More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3980 on replicon NC_007488
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007488  RSP_3980  universal stress protein  100 
 
 
149 aa  296  5e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3875  hypothetical protein  60 
 
 
146 aa  147  5e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4074  hypothetical protein  51.68 
 
 
145 aa  146  7e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1016  UspA domain-containing protein  48.99 
 
 
149 aa  140  5e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.597353  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1966  universal stress protein  47.65 
 
 
149 aa  132  1.9999999999999998e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1892  universal stress protein  47.65 
 
 
149 aa  132  1.9999999999999998e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0327911  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3943  UspA domain protein  49.01 
 
 
148 aa  125  1.0000000000000001e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2683  universal stress protein UspA  51.68 
 
 
148 aa  124  4.0000000000000003e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.420949 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2524  UspA domain-containing protein  42.28 
 
 
149 aa  121  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1821  UspA domain-containing protein  44.3 
 
 
147 aa  116  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1055  universal stress protein  46.1 
 
 
148 aa  113  8.999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0994  universal stress protein  46.1 
 
 
148 aa  113  8.999999999999998e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3206  UspA domain protein  44.97 
 
 
151 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.158502 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1519  UspA domain-containing protein  42.48 
 
 
148 aa  109  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0716802  normal  0.348047 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2637  hypothetical protein  42.95 
 
 
144 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.163827  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1173  UspA domain-containing protein  40.4 
 
 
147 aa  107  5e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.761945  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2230  UspA domain-containing protein  43.71 
 
 
171 aa  107  6e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0395018 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4660  putative universal stress protein (Usp)  40.27 
 
 
144 aa  103  8e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.969367  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0788  UspA domain-containing protein  36.91 
 
 
147 aa  103  8e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.523142 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1299  UspA domain protein  39.6 
 
 
144 aa  103  9e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0196706  normal  0.273134 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1233  UspA domain protein  39.6 
 
 
144 aa  103  9e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.997743  normal  0.558302 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1954  hypothetical protein  38.93 
 
 
144 aa  102  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1387  hypothetical protein  39.6 
 
 
144 aa  102  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00373989  normal  0.527764 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1359  hypothetical protein  38.93 
 
 
168 aa  102  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2772  UspA domain-containing protein  41.72 
 
 
147 aa  102  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5358  universal stress protein  39.6 
 
 
144 aa  100  5e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.974267  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1951  UspA domain-containing protein  39.6 
 
 
144 aa  100  8e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.348575 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2081  UspA domain-containing protein  39.6 
 
 
144 aa  100  8e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1587  universal stress protein  39.6 
 
 
144 aa  100  1e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.240234  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3223  universal stress protein  39.6 
 
 
144 aa  100  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2614  universal stress protein family protein  39.6 
 
 
144 aa  100  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.586253  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2471  universal stress family protein  39.6 
 
 
144 aa  100  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2089  universal stress protein  39.6 
 
 
144 aa  100  1e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000150804  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2525  universal stress family protein  39.6 
 
 
144 aa  100  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.245766  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1362  universal stress family protein  39.6 
 
 
144 aa  100  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1228  UspA domain-containing protein  38.93 
 
 
144 aa  99  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.156365 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1997  universal stress protein  38.93 
 
 
144 aa  99.4  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0827286  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1369  UspA domain-containing protein  39.74 
 
 
144 aa  98.6  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.981582 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4308  hypothetical protein  38.93 
 
 
147 aa  97.4  6e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00896563  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3338  UspA domain-containing protein  40.27 
 
 
144 aa  97.1  7e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2487  UspA domain protein  39.6 
 
 
144 aa  97.1  7e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0465125  hitchhiker  0.000264577 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1284  UspA domain protein  38.93 
 
 
147 aa  97.1  8e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0991  hypothetical protein  35.57 
 
 
147 aa  96.3  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0997  UspA domain protein  38.41 
 
 
147 aa  95.9  2e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1081  UspA domain-containing protein  38.41 
 
 
147 aa  95.9  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952859  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1650  universal stress protein  38.93 
 
 
144 aa  94.4  4e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.629264  normal  0.0236614 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2059  UspA domain protein  40.94 
 
 
156 aa  94.7  4e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.3944  hitchhiker  0.00218931 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1926  hypothetical protein  38.26 
 
 
147 aa  93.6  9e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2068  UspA domain-containing protein  39.6 
 
 
144 aa  92.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.960208  normal  0.914393 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6028  hypothetical protein  39.6 
 
 
144 aa  92.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.999121  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2049  UspA domain-containing protein  39.6 
 
 
144 aa  92.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.765605  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4260  UspA domain protein  40.4 
 
 
148 aa  91.7  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.290835  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0916  hypothetical protein  38.22 
 
 
173 aa  91.7  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3459  hypothetical protein  36.91 
 
 
145 aa  90.9  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.450632  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2815  UspA domain protein  37.58 
 
 
147 aa  90.1  9e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0183337  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0015  UspA domain-containing protein  38.93 
 
 
143 aa  90.1  1e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.246066  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0267  universal stress protein  39.07 
 
 
145 aa  88.6  2e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.793437  normal  0.0161119 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4298  hypothetical protein  37.09 
 
 
155 aa  88.6  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248208  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4323  UspA domain protein  39.33 
 
 
146 aa  88.2  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.729204  normal  0.0224521 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4213  UspA domain protein  39.33 
 
 
146 aa  88.2  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.501381  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4983  hypothetical protein  39.33 
 
 
145 aa  88.2  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2306  UspA domain-containing protein  38.85 
 
 
155 aa  87.4  6e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1272  UspA domain-containing protein  36.24 
 
 
145 aa  85.9  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05426  hypothetical protein  36.67 
 
 
146 aa  85.9  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1112  hypothetical protein  34.81 
 
 
144 aa  85.9  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.619921  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0463  UspA domain-containing protein  35.33 
 
 
146 aa  84.7  3e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0704  hypothetical protein  37.75 
 
 
148 aa  83.6  8e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4356  UspA domain-containing protein  34.23 
 
 
145 aa  82.8  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.244024  normal  0.219177 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1206  hypothetical protein  34.44 
 
 
154 aa  82  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.670905  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1676  hypothetical protein  36.24 
 
 
143 aa  81.3  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.631803 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0825  universal stress protein  37.41 
 
 
164 aa  80.9  0.000000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2886  UspA domain-containing protein  41.45 
 
 
148 aa  81.3  0.000000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0844522  normal  0.787665 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0118  UspA domain-containing protein  37.09 
 
 
144 aa  80.5  0.000000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.385941 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1279  hypothetical protein  42.86 
 
 
158 aa  80.5  0.000000000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.471919 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0228  UspA domain protein  39.74 
 
 
144 aa  80.5  0.000000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.115538 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2198  hypothetical protein  36.24 
 
 
145 aa  79.3  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.76051  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1603  UspA domain protein  38.26 
 
 
208 aa  79.3  0.00000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1925  UspA domain-containing protein  35.57 
 
 
144 aa  79  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2008  UspA domain-containing protein  34.23 
 
 
141 aa  78.2  0.00000000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2014  UspA domain protein  39.19 
 
 
307 aa  78.2  0.00000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.494901 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2298  UspA domain-containing protein  34.44 
 
 
164 aa  78.6  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.178234  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0973  UspA domain protein  38.16 
 
 
155 aa  77.8  0.00000000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3655  UspA domain protein  35.1 
 
 
147 aa  77.8  0.00000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.850888  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0032  universal stress protein  34.23 
 
 
155 aa  77  0.00000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1185  universal stress protein  34.23 
 
 
155 aa  77  0.00000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1309  UspA domain protein  37.34 
 
 
153 aa  77.4  0.00000000000007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.678787 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0038  universal stress protein  34.23 
 
 
155 aa  77  0.00000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.283622  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0038  universal stress family protein  34.23 
 
 
155 aa  77.4  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.98264  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1706  UspA domain protein  37.58 
 
 
290 aa  77  0.00000000000007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.873691  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1465  universal stress protein  34.23 
 
 
155 aa  77  0.00000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0624  UspA domain-containing protein  33.56 
 
 
139 aa  77  0.00000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1311  UspA domain protein  34.44 
 
 
187 aa  76.6  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.519886  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5263  UspA domain protein  35.57 
 
 
138 aa  76.6  0.0000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.179366  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3147  universal stress protein  31.54 
 
 
150 aa  76.3  0.0000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00251172  normal  0.0145111 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1851  UspA domain-containing protein  34.23 
 
 
142 aa  76.3  0.0000000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1974  hypothetical protein  34.46 
 
 
166 aa  75.9  0.0000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0036  universal stress protein  33.56 
 
 
155 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1197  hypothetical protein  35.1 
 
 
151 aa  75.9  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2339  UspA domain-containing protein  35.57 
 
 
128 aa  75.1  0.0000000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0225784 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1171  UspA domain protein  35.37 
 
 
153 aa  75.1  0.0000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00282044 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>