54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_4021 on replicon NC_007488
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007488  RSP_4021  replication initiation protein RepC  100 
 
 
433 aa  852    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8002  replication initiation protein RepC  42.76 
 
 
414 aa  283  4.0000000000000003e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6315  replication initiation protein RepC  42.55 
 
 
435 aa  281  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.829822  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5557  replication initiation protein RepC  43.13 
 
 
434 aa  281  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.539065  normal  0.740514 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5175  replication initiation protein RepC  41.94 
 
 
402 aa  278  1e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.940689 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6499  replication initiation protein RepC  42.79 
 
 
430 aa  273  5.000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5195  replication initiation protein RepC  41.04 
 
 
434 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.479009  normal  0.106237 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5465  replication initiation protein RepC  41.11 
 
 
434 aa  268  1e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.728994  normal  0.335762 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4709  replication initiation protein RepC  41.13 
 
 
404 aa  268  2e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6052  replication initiation protein RepC  41.37 
 
 
434 aa  266  4e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4102  replication initiation protein RepC  41.22 
 
 
403 aa  266  4e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.95636  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6164  replication initiation protein RepC  42.82 
 
 
425 aa  265  1e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.194324  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4279  replication initiation protein RepC  41.12 
 
 
410 aa  265  1e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0003  replication initiation protein RepC  40.09 
 
 
410 aa  263  4e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.176403 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4573  replication initiation protein RepC  39.58 
 
 
441 aa  259  8e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4519  replication initiation protein RepC  39.81 
 
 
410 aa  258  1e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.592  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7002  replication initiation protein RepC  39.25 
 
 
404 aa  258  1e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5617  replication initiation protein RepC  40.47 
 
 
403 aa  258  2e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0663849  normal  0.1269 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4791  replication initiation protein RepC  39.07 
 
 
423 aa  256  5e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0348646  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4356  replication initiation protein RepC  41.22 
 
 
436 aa  254  2.0000000000000002e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4192  replication initiation protein RepC  39.91 
 
 
449 aa  254  3e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0575341  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9503  replication initiation protein RepC  38 
 
 
409 aa  253  4.0000000000000004e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.812496  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9003  replication initiation protein RepC  40.96 
 
 
425 aa  251  1e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.854777  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6015  replication initiation protein RepC  41.57 
 
 
404 aa  250  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.241299  normal  0.0884238 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4021  replication initiation protein RepC  38.64 
 
 
411 aa  249  5e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0836066  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4454  replication initiation protein RepC  37.08 
 
 
393 aa  249  7e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000305479  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7170  replication initiation protein RepC  42.11 
 
 
404 aa  249  8e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.611656 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4728  replication initiation protein RepC  38.79 
 
 
404 aa  248  2e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0167719  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4585  replication initiation protein RepC  39.95 
 
 
402 aa  247  4e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0342951  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4091  replication initiation protein RepC  41.08 
 
 
437 aa  246  6e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9802  replication initiation protein RepC  37.29 
 
 
404 aa  245  9e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_7387  replication initiation protein RepC  39.12 
 
 
403 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0522109  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4534  replication initiation protein RepC  38.54 
 
 
409 aa  237  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.171833  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6492  replication initiation protein RepC  39.29 
 
 
404 aa  237  3e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.578081  normal  0.568582 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4545  replication initiation protein RepC  38.23 
 
 
401 aa  237  3e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  unclonable  0.0000000970049  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0001  replication initiation protein RepC  36.98 
 
 
397 aa  236  6e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000463229  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0001  replication initiation protein RepC  36.98 
 
 
397 aa  235  1.0000000000000001e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.0000780198  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4673  replication initiation protein RepC  38.99 
 
 
407 aa  232  9e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.795388  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4523  replication protein C  43.57 
 
 
541 aa  230  4e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5002  replication initiation protein RepC  36.47 
 
 
405 aa  218  2e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3743  replication protein C  28.87 
 
 
426 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5212  replication protein C  28.33 
 
 
413 aa  103  6e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3578  replication protein C  28.47 
 
 
451 aa  99.8  1e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8201  replication protein C  27 
 
 
420 aa  94.7  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5478  replication protein C  26.93 
 
 
397 aa  94.4  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3307  replication protein C  26.91 
 
 
463 aa  91.3  3e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4352  replication protein C  29.5 
 
 
510 aa  90.1  7e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3518  replication protein C  29.19 
 
 
453 aa  89  1e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3274  replication protein C  26.16 
 
 
463 aa  79.3  0.0000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4539  replication protein C  27.87 
 
 
426 aa  69.3  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5911  replication protein C  43.43 
 
 
376 aa  66.6  0.0000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.547338  normal  0.0252252 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3847  replication protein C  26.86 
 
 
427 aa  63.9  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8700  replication protein C  48.65 
 
 
381 aa  61.6  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9901  replication protein C  44 
 
 
426 aa  49.7  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>