06 
 
 
465 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44210  putative glycine/D-amino acid oxidase  41.43 
 
 
465 aa  303  6.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.032969  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000757  glycine/D-amino acid oxidase  37.97 
 
 
466 aa  300  4e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.270345  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04889  FAD dependent oxidoreductase  37 
 
 
466 aa  293  7e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3223  FAD dependent oxidoreductase  39.51 
 
 
465 aa  261  1e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.188463  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0634  FAD dependent oxidoreductase  34.82 
 
 
476 aa  231  3e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2026  FAD dependent oxidoreductase  35.75 
 
 
460 aa  192  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.721167  normal  0.721714 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1896  FAD dependent oxidoreductase  35.41 
 
 
460 aa  190  5e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.117344  normal  0.381986 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1987  FAD dependent oxidoreductase  33.33 
 
 
465 aa  187  3e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.129488  normal  0.389289 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1113  FAD dependent oxidoreductase  35.62 
 
 
473 aa  187  3e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6023  hypothetical protein  34.69 
 
 
466 aa  186  6e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0508891  normal  0.530201 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0253  glycine/D-amino acid oxidase (deaminating)  35.21 
 
 
460 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3392  FAD dependent oxidoreductase  32.05 
 
 
464 aa  183  5.0000000000000004e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3857  FAD dependent oxidoreductase  33.48 
 
 
462 aa  174  1.9999999999999998e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1549  FAD dependent oxidoreductase  32.37 
 
 
472 aa  174  2.9999999999999996e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0684426 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3062  FAD dependent oxidoreductase  32.6 
 
 
482 aa  173  5e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.30158  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0242  FAD dependent oxidoreductase  32.03 
 
 
437 aa  171  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1109  FAD dependent oxidoreductase  35 
 
 
457 aa  171  2e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.921836 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2448  FAD dependent oxidoreductase  31.92 
 
 
427 aa  171  3e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1949  FAD dependent oxidoreductase  31.92 
 
 
427 aa  171  3e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.764265  decreased coverage  0.00013363 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2810  FAD dependent oxidoreductase  30.61 
 
 
496 aa  171  3e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.73838  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6084  putative oxidoreductase  31.7 
 
 
439 aa  171  4e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3524  FAD dependent oxidoreductase  31.92 
 
 
427 aa  171  4e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.193766 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3245  FAD dependent oxidoreductase  31.67 
 
 
427 aa  170  5e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.363775  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5703  FAD dependent oxidoreductase  34.15 
 
 
472 aa  170  5e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.563172  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70100  putative oxidoreductase  31.94 
 
 
439 aa  170  6e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2058  hypothetical protein  33.41 
 
 
480 aa  169  1e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00793169  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2906  FAD dependent oxidoreductase  34.23 
 
 
474 aa  169  1e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000261915  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3231  FAD dependent oxidoreductase  33.19 
 
 
466 aa  168  2e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.749546  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2784  FAD dependent oxidoreductase  29.53 
 
 
483 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0950  FAD dependent oxidoreductase  35.25 
 
 
466 aa  167  4e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.230558  normal  0.1985 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0875  FAD dependent oxidoreductase  31.02 
 
 
476 aa  167  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.120395  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0254  FAD dependent oxidoreductase  33.59 
 
 
443 aa  166  5.9999999999999996e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3861  FAD dependent oxidoreductase  30.5 
 
 
470 aa  165  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.833045  normal  0.682317 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28180  hypothetical protein  32 
 
 
427 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0347636  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1975  FAD dependent oxidoreductase  32.42 
 
 
427 aa  164  3e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.185752  normal  0.0484481 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1496  FAD dependent oxidoreductase  28.19 
 
 
453 aa  164  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.381032  normal  0.348972 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1909  FAD dependent oxidoreductase  31.75 
 
 
427 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.275266  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0905  FAD dependent oxidoreductase  30.8 
 
 
468 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.358766 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2153  FAD dependent oxidoreductase  32.46 
 
 
475 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.518095  normal  0.441318 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0232  FAD dependent oxidoreductase  32.49 
 
 
437 aa  163  6e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0863  FAD dependent oxidoreductase  33.85 
 
 
433 aa  163  6e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2456  hypothetical protein  31.75 
 
 
427 aa  163  6e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0482132  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5174  FAD dependent oxidoreductase  32.74 
 
 
456 aa  163  7e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5086  FAD dependent oxidoreductase  32.74 
 
 
456 aa  163  7e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.973879  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2032  FAD dependent oxidoreductase  34.79 
 
 
433 aa  162  9e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1934  FAD dependent oxidoreductase  31.25 
 
 
472 aa  162  1e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0431251 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0919  FAD dependent oxidoreductase  30.42 
 
 
475 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.108527  normal  0.544612 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48010  D-amino acid oxidoreductase family protein  33.58 
 
 
438 aa  162  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5713  FAD dependent oxidoreductase  33.95 
 
 
460 aa  161  2e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.782867 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0903  FAD dependent oxidoreductase  30.54 
 
 
454 aa  161  3e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1885  hypothetical protein  29.15 
 
 
464 aa  160  3e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4303  FAD dependent oxidoreductase  31.92 
 
 
468 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5196  FAD dependent oxidoreductase  29.75 
 
 
486 aa  160  5e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20380  FAD-dependent oxidoreductase  32.58 
 
 
427 aa  160  6e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1280  FAD dependent oxidoreductase  32.15 
 
 
462 aa  160  6e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00857441  normal  0.15279 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7089  FAD dependent oxidoreductase  28.73 
 
 
459 aa  160  6e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.10152 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0378  hypothetical protein  34.54 
 
 
433 aa  159  7e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.18492  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0622  FAD dependent oxidoreductase  32.6 
 
 
463 aa  159  9e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0284  putative oxidoreductase  30.14 
 
 
473 aa  158  2e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5464  FAD dependent oxidoreductase  32.55 
 
 
456 aa  158  2e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2804  FAD dependent oxidoreductase  33.63 
 
 
464 aa  158  2e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2675  FAD dependent oxidoreductase  29.96 
 
 
468 aa  157  4e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0496606 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0826  FAD dependent oxidoreductase  32.26 
 
 
437 aa  157  4e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2383  FAD dependent oxidoreductase  31.03 
 
 
435 aa  156  6e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.155247  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0197  FAD dependent oxidoreductase  31.69 
 
 
430 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00048613 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0390  hypothetical protein  27.52 
 
 
465 aa  155  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0098  hypothetical protein  32.02 
 
 
437 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2617  FAD dependent oxidoreductase  30.36 
 
 
460 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.523362  normal  0.489524 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2124  FAD dependent oxidoreductase  29.87 
 
 
427 aa  155  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.509963  normal  0.340468 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5529  FAD dependent oxidoreductase  32.38 
 
 
436 aa  155  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.460053 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5715  FAD dependent oxidoreductase  30.89 
 
 
480 aa  155  2e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.560117 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2830  FAD dependent oxidoreductase  30.81 
 
 
433 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1821  gamma-glutamylputrescine oxidoreductase  31.13 
 
 
426 aa  153  5e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2324  FAD dependent oxidoreductase  31.13 
 
 
426 aa  153  5e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1511  gamma-glutamylputrescine oxidoreductase  31.13 
 
 
426 aa  153  5e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01278  gamma-Glu-putrescine oxidase, FAD/NAD(P)-binding  31.13 
 
 
426 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.648235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2345  FAD dependent oxidoreductase  31.13 
 
 
426 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000869786  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3244  FAD dependent oxidoreductase  32.71 
 
 
491 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01289  hypothetical protein  31.13 
 
 
426 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.667562  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1124  FAD dependent oxidoreductase  31.34 
 
 
453 aa  153  5.9999999999999996e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.564615  normal  0.27217 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1416  gamma-glutamylputrescine oxidoreductase  31.13 
 
 
426 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>