188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3944 on replicon NC_007488
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007488  RSP_3944  AP endonuclease  100 
 
 		 285 aa  565  1e-160  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0718494  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79 
 
 		 286 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0394614 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5464  xylose isomerase domain-containing protein  29.2 
 
 		 279 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.448037  normal  0.953141 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03223  predicted isomerase  29.11 
 
 		 276 aa  116  3e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.11 
 
 		 276 aa  116  3e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03175  hypothetical protein  29.11 
 
 		 276 aa  116  3e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3842  fructoselysine 3-epimerase  29.11 
 
 		 276 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0340  fructoselysine 3-epimerase  29.11 
 
 		 276 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.452792 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4684  fructoselysine 3-epimerase  29.11 
 
 		 275 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3568  fructoselysine 3-epimerase  29.11 
 
 		 276 aa  116  5e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3750  fructoselysine 3-epimerase  29.11 
 
 		 276 aa  116  5e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238004  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  31.23 
 
 		 268 aa  94.4  2e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  32.71 
 
 		 295 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  32.71 
 
 		 295 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  30.04 
 
 		 289 aa  73.2  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5867  xylose isomerase domain-containing protein  26.69 
 
 		 295 aa  72.4  0.000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.102013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.06 
 
 		 293 aa  68.2  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  36.5 
 
 		 278 aa  67.8  0.0000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.61 
 
 		 283 aa  68.2  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5314  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.55 
 
 		 282 aa  67.4  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4619  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.95 
 
 		 282 aa  67  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154569  normal  0.87312 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  28.42 
 
 		 293 aa  66.6  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.12 
 
 		 282 aa  66.6  0.0000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.29 
 
 		 276 aa  66.2  0.0000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0529  xylose isomerase-like TIM barrel  26.95 
 
 		 281 aa  65.9  0.0000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0189964  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.27 
 
 		 295 aa  65.9  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.263775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.97 
 
 		 258 aa  65.1  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3635  xylose isomerase domain-containing protein  29.76 
 
 		 282 aa  64.3  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0531  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.8 
 
 		 258 aa  63.5  0.000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0533  xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.36 
 
 		 282 aa  61.2  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.605213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  30.29 
 
 		 297 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0401  xylose isomerase-like TIM barrel  31.25 
 
 		 354 aa  60.5  0.00000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0010085  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.65 
 
 		 264 aa  60.5  0.00000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3200  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.71 
 
 		 287 aa  60.5  0.00000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.278083  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.68 
 
 		 289 aa  60.5  0.00000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4045  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 		 283 aa  58.9  0.00000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.33 
 
 		 275 aa  58.5  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.18 
 
 		 290 aa  57.8  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0259  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.82 
 
 		 294 aa  57.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.64 
 
 		 282 aa  57  0.0000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.5 
 
 		 290 aa  57  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.71 
 
 		 292 aa  56.6  0.0000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.22 
 
 		 280 aa  56.6  0.0000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4185  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.66 
 
 		 273 aa  55.8  0.0000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00570  sugar phosphate isomerase/epimerase  26.81 
 
 		 294 aa  55.1  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.170304 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  29.53 
 
 		 283 aa  55.1  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  28.23 
 
 		 290 aa  55.5  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2842  Hydroxypyruvate isomerase  26.54 
 
 		 271 aa  54.7  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0814661  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1981  xylose isomerase domain-containing protein  24.64 
 
 		 287 aa  54.3  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  27.46 
 
 		 256 aa  53.9  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0405  xylose isomerase domain-containing protein  28.82 
 
 		 298 aa  53.9  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.601416  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2644  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.06 
 
 		 332 aa  53.5  0.000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00164635  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2206  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26 
 
 		 260 aa  53.1  0.000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313924  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0554  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.25 
 
 		 275 aa  53.5  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4538  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.84 
 
 		 281 aa  53.1  0.000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.535239 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0409  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.24 
 
 		 274 aa  53.1  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2709  hypothetical protein  40.79 
 
 		 305 aa  53.1  0.000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.320407  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3700  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.38 
 
 		 299 aa  53.1  0.000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4163  xylose isomerase domain-containing protein  26.19 
 
 		 257 aa  52.8  0.000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11110  sugar phosphate isomerase/epimerase  33.95 
 
 		 480 aa  52.8  0.000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.479367  normal  0.230414 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  31.93 
 
 		 295 aa  52.4  0.000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4228  xylose isomerase domain-containing protein  30.23 
 
 		 268 aa  52.4  0.000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0973  hypothetical protein  23.41 
 
 		 257 aa  52  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.03 
 
 		 262 aa  52  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5002  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.16 
 
 		 312 aa  51.6  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0821356  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2160  xylose isomerase domain-containing protein  24.6 
 
 		 262 aa  51.2  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.26775 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1251  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.11 
 
 		 274 aa  51.6  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.725023  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0288  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.82 
 
 		 294 aa  51.2  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3029  xylose isomerase-like TIM barrel  23.67 
 
 		 265 aa  50.4  0.00003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.599496  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.73 
 
 		 285 aa  50.8  0.00003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1679  xylose isomerase domain-containing protein  25.55 
 
 		 300 aa  50.4  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.338989  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3410  xylose isomerase domain-containing protein  41.77 
 
 		 272 aa  50.8  0.00003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.498178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4598  xylose isomerase-like TIM barrel  27.12 
 
 		 277 aa  49.7  0.00005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8563  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.56 
 
 		 278 aa  49.7  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0314267  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29590  sugar phosphate isomerase/epimerase  34.62 
 
 		 739 aa  49.7  0.00006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06190  xylose isomerase  27.46 
 
 		 393 aa  49.3  0.00007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1496  xylose isomerase domain-containing protein  26.23 
 
 		 279 aa  49.3  0.00007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00334669  normal  0.969169 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1971  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.58 
 
 		 265 aa  49.3  0.00007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1808  AP endonuclease  24.19 
 
 		 262 aa  49.3  0.00007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01291  predicted enzyme  24.19 
 
 		 262 aa  48.9  0.00009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.19 
 
 		 262 aa  48.9  0.00009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.297697  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2404  xylose isomerase domain-containing protein  25.93 
 
 		 262 aa  48.9  0.00009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.167076 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01302  hypothetical protein  24.19 
 
 		 262 aa  48.9  0.00009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4204  xylose isomerase domain-containing protein  26.55 
 
 		 629 aa  48.9  0.00009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1429  AP endonuclease  24.19 
 
 		 262 aa  48.9  0.00009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1959  AP endonuclease, family 2  24.81 
 
 		 262 aa  48.9  0.00009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0839995  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.94 
 
 		 270 aa  48.9  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.269917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0246  Hydroxypyruvate isomerase  26.52 
 
 		 277 aa  48.5  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2326  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.18 
 
 		 284 aa  48.5  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00147679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0292  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.29 
 
 		 615 aa  48.5  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2074  xylose isomerase-like TIM barrel  28.11 
 
 		 274 aa  48.1  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.270414  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0782  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.17 
 
 		 630 aa  48.9  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.817905  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2685  xylose isomerase domain-containing protein  28.11 
 
 		 274 aa  48.1  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1795  xylose isomerase  27.94 
 
 		 379 aa  48.1  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000406384  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.69 
 
 		 303 aa  48.1  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1892  xylose isomerase domain-containing protein  26.53 
 
 		 275 aa  48.1  0.0002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.230832 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3378  hydroxypyruvate isomerase  25.26 
 
 		 264 aa  47.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.490297  normal  0.0397331 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2311  xylose isomerase domain-containing protein  24.71 
 
 		 262 aa  47.8  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3113  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.23 
 
 		 256 aa  48.1  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.787534  normal  0.440249 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3955  xylose isomerase domain-containing protein  27.71 
 
 		 276 aa  47.4  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00177251  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>