More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_4029 on replicon NC_007488
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007488  RSP_4029  carbohydrate kinase, PfkB  100 
 
 
299 aa  568  1e-161  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4103  PfkB family kinase  46.78 
 
 
298 aa  213  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4140  ribokinase-like domain-containing protein  46.78 
 
 
298 aa  213  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.682006  normal  0.581205 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4413  PfkB family kinase  47.9 
 
 
298 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0799  ribokinase-like domain-containing protein  52.92 
 
 
310 aa  210  2e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4349  kinase, PfkB family  46.78 
 
 
298 aa  210  3e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4268  PfkB family kinase  48.25 
 
 
298 aa  209  5e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4235  kinase, PfkB family  47.9 
 
 
298 aa  208  7e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.907464  normal  0.927219 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4348  kinase, PfkB family  47.9 
 
 
298 aa  208  7e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.603923  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4302  kinase PfkB family  47.9 
 
 
298 aa  208  7e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4257  kinase, PfkB family  47.9 
 
 
298 aa  208  7e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03768  predicted sugar kinase  47.55 
 
 
298 aa  206  4e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4103  PfkB domain protein  47.55 
 
 
298 aa  206  4e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03717  hypothetical protein  47.55 
 
 
298 aa  206  4e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.953641  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4406  PfkB family kinase  47.55 
 
 
298 aa  206  4e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5330  kinase, PfkB family  47.55 
 
 
298 aa  205  6e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.574224 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5471  PfkB domain protein  43.1 
 
 
324 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.784292 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5201  PfkB domain protein  41.41 
 
 
326 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.515111  normal  0.135366 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0358  ribokinase-like domain-containing protein  39.2 
 
 
306 aa  171  9e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0616  PfkB domain protein  40.33 
 
 
312 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.246916  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0460  PfkB  38.16 
 
 
308 aa  162  5.0000000000000005e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.413409  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0090  PfkB  40.33 
 
 
309 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.125237 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0671  PfkB  40.33 
 
 
309 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.506953 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4851  PfkB  39.67 
 
 
309 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.733485  normal  0.689596 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1019  PfkB domain protein  41.02 
 
 
284 aa  149  8e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.485278 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3386  ribokinase-like domain-containing protein  36.86 
 
 
298 aa  127  3e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.139536 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0970  carbohydrate kinase  39.46 
 
 
314 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2455  PfkB domain-containing protein  41.08 
 
 
282 aa  125  6e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.287722  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0692  carbohydrate kinase  32.98 
 
 
304 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.19709  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1736  PfkB domain protein  33.22 
 
 
304 aa  109  5e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2817  PfkB domain protein  34.78 
 
 
295 aa  108  9.000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.575722  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2812  PfkB  33.45 
 
 
321 aa  107  3e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2483  PfkB domain protein  32.12 
 
 
302 aa  106  5e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4302  PfkB domain protein  30.54 
 
 
297 aa  96.3  6e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1805  PfkB  31 
 
 
318 aa  95.1  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.512756  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3332  ribokinase  31.77 
 
 
297 aa  95.1  1e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0980  ribokinase-like domain-containing protein  34.15 
 
 
300 aa  94.7  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.167032 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2838  putative sugar kinase  29.18 
 
 
299 aa  94.4  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl642  ribokinase  23.97 
 
 
308 aa  94  3e-18  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  30.39 
 
 
308 aa  92.4  8e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0259  ribokinase  33.22 
 
 
295 aa  90.9  2e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00211116  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0041  ribokinase-like domain-containing protein  31.36 
 
 
304 aa  91.3  2e-17  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  29.9 
 
 
306 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  26.37 
 
 
308 aa  90.5  3e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0558  PfkB domain protein  28.77 
 
 
295 aa  90.1  4e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3654  PfkB  29.67 
 
 
300 aa  89  8e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.349862 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  32 
 
 
310 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  32.42 
 
 
308 aa  87.8  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  28.05 
 
 
304 aa  87.8  2e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  28.53 
 
 
305 aa  87  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5483  PfkB domain protein  32.59 
 
 
313 aa  87  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.235286 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4158  ribokinase  34.46 
 
 
301 aa  87  3e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0695289  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1940  PfkB  27.08 
 
 
294 aa  87.4  3e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.123547  normal  0.0238447 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0749  ribokinase  25.32 
 
 
306 aa  87  4e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000720941  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6290  ribokinase  28.62 
 
 
320 aa  86.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.631078 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1986  PfkB  27.76 
 
 
286 aa  86.3  6e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.842187 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1539  ribokinase  28.62 
 
 
320 aa  86.3  6e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.385923  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6906  ribokinase  27.65 
 
 
328 aa  85.9  7e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.135806  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  28.04 
 
 
301 aa  85.9  8e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  32.54 
 
 
315 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1546  PfkB domain protein  25.61 
 
 
285 aa  85.1  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.418317 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2471  ribokinase  35.21 
 
 
297 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1648  PfkB  30.1 
 
 
297 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.46421  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  32.08 
 
 
308 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6950  ribokinase  27.97 
 
 
308 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  26.75 
 
 
309 aa  83.6  0.000000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  25.32 
 
 
308 aa  83.6  0.000000000000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  0.0000000000000234776 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0752  ribokinase-like domain-containing protein  32.89 
 
 
310 aa  82.8  0.000000000000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  26.45 
 
 
306 aa  82.4  0.000000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1913  PfkB domain-containing protein  24.38 
 
 
288 aa  81.6  0.00000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  31.1 
 
 
309 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1094  ribokinase-like domain-containing protein  32.78 
 
 
296 aa  81.6  0.00000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.495819  normal  0.168418 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  30.9 
 
 
312 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  33 
 
 
311 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  33 
 
 
311 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1117  ribokinase-like domain-containing protein  29.62 
 
 
305 aa  80.5  0.00000000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.145837 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  30.77 
 
 
309 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3167  ribokinase  28.96 
 
 
295 aa  79.7  0.00000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0924  ribokinase-like domain-containing protein  22.12 
 
 
305 aa  79.7  0.00000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.108155  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1976  putative ribokinase  32.17 
 
 
305 aa  79.7  0.00000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.191043  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0220  ribokinase  31.25 
 
 
305 aa  79.7  0.00000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.328501  normal  0.180212 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0921  ketohexokinase  31.43 
 
 
292 aa  79.7  0.00000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  27.16 
 
 
307 aa  79  0.00000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  27.33 
 
 
299 aa  78.2  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2848  ketohexokinase  27.02 
 
 
290 aa  78.2  0.0000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3350  hypothetical protein  30.94 
 
 
315 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.373497 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1789  ribokinase  25.67 
 
 
297 aa  77.8  0.0000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225274  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0034  PfkB domain protein  27.96 
 
 
308 aa  78.2  0.0000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0204225  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2100  ribokinase  25.83 
 
 
307 aa  77.4  0.0000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5220  PfkB domain protein  32.33 
 
 
313 aa  77.4  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.946183  normal  0.655823 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1554  ribokinase  28.05 
 
 
310 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  32.67 
 
 
311 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2334  PfkB domain protein  28.91 
 
 
314 aa  77  0.0000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0161012  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1475  ribokinase-like domain-containing protein  32.49 
 
 
305 aa  76.6  0.0000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2308  ribokinase  32.33 
 
 
289 aa  77  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.204246  normal  0.0234698 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0147  ribokinase-like domain-containing protein  28.48 
 
 
318 aa  76.6  0.0000000000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.719935  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  32.42 
 
 
309 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1419  PfkB family kinase  26.48 
 
 
315 aa  75.9  0.0000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.997387  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  29.05 
 
 
302 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2909  ribokinase  30.89 
 
 
302 aa  75.5  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0179509 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>