More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0391 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 
279 aa  586  1e-166  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  46.24 
 
 
275 aa  277  1e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  45.68 
 
 
289 aa  275  7e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  45.74 
 
 
283 aa  234  8e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1263  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.28 
 
 
297 aa  232  5e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281951  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  44.96 
 
 
283 aa  229  5e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3174  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40 
 
 
283 aa  203  3e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.94 
 
 
285 aa  162  6e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.1 
 
 
288 aa  142  6e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  33.33 
 
 
289 aa  142  6e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.75 
 
 
290 aa  132  9e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.99 
 
 
283 aa  129  5.0000000000000004e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4538  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.52 
 
 
281 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.535239 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4045  xylose isomerase domain-containing protein  29.29 
 
 
283 aa  126  4.0000000000000003e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  30.63 
 
 
297 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12330  sugar phosphate isomerase/epimerase  28.87 
 
 
288 aa  118  9e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.205248  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.19 
 
 
282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  27.76 
 
 
295 aa  117  3e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0259  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.62 
 
 
294 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3635  xylose isomerase domain-containing protein  31.22 
 
 
282 aa  113  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.44 
 
 
262 aa  112  5e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  27.6 
 
 
290 aa  112  6e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  31.42 
 
 
268 aa  112  6e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0533  xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.37 
 
 
282 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.605213  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  29.87 
 
 
270 aa  108  1e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.69 
 
 
290 aa  107  3e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3261  hypothetical protein  29.25 
 
 
282 aa  106  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.879119  normal  0.639309 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5314  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.73 
 
 
282 aa  106  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0288  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.27 
 
 
294 aa  105  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341149  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4619  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.58 
 
 
282 aa  105  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154569  normal  0.87312 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.4 
 
 
292 aa  104  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.47 
 
 
293 aa  99.4  6e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1969  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.04 
 
 
270 aa  98.6  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  27.96 
 
 
293 aa  94.4  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  24.83 
 
 
295 aa  89  7e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.91 
 
 
264 aa  89  8e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  28.82 
 
 
278 aa  88.2  1e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  25.82 
 
 
295 aa  88.2  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5867  xylose isomerase domain-containing protein  29.33 
 
 
295 aa  83.2  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.102013  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.55 
 
 
295 aa  82.8  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.263775  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1251  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.45 
 
 
274 aa  82  0.00000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.725023  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1959  AP endonuclease, family 2  26.67 
 
 
262 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0839995  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01291  predicted enzyme  26.25 
 
 
262 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.25 
 
 
262 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.297697  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1808  AP endonuclease  26.25 
 
 
262 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01302  hypothetical protein  26.25 
 
 
262 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1524  AP endonuclease  26.25 
 
 
262 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1429  AP endonuclease  26.25 
 
 
262 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2311  xylose isomerase domain-containing protein  27.08 
 
 
262 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  28.38 
 
 
250 aa  76.6  0.0000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1528  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.38 
 
 
264 aa  74.3  0.000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2929  hydroxypyruvate isomerase  33.93 
 
 
263 aa  72.8  0.000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.452433 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4012  xylose isomerase domain-containing protein  25.32 
 
 
260 aa  72.4  0.000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.167546  normal  0.990546 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2160  xylose isomerase domain-containing protein  26.36 
 
 
262 aa  72.4  0.000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.26775 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0020  hypothetical protein  36.89 
 
 
262 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.138735  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5018  hydroxypyruvate isomerase  30.41 
 
 
258 aa  71.2  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.189718  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1174  hydroxypyruvate isomerase  24.78 
 
 
262 aa  70.9  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.970176  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0567  hydroxypyruvate isomerase  29.91 
 
 
258 aa  69.7  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0626  hydroxypyruvate isomerase  29.91 
 
 
258 aa  69.7  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.396658  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0565  hydroxypyruvate isomerase  29.91 
 
 
258 aa  69.7  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.551663  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0572  hydroxypyruvate isomerase  29.91 
 
 
258 aa  69.7  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3413  Hydroxypyruvate isomerase  37.86 
 
 
262 aa  69.3  0.00000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0057  xylose isomerase domain-containing protein  30.77 
 
 
268 aa  68.9  0.00000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3564  xylose isomerase domain-containing protein  30.63 
 
 
257 aa  69.3  0.00000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0379741  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5077  hydroxypyruvate isomerase  33.33 
 
 
257 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814935  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2552  hydroxypyruvate isomerase  24.31 
 
 
258 aa  68.9  0.00000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0908348  hitchhiker  0.00501624 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4427  hydroxypyruvate isomerase  34.19 
 
 
262 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.198005  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3449  xylose isomerase-like TIM barrel  29.91 
 
 
271 aa  68.6  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6411  Hydroxypyruvate isomerase  25.59 
 
 
262 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3736  Hydroxypyruvate isomerase  37.86 
 
 
262 aa  68.2  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4554  hydroxypyruvate isomerase  32.76 
 
 
258 aa  67  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  0.368967 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5560  hydroxypyruvate isomerase  28.21 
 
 
261 aa  67  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.446227  normal  0.0996892 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1631  hydroxypyruvate isomerase  34.82 
 
 
258 aa  66.6  0.0000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.06 
 
 
264 aa  66.2  0.0000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.831007 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0474  hydroxypyruvate isomerase  31.9 
 
 
258 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166076  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5064  hydroxypyruvate isomerase, putative  30.77 
 
 
261 aa  65.5  0.0000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3292  hydroxypyruvate isomerase  29.91 
 
 
260 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.202186  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5294  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.29 
 
 
265 aa  64.3  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111966  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0462  hydroxypyruvate isomerase  28.06 
 
 
261 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0606  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.56 
 
 
624 aa  64.7  0.000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0633938 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1134  hydroxypyruvate isomerase  29.06 
 
 
259 aa  63.9  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.852559 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3195  hydroxypyruvate isomerase  37.66 
 
 
263 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.568718  normal  0.0120723 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.2 
 
 
303 aa  63.9  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3496  hydroxypyruvate isomerase  32.38 
 
 
258 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0849997  normal  0.283205 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04753  hydroxypyruvate isomerase  24.68 
 
 
258 aa  63.9  0.000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  21.05 
 
 
260 aa  63.5  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1567  hydroxypyruvate isomerase  26.92 
 
 
258 aa  63.5  0.000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2311  hydroxypyruvate isomerase  29.06 
 
 
256 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279204  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3479  hydroxypyruvate isomerase  29.06 
 
 
260 aa  63.2  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2411  xylose isomerase domain-containing protein  29.6 
 
 
260 aa  62.4  0.000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.446483 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0973  hydroxypyruvate isomerase  33.33 
 
 
269 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3378  hydroxypyruvate isomerase  30.77 
 
 
264 aa  62.4  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.490297  normal  0.0397331 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  26.5 
 
 
256 aa  62.4  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4185  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.39 
 
 
273 aa  62.4  0.000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4298  hydroxypyruvate isomerase  29.91 
 
 
260 aa  62.4  0.000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4309  hydroxypyruvate isomerase  29.13 
 
 
271 aa  62  0.000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0533507 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1597  hydroxypyruvate isomerase  30.17 
 
 
260 aa  62  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00143749  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1924  hydroxypyruvate isomerase  33.33 
 
 
258 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3575  xylose isomerase domain-containing protein  27.94 
 
 
256 aa  62  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0545  hydroxypyruvate isomerase  29.06 
 
 
258 aa  61.6  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>