More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3671 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  100 
 
 		 295 aa  593  1e-169  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  98.98 
 
 		 295 aa  588  1e-167  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  59.31 
 
 		 293 aa  334  1e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.36 
 
 		 290 aa  181  1e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  36.84 
 
 		 297 aa  152  8e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  32.6 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.86 
 
 		 290 aa  139  3.9999999999999997e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.64 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  31.86 
 
 		 290 aa  136  4e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.07 
 
 		 292 aa  136  5e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4538  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.22 
 
 		 281 aa  135  6.0000000000000005e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.535239 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0533  xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.32 
 
 		 282 aa  135  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.605213  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.46 
 
 		 275 aa  134  9.999999999999999e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.13 
 
 		 289 aa  133  3.9999999999999996e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  31.5 
 
 		 295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12330  sugar phosphate isomerase/epimerase  32.28 
 
 		 288 aa  130  2.0000000000000002e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.205248  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4045  xylose isomerase domain-containing protein  30.32 
 
 		 283 aa  130  2.0000000000000002e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1263  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.06 
 
 		 297 aa  124  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281951  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.46 
 
 		 283 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0259  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.04 
 
 		 294 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.24 
 
 		 283 aa  116  5e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.14 
 
 		 285 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  37.67 
 
 		 268 aa  111  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3635  xylose isomerase domain-containing protein  30.96 
 
 		 282 aa  109  6e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3174  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.82 
 
 		 283 aa  107  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  30.18 
 
 		 283 aa  107  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.41 
 
 		 288 aa  105  1e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5314  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.8 
 
 		 282 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4619  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.47 
 
 		 282 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154569  normal  0.87312 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0288  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.56 
 
 		 294 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  29.61 
 
 		 270 aa  100  3e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  45.22 
 
 		 278 aa  99.8  5e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3261  hypothetical protein  30.47 
 
 		 282 aa  98.6  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.879119  normal  0.639309 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.76 
 
 		 282 aa  97.1  3e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5867  xylose isomerase domain-containing protein  34.06 
 
 		 295 aa  95.5  9e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.102013  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.5 
 
 		 295 aa  92  9e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.263775  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.74 
 
 		 264 aa  87  4e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1251  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.57 
 
 		 274 aa  85.1  0.000000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.725023  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.46 
 
 		 262 aa  84.7  0.000000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.48 
 
 		 279 aa  79.3  0.00000000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.33 
 
 		 303 aa  78.2  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3944  AP endonuclease  32.71 
 
 		 285 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0718494  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.82 
 
 		 286 aa  73.2  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0394614 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3367  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.15 
 
 		 298 aa  72  0.00000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0558916 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01291  predicted enzyme  30 
 
 		 262 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30 
 
 		 262 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.297697  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2311  xylose isomerase domain-containing protein  30 
 
 		 262 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1429  AP endonuclease  30 
 
 		 262 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01302  hypothetical protein  30 
 
 		 262 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1524  AP endonuclease  30 
 
 		 262 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1902  xylose isomerase domain-containing protein  34.11 
 
 		 299 aa  70.5  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1528  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.9 
 
 		 264 aa  70.1  0.00000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1808  AP endonuclease  30 
 
 		 262 aa  69.7  0.00000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1959  AP endonuclease, family 2  30 
 
 		 262 aa  69.7  0.00000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0839995  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  31.11 
 
 		 250 aa  68.9  0.00000000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3631  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.85 
 
 		 275 aa  68.9  0.00000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.9121  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1969  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.07 
 
 		 270 aa  68.6  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29070  sugar phosphate isomerase/epimerase  33.33 
 
 		 288 aa  68.9  0.0000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00458  hydroxypyruvate isomerase  25.63 
 
 		 258 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.751856  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3104  hydroxypyruvate isomerase  25.63 
 
 		 258 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0609  hydroxypyruvate isomerase  25.63 
 
 		 258 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0582  hydroxypyruvate isomerase  25.63 
 
 		 258 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00463  hypothetical protein  25.63 
 
 		 258 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3114  hydroxypyruvate isomerase  25.63 
 
 		 258 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.334824 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0545  hydroxypyruvate isomerase  25.63 
 
 		 258 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0649  xylose isomerase domain-containing protein  24.9 
 
 		 304 aa  67.4  0.0000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.0000488201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3564  xylose isomerase domain-containing protein  29.84 
 
 		 257 aa  66.6  0.0000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0379741  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31430  Xylose isomerase-like TIM barrel protein, probably inolved in myo-inositol catabolism  35.62 
 
 		 262 aa  66.2  0.0000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.161007  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0551  hydroxypyruvate isomerase  25.21 
 
 		 258 aa  65.9  0.0000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3575  xylose isomerase domain-containing protein  27.23 
 
 		 256 aa  65.9  0.0000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2160  xylose isomerase domain-containing protein  27.92 
 
 		 262 aa  65.5  0.0000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.26775 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2228  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.07 
 
 		 287 aa  63.9  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498591  normal  0.437814 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3449  xylose isomerase-like TIM barrel  32.77 
 
 		 271 aa  63.9  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2394  xylose isomerase domain-containing protein  34.18 
 
 		 259 aa  64.3  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1112  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.55 
 
 		 259 aa  63.5  0.000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1719  hypothetical protein  32.39 
 
 		 293 aa  63.2  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0572  hydroxypyruvate isomerase  27.38 
 
 		 258 aa  62.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0567  hydroxypyruvate isomerase  27.38 
 
 		 258 aa  62.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1107  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.87 
 
 		 273 aa  62.8  0.000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3292  hydroxypyruvate isomerase  30.25 
 
 		 260 aa  62.4  0.000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.202186  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4666  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.2 
 
 		 630 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.735725 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3457  Hydroxypyruvate isomerase  29.24 
 
 		 273 aa  61.6  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000196511  decreased coverage  0.00813341 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2613  hydroxypyruvate isomerase  30.3 
 
 		 267 aa  61.6  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0565  hydroxypyruvate isomerase  26.79 
 
 		 258 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.551663  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  27 
 
 		 259 aa  61.2  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4163  xylose isomerase domain-containing protein  28.69 
 
 		 257 aa  60.5  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1081  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.87 
 
 		 628 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796659  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3048  hypothetical protein  35.56 
 
 		 262 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.127987  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0626  hydroxypyruvate isomerase  26.79 
 
 		 258 aa  60.5  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.396658  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6726  putative endonuclease protein  29.12 
 
 		 285 aa  59.7  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.416579  normal  0.564821 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29590  sugar phosphate isomerase/epimerase  36.04 
 
 		 739 aa  60.1  0.00000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5194  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.8 
 
 		 630 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3334  xylose isomerase domain-containing protein  29.86 
 
 		 277 aa  58.9  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2368  hydroxypyruvate isomerase  30.77 
 
 		 259 aa  58.5  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  30.56 
 
 		 260 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  30.06 
 
 		 260 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5035  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  34.97 
 
 		 632 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3062  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.39 
 
 		 630 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1298  hydroxypyruvate isomerase  29.17 
 
 		 259 aa  58.2  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.39 
 
 		 630 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.114512 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>