More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_3575 on replicon NC_009427
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009427  Saro_3575  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 256 aa  520  1e-147  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3113  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.1 
 
 		 256 aa  156  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.787534  normal  0.440249 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  35.51 
 
 		 256 aa  154  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3564  xylose isomerase domain-containing protein  38.08 
 
 		 257 aa  137  2e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0379741  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  36.36 
 
 		 250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1301  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.54 
 
 		 256 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00429624  normal  0.0206952 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1174  hydroxypyruvate isomerase  29.57 
 
 		 262 aa  110  3e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.970176  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2118  hydroxypyruvate isomerase  29.8 
 
 		 266 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0266277 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0020  hypothetical protein  31.09 
 
 		 262 aa  103  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.138735  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  32.17 
 
 		 259 aa  103  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5294  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31 
 
 		 265 aa  103  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2770  hydroxypyruvate isomerase  30.71 
 
 		 265 aa  103  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0252433  normal  0.732675 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1134  hydroxypyruvate isomerase  28.81 
 
 		 259 aa  103  3e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.852559 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  27.72 
 
 		 260 aa  103  4e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3052  xylose isomerase domain-containing protein  24.67 
 
 		 256 aa  102  7e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0431176 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  32.79 
 
 		 263 aa  101  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4562  hydroxypyruvate isomerase  30.74 
 
 		 259 aa  101  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.427343  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3449  xylose isomerase-like TIM barrel  32.38 
 
 		 271 aa  101  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3830  hydroxypyruvate isomerase  31.37 
 
 		 260 aa  101  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3292  hydroxypyruvate isomerase  32.79 
 
 		 260 aa  100  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.202186  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1298  hydroxypyruvate isomerase  30.23 
 
 		 259 aa  101  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2311  hydroxypyruvate isomerase  30.12 
 
 		 256 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279204  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1924  Hydroxypyruvate isomerase  31.9 
 
 		 280 aa  101  2e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000334865  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45010  putative hydroxypyruvate isomerase  30.59 
 
 		 260 aa  99  7e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.224213  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3152  hydroxypyruvate isomerase  29.66 
 
 		 260 aa  97.8  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4719  hydroxypyruvate isomerase  32.38 
 
 		 258 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00317481 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3623  hydroxypyruvate isomerase  29.41 
 
 		 260 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1571  hydroxypyruvate isomerase  29.02 
 
 		 260 aa  96.7  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.148654  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0958  hydroxypyruvate isomerase  30.12 
 
 		 267 aa  96.7  4e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  29.02 
 
 		 260 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4298  hydroxypyruvate isomerase  29.02 
 
 		 260 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2140  Hydroxypyruvate isomerase  31.97 
 
 		 273 aa  95.9  5e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4554  hydroxypyruvate isomerase  30.47 
 
 		 258 aa  95.9  5e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  0.368967 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0567  hydroxypyruvate isomerase  27.73 
 
 		 258 aa  95.9  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0572  hydroxypyruvate isomerase  27.73 
 
 		 258 aa  95.9  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5120  hydroxypyruvate isomerase  30.47 
 
 		 258 aa  95.5  7e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4852  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.15 
 
 		 264 aa  95.5  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.859546  normal  0.0990251 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0565  hydroxypyruvate isomerase  27.73 
 
 		 258 aa  94.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.551663  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2758  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.85 
 
 		 258 aa  95.1  1e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3479  hydroxypyruvate isomerase  29.66 
 
 		 260 aa  94.7  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2929  hydroxypyruvate isomerase  31.13 
 
 		 263 aa  94.7  1e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.452433 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0474  hydroxypyruvate isomerase  30.47 
 
 		 258 aa  95.1  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2503  hydroxypyruvate isomerase  31.47 
 
 		 264 aa  94.7  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3208  hydroxypyruvate isomerase  30.47 
 
 		 258 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5159  hydroxypyruvate isomerase  30.47 
 
 		 258 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.324976  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3048  hypothetical protein  29.17 
 
 		 262 aa  94  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.127987  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3378  hydroxypyruvate isomerase  28.63 
 
 		 264 aa  94.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.490297  normal  0.0397331 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5077  hydroxypyruvate isomerase  30.47 
 
 		 257 aa  94  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814935  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3413  Hydroxypyruvate isomerase  29.96 
 
 		 262 aa  94.4  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5560  hydroxypyruvate isomerase  29.12 
 
 		 261 aa  94.4  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.446227  normal  0.0996892 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0626  hydroxypyruvate isomerase  27.34 
 
 		 258 aa  93.2  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.396658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3736  Hydroxypyruvate isomerase  29.57 
 
 		 262 aa  92.8  4e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  28.91 
 
 		 264 aa  92.4  7e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4572  hydroxypyruvate isomerase  35.8 
 
 		 258 aa  92  8e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0168162 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1597  hydroxypyruvate isomerase  27.84 
 
 		 260 aa  92  9e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00143749  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4427  hydroxypyruvate isomerase  28.91 
 
 		 262 aa  92  9e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.198005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1839  xylose isomerase-like TIM barrel  29.46 
 
 		 260 aa  91.3  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0157456  normal  0.118454 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31430  Xylose isomerase-like TIM barrel protein, probably inolved in myo-inositol catabolism  28.63 
 
 		 262 aa  90.9  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.161007  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3496  hydroxypyruvate isomerase  29.69 
 
 		 258 aa  90.9  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0849997  normal  0.283205 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4202  hydroxypyruvate isomerase  33.33 
 
 		 268 aa  89.7  4e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.407118 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2169  hydroxypyruvate isomerase  30.74 
 
 		 262 aa  89.7  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196604  normal  0.222817 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43410  hydroxypyruvate isomerase  28.44 
 
 		 259 aa  89.7  4e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4012  xylose isomerase domain-containing protein  29.37 
 
 		 260 aa  89.4  5e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.167546  normal  0.990546 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2546  Hydroxypyruvate isomerase  32.24 
 
 		 265 aa  89  7e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0308483  normal  0.0587902 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0609  hydroxypyruvate isomerase  28.76 
 
 		 258 aa  89  7e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  27.2 
 
 		 259 aa  89  7e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3457  Hydroxypyruvate isomerase  30.54 
 
 		 273 aa  89  7e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000196511  decreased coverage  0.00813341 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3195  hydroxypyruvate isomerase  28.74 
 
 		 263 aa  89  7e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.568718  normal  0.0120723 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3282  hydroxypyruvate isomerase protein  31.76 
 
 		 260 aa  88.6  8e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.257483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2809  hydroxypyruvate isomerase  31.2 
 
 		 265 aa  87.8  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.356992 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19810  hydroxypyruvate isomerase protein  29.8 
 
 		 262 aa  87.8  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0652  hypothetical protein  30 
 
 		 265 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2604  xylose isomerase domain-containing protein  31.91 
 
 		 271 aa  88.2  1e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3317  xylose isomerase-like TIM barrel  26.34 
 
 		 257 aa  87.4  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.695295  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0211  hydroxypyruvate isomerase  26.27 
 
 		 258 aa  87  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0551  hydroxypyruvate isomerase  28.76 
 
 		 258 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.45 
 
 		 264 aa  87.4  2e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.831007 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2842  Hydroxypyruvate isomerase  31.3 
 
 		 271 aa  87.4  2e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0814661  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04753  hydroxypyruvate isomerase  25.88 
 
 		 258 aa  86.7  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3114  hydroxypyruvate isomerase  28.32 
 
 		 258 aa  86.7  4e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.334824 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4309  hydroxypyruvate isomerase  28.4 
 
 		 271 aa  86.7  4e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0533507 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0973  hydroxypyruvate isomerase  29.02 
 
 		 269 aa  86.7  4e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0246  Hydroxypyruvate isomerase  31.94 
 
 		 277 aa  86.3  4e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0582  hydroxypyruvate isomerase  28.32 
 
 		 258 aa  86.7  4e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0545  hydroxypyruvate isomerase  28.32 
 
 		 258 aa  86.7  4e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3181  hydroxypyruvate isomerase  27.13 
 
 		 262 aa  86.3  5e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.365148  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07150  hypothetical protein  29.17 
 
 		 265 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1033  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.01 
 
 		 285 aa  85.5  7e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0514922 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2411  xylose isomerase domain-containing protein  28.86 
 
 		 260 aa  85.5  9e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.446483 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3899  hydroxypyruvate isomerase  28.8 
 
 		 251 aa  85.5  9e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.194463  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00458  hydroxypyruvate isomerase  27.88 
 
 		 258 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.751856  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3104  hydroxypyruvate isomerase  27.88 
 
 		 258 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4098  hydroxypyruvate isomerase  30.94 
 
 		 284 aa  84.7  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.832044 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1642  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.59 
 
 		 310 aa  84.7  0.000000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.331171  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00463  hypothetical protein  27.88 
 
 		 258 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0442  hydroxypyruvate isomerase  28.63 
 
 		 258 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5927  Hydroxypyruvate isomerase  28.91 
 
 		 262 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2851  hydroxypyruvate isomerase  31.14 
 
 		 270 aa  84  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000102215  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1924  hydroxypyruvate isomerase  28.63 
 
 		 258 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1631  hydroxypyruvate isomerase  27.69 
 
 		 258 aa  84.3  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>