More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5868 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 
283 aa  586  1e-166  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  81.91 
 
 
283 aa  486  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  45.74 
 
 
279 aa  229  4e-59  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.59 
 
 
289 aa  217  1e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.99 
 
 
275 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1263  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.23 
 
 
297 aa  195  6e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281951  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3174  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.27 
 
 
283 aa  193  3e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.49 
 
 
290 aa  150  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.98 
 
 
285 aa  144  1e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.14 
 
 
282 aa  140  3e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.71 
 
 
283 aa  136  4e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4538  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.79 
 
 
281 aa  133  3e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.535239 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4619  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.35 
 
 
282 aa  129  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154569  normal  0.87312 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0533  xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.66 
 
 
282 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.605213  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3635  xylose isomerase domain-containing protein  30.36 
 
 
282 aa  126  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5314  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.99 
 
 
282 aa  126  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12330  sugar phosphate isomerase/epimerase  32.01 
 
 
288 aa  126  4.0000000000000003e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.205248  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.71 
 
 
290 aa  126  5e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4045  xylose isomerase domain-containing protein  30 
 
 
283 aa  124  1e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.32 
 
 
293 aa  122  8e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  31.45 
 
 
290 aa  120  1.9999999999999998e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  36.9 
 
 
289 aa  119  6e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  31.56 
 
 
295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.68 
 
 
292 aa  110  4.0000000000000004e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  33.08 
 
 
293 aa  109  5e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.25 
 
 
262 aa  108  8.000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  30.18 
 
 
295 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  29.63 
 
 
268 aa  107  3e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.59 
 
 
288 aa  103  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  27.11 
 
 
297 aa  104  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0259  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.97 
 
 
294 aa  102  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  29.63 
 
 
295 aa  102  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1969  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.55 
 
 
270 aa  99  7e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.89 
 
 
264 aa  99  8e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0288  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.27 
 
 
294 aa  91.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341149  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3261  hypothetical protein  28.16 
 
 
282 aa  91.7  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.879119  normal  0.639309 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5867  xylose isomerase domain-containing protein  27.93 
 
 
295 aa  87.8  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.102013  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.38 
 
 
295 aa  86.7  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.263775  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  27.39 
 
 
278 aa  83.6  0.000000000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1528  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.64 
 
 
264 aa  82.4  0.000000000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01291  predicted enzyme  26.69 
 
 
262 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.69 
 
 
262 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.297697  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1808  AP endonuclease  26.69 
 
 
262 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01302  hypothetical protein  26.69 
 
 
262 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1429  AP endonuclease  26.69 
 
 
262 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2160  xylose isomerase domain-containing protein  34.38 
 
 
262 aa  80.5  0.00000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.26775 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2311  xylose isomerase domain-containing protein  31.54 
 
 
262 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  24.77 
 
 
270 aa  80.1  0.00000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1959  AP endonuclease, family 2  31.54 
 
 
262 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0839995  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1524  AP endonuclease  25.94 
 
 
262 aa  79.3  0.00000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1251  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.69 
 
 
274 aa  79  0.00000000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.725023  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4309  hydroxypyruvate isomerase  29.49 
 
 
271 aa  76.6  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0533507 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  31.94 
 
 
250 aa  75.9  0.0000000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0782  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.46 
 
 
630 aa  75.5  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.817905  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2206  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.06 
 
 
260 aa  73.9  0.000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313924  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1924  Hydroxypyruvate isomerase  26.67 
 
 
280 aa  73.2  0.000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000334865  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  27.66 
 
 
264 aa  72.4  0.000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2140  Hydroxypyruvate isomerase  33.59 
 
 
273 aa  70.9  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7092  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.31 
 
 
631 aa  69.7  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26168  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5952  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.65 
 
 
631 aa  69.3  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0955687  decreased coverage  0.00791612 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4194  xylose isomerase-like TIM barrel  24.38 
 
 
334 aa  68.6  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00304718 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4428  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.3 
 
 
633 aa  68.6  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3378  hydroxypyruvate isomerase  34.07 
 
 
264 aa  68.6  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.490297  normal  0.0397331 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0529  xylose isomerase-like TIM barrel  27.73 
 
 
281 aa  67  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0189964  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  25.79 
 
 
259 aa  67.4  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2201  xylose isomerase domain-containing protein  30.58 
 
 
258 aa  67  0.0000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.586932  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1902  xylose isomerase domain-containing protein  28.8 
 
 
299 aa  66.6  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2503  hydroxypyruvate isomerase  33.59 
 
 
264 aa  66.2  0.0000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3195  hydroxypyruvate isomerase  26.42 
 
 
263 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.568718  normal  0.0120723 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3564  xylose isomerase domain-containing protein  26.99 
 
 
257 aa  66.2  0.0000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0379741  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3575  xylose isomerase domain-containing protein  29.05 
 
 
256 aa  65.9  0.0000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0474  hydroxypyruvate isomerase  29.56 
 
 
258 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166076  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3899  hydroxypyruvate isomerase  33.33 
 
 
251 aa  65.5  0.0000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.194463  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4185  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.47 
 
 
273 aa  64.7  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4204  xylose isomerase domain-containing protein  24.74 
 
 
629 aa  65.1  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460434  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2368  hydroxypyruvate isomerase  38.32 
 
 
259 aa  64.7  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1158  hydroxypyruvate isomerase  28.57 
 
 
268 aa  64.7  0.000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.671898  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1586  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.69 
 
 
621 aa  64.3  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.435654  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1554  putative isomerase  27.73 
 
 
254 aa  63.9  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.534878  normal  0.610325 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1567  hydroxypyruvate isomerase  28.39 
 
 
258 aa  64.3  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3496  hydroxypyruvate isomerase  25.91 
 
 
258 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0849997  normal  0.283205 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3141  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.01 
 
 
335 aa  63.5  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0572  hydroxypyruvate isomerase  30.13 
 
 
258 aa  63.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0606  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.92 
 
 
624 aa  63.5  0.000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0633938 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0567  hydroxypyruvate isomerase  30.13 
 
 
258 aa  63.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1174  hydroxypyruvate isomerase  31.36 
 
 
262 aa  63.5  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.970176  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2978  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.01 
 
 
335 aa  63.5  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.856422 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.66 
 
 
303 aa  63.2  0.000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4427  hydroxypyruvate isomerase  29.27 
 
 
262 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.198005  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4012  xylose isomerase domain-containing protein  30.34 
 
 
260 aa  62.8  0.000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.167546  normal  0.990546 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8563  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.9 
 
 
278 aa  62.4  0.000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0314267  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0565  hydroxypyruvate isomerase  30.77 
 
 
258 aa  62.4  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.551663  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3913  xylose isomerase domain-containing protein  27.55 
 
 
617 aa  62  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.974395  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2613  hydroxypyruvate isomerase  25.76 
 
 
267 aa  62  0.00000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4554  hydroxypyruvate isomerase  28.3 
 
 
258 aa  62  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  0.368967 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3736  Hydroxypyruvate isomerase  27.07 
 
 
262 aa  60.8  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5120  hydroxypyruvate isomerase  26.91 
 
 
258 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3208  hydroxypyruvate isomerase  26.91 
 
 
258 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5159  hydroxypyruvate isomerase  26.91 
 
 
258 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.324976  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  28.77 
 
 
259 aa  60.8  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>