222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1902 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1902  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 299 aa  593  1e-169  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.78 
 
 		 303 aa  226  3e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2228  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.96 
 
 		 287 aa  208  7e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498591  normal  0.437814 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1112  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.47 
 
 		 259 aa  144  2e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2206  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.55 
 
 		 260 aa  134  9.999999999999999e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313924  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2682  xylose isomerase domain-containing protein  33.99 
 
 		 258 aa  119  4.9999999999999996e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2201  xylose isomerase domain-containing protein  32.41 
 
 		 258 aa  117  3e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.586932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  35.92 
 
 		 270 aa  85.1  0.000000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.76 
 
 		 282 aa  79.3  0.00000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29590  sugar phosphate isomerase/epimerase  35.17 
 
 		 739 aa  78.6  0.0000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.9 
 
 		 264 aa  76.6  0.0000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.36 
 
 		 290 aa  74.3  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  30.77 
 
 		 250 aa  74.7  0.000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1528  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.58 
 
 		 264 aa  73.9  0.000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2461  hydroxypyruvate isomerase  39.25 
 
 		 269 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.731976  normal  0.599526 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.59 
 
 		 262 aa  73.2  0.000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  34.59 
 
 		 295 aa  71.6  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4572  hydroxypyruvate isomerase  36.57 
 
 		 258 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0168162 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  34.11 
 
 		 295 aa  70.1  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.91 
 
 		 292 aa  70.5  0.00000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.82 
 
 		 283 aa  69.7  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4202  hydroxypyruvate isomerase  35.82 
 
 		 268 aa  69.3  0.00000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.407118 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.82 
 
 		 283 aa  68.6  0.0000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3631  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.25 
 
 		 275 aa  68.2  0.0000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.9121  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4719  hydroxypyruvate isomerase  38.68 
 
 		 258 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00317481 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1781  hydroxypyruvate isomerase  36.54 
 
 		 269 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.168778  normal  0.857209 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1251  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.19 
 
 		 274 aa  67  0.0000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.725023  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  36.29 
 
 		 293 aa  66.6  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  34.13 
 
 		 264 aa  66.2  0.0000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  28.8 
 
 		 283 aa  65.9  0.0000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1621  hydroxypyruvate isomerase  31.06 
 
 		 266 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.377689  normal  0.533551 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2365  hydroxypyruvate isomerase  28.87 
 
 		 266 aa  65.1  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0259  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.91 
 
 		 294 aa  64.7  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3292  hydroxypyruvate isomerase  28.24 
 
 		 260 aa  63.2  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.202186  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1298  hydroxypyruvate isomerase  31.73 
 
 		 259 aa  63.2  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  33.76 
 
 		 278 aa  63.2  0.000000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6200  hydroxypyruvate isomerase  38.78 
 
 		 269 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0219655  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1879  hydroxypyruvate isomerase  38.78 
 
 		 269 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0860973  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1902  hydroxypyruvate isomerase  38.78 
 
 		 269 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000606406 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3479  hydroxypyruvate isomerase  29.84 
 
 		 260 aa  62.8  0.000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  32 
 
 		 289 aa  62.8  0.000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2425  hydroxypyruvate isomerase  33.59 
 
 		 262 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2260  hydroxypyruvate isomerase  33.59 
 
 		 262 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.654587  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2300  hydroxypyruvate isomerase  33.59 
 
 		 262 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.946761  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1788  hydroxypyruvate isomerase  38.78 
 
 		 269 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1816  hydroxypyruvate isomerase  38.78 
 
 		 269 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5179  hydroxypyruvate isomerase  38.78 
 
 		 269 aa  62  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.265819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3449  xylose isomerase-like TIM barrel  30.08 
 
 		 271 aa  62  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1395  hydroxypyruvate isomerase  31.5 
 
 		 269 aa  62  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0279437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.04 
 
 		 289 aa  62  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.43 
 
 		 279 aa  61.2  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1301  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.13 
 
 		 256 aa  61.6  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00429624  normal  0.0206952 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4538  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.49 
 
 		 281 aa  61.2  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.535239 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1969  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.06 
 
 		 270 aa  61.2  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1136  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.56 
 
 		 312 aa  60.5  0.00000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1597  hydroxypyruvate isomerase  29.77 
 
 		 260 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00143749  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2172  hydroxypyruvate isomerase  30.53 
 
 		 269 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.42054  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2311  xylose isomerase domain-containing protein  33.98 
 
 		 262 aa  59.7  0.00000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1174  hydroxypyruvate isomerase  32.11 
 
 		 262 aa  60.1  0.00000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.970176  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01291  predicted enzyme  33.98 
 
 		 262 aa  59.7  0.00000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.98 
 
 		 262 aa  59.7  0.00000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.297697  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01302  hypothetical protein  33.98 
 
 		 262 aa  59.7  0.00000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  30.25 
 
 		 268 aa  59.7  0.00000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  31.78 
 
 		 259 aa  59.7  0.00000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1429  AP endonuclease  33.98 
 
 		 262 aa  59.7  0.00000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1524  AP endonuclease  33.98 
 
 		 262 aa  59.7  0.00000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  25.17 
 
 		 260 aa  59.3  0.00000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  34 
 
 		 263 aa  59.3  0.00000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  29.01 
 
 		 260 aa  59.3  0.00000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3195  hydroxypyruvate isomerase  33.83 
 
 		 263 aa  59.3  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.568718  normal  0.0120723 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3152  hydroxypyruvate isomerase  28.23 
 
 		 260 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.2 
 
 		 290 aa  58.5  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1808  AP endonuclease  33.68 
 
 		 262 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4012  xylose isomerase domain-containing protein  33.09 
 
 		 260 aa  58.5  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.167546  normal  0.990546 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2160  xylose isomerase domain-containing protein  30.09 
 
 		 262 aa  58.5  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.26775 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.76 
 
 		 293 aa  58.2  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.69 
 
 		 275 aa  58.2  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1959  AP endonuclease, family 2  33.98 
 
 		 262 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0839995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1554  putative isomerase  31.19 
 
 		 254 aa  57.8  0.0000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.534878  normal  0.610325 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0147  hydroxypyruvate isomerase, putative  32.54 
 
 		 261 aa  57.4  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.999741  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0132  putative hydroxypyruvate isomerase  32.54 
 
 		 261 aa  57.4  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0567  hydroxypyruvate isomerase  24.06 
 
 		 258 aa  57  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0565  hydroxypyruvate isomerase  24.06 
 
 		 258 aa  56.6  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.551663  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0572  hydroxypyruvate isomerase  24.06 
 
 		 258 aa  57  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4043  hypothetical protein  40 
 
 		 284 aa  56.6  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.587749  normal  0.406435 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3113  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.83 
 
 		 256 aa  56.2  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.787534  normal  0.440249 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  29.77 
 
 		 256 aa  56.2  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1924  Hydroxypyruvate isomerase  37.17 
 
 		 280 aa  55.8  0.0000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000334865  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2311  hydroxypyruvate isomerase  27.42 
 
 		 256 aa  55.8  0.0000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3564  xylose isomerase domain-containing protein  33.65 
 
 		 257 aa  55.8  0.0000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0379741  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  29.6 
 
 		 295 aa  55.8  0.0000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3261  hypothetical protein  30.91 
 
 		 282 aa  55.8  0.0000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.879119  normal  0.639309 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1477  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.85 
 
 		 273 aa  55.1  0.000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3623  hydroxypyruvate isomerase  28.23 
 
 		 260 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4298  hydroxypyruvate isomerase  28.23 
 
 		 260 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0533  xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.66 
 
 		 282 aa  54.7  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.605213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0626  hydroxypyruvate isomerase  23.31 
 
 		 258 aa  54.3  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.396658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0211  hydroxypyruvate isomerase  31.43 
 
 		 258 aa  54.7  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1571  hydroxypyruvate isomerase  27.48 
 
 		 260 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.148654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  29.13 
 
 		 297 aa  53.9  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>