263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_5294 on replicon NC_012848
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012848  Rleg_5294  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 
265 aa  543  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111966  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31430  Xylose isomerase-like TIM barrel protein, probably inolved in myo-inositol catabolism  66.15 
 
 
262 aa  357  8e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.161007  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2411  xylose isomerase domain-containing protein  66.8 
 
 
260 aa  353  2e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.446483 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2758  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  65.88 
 
 
258 aa  349  2e-95  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2394  xylose isomerase domain-containing protein  64.73 
 
 
259 aa  348  5e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0057  xylose isomerase domain-containing protein  62.89 
 
 
268 aa  341  7e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4852  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  60.84 
 
 
264 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.859546  normal  0.0990251 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3048  hypothetical protein  63.95 
 
 
262 aa  336  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.127987  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  59.77 
 
 
264 aa  313  1.9999999999999998e-84  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.831007 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1197  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  58.66 
 
 
259 aa  294  8e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.597378  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4012  xylose isomerase domain-containing protein  59.77 
 
 
260 aa  292  4e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.167546  normal  0.990546 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2604  xylose isomerase domain-containing protein  57.31 
 
 
271 aa  266  2e-70  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  37.75 
 
 
250 aa  145  8.000000000000001e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1301  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.92 
 
 
256 aa  124  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00429624  normal  0.0206952 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  30.23 
 
 
259 aa  110  3e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04753  hydroxypyruvate isomerase  30.98 
 
 
258 aa  109  4.0000000000000004e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3317  xylose isomerase-like TIM barrel  31.47 
 
 
257 aa  108  6e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.695295  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3052  xylose isomerase domain-containing protein  29.25 
 
 
256 aa  106  3e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0431176 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0211  hydroxypyruvate isomerase  30.68 
 
 
258 aa  104  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  30.86 
 
 
263 aa  104  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  32.53 
 
 
259 aa  103  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3575  xylose isomerase domain-containing protein  31 
 
 
256 aa  104  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2552  hydroxypyruvate isomerase  29.76 
 
 
258 aa  101  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0908348  hitchhiker  0.00501624 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1136  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.45 
 
 
312 aa  99.8  4e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  28.57 
 
 
260 aa  99  7e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1918  Hydroxypyruvate isomerase  29.59 
 
 
260 aa  98.6  9e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0177301  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0109  Hydroxypyruvate isomerase  29.92 
 
 
260 aa  98.2  1e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0115  Hydroxypyruvate isomerase  29.96 
 
 
260 aa  97.8  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1298  hydroxypyruvate isomerase  30.59 
 
 
259 aa  97.4  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2929  hydroxypyruvate isomerase  31.43 
 
 
263 aa  96.3  5e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.452433 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1902  hydroxypyruvate isomerase  30.2 
 
 
269 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000606406 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  28.02 
 
 
264 aa  94.4  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1395  hydroxypyruvate isomerase  31.02 
 
 
269 aa  94.4  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0279437  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2809  hydroxypyruvate isomerase  32.76 
 
 
265 aa  94  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.356992 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2368  hydroxypyruvate isomerase  31.35 
 
 
259 aa  94.4  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1788  hydroxypyruvate isomerase  29.8 
 
 
269 aa  93.2  4e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6200  hydroxypyruvate isomerase  29.8 
 
 
269 aa  93.2  4e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0219655  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1816  hydroxypyruvate isomerase  29.8 
 
 
269 aa  93.2  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1879  hydroxypyruvate isomerase  29.8 
 
 
269 aa  93.2  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0860973  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1642  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.37 
 
 
310 aa  92.8  5e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.331171  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5179  hydroxypyruvate isomerase  29.8 
 
 
269 aa  92.4  6e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.265819  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0810  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.18 
 
 
310 aa  92.4  6e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0113296  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2118  hydroxypyruvate isomerase  29.46 
 
 
266 aa  92.4  6e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0266277 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3457  Hydroxypyruvate isomerase  30.83 
 
 
273 aa  92.4  7e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000196511  decreased coverage  0.00813341 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1489  hydroxypyruvate isomerase  28.09 
 
 
258 aa  92.4  7e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  30.12 
 
 
256 aa  90.9  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3449  xylose isomerase-like TIM barrel  39.83 
 
 
271 aa  91.3  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2976  xylose isomerase domain-containing protein  40 
 
 
295 aa  90.9  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1174  hydroxypyruvate isomerase  31.89 
 
 
262 aa  90.5  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.970176  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1781  hydroxypyruvate isomerase  29.51 
 
 
269 aa  90.9  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.168778  normal  0.857209 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0443  hydroxypyruvate isomerase  34.71 
 
 
265 aa  90.1  3e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0015  hydroxypyruvate isomerase  28.12 
 
 
258 aa  90.5  3e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3036  hypothetical protein  28.35 
 
 
258 aa  89.7  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2613  hydroxypyruvate isomerase  43.24 
 
 
267 aa  89.4  6e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0147  hydroxypyruvate isomerase, putative  30.31 
 
 
261 aa  89  7e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.999741  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0132  putative hydroxypyruvate isomerase  30.31 
 
 
261 aa  89  7e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1924  Hydroxypyruvate isomerase  28.17 
 
 
280 aa  89  7e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000334865  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3120  hypothetical protein  28.35 
 
 
258 aa  89  8e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0148759 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3104  hypothetical protein  28.35 
 
 
258 aa  89  8e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3065  hypothetical protein  28.35 
 
 
258 aa  88.2  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765519  normal  0.510591 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1631  hydroxypyruvate isomerase  39.67 
 
 
258 aa  88.2  1e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0020  hypothetical protein  40.83 
 
 
262 aa  87.8  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.138735  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4427  hydroxypyruvate isomerase  29.32 
 
 
262 aa  87.4  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.198005  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2461  hydroxypyruvate isomerase  29.84 
 
 
269 aa  87  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.731976  normal  0.599526 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2462  hydroxypyruvate isomerase  35.5 
 
 
266 aa  87  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.684146  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3113  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.86 
 
 
256 aa  86.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.787534  normal  0.440249 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1621  hydroxypyruvate isomerase  33.54 
 
 
266 aa  86.7  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.377689  normal  0.533551 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2169  hydroxypyruvate isomerase  31.28 
 
 
262 aa  86.7  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196604  normal  0.222817 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3181  hydroxypyruvate isomerase  31.15 
 
 
262 aa  86.7  4e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.365148  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3652  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.03 
 
 
293 aa  86.3  4e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.449047  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2851  hydroxypyruvate isomerase  32.49 
 
 
270 aa  85.9  6e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000102215  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2533  xylose isomerase domain-containing protein  41.94 
 
 
259 aa  85.9  6e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.685925  normal  0.744094 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5927  Hydroxypyruvate isomerase  30.12 
 
 
262 aa  85.5  8e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02589  hypothetical protein  37.88 
 
 
258 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3378  hydroxypyruvate isomerase  30.68 
 
 
264 aa  85.1  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.490297  normal  0.0397331 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3292  hydroxypyruvate isomerase  37.61 
 
 
260 aa  84.7  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.202186  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2172  hydroxypyruvate isomerase  29.8 
 
 
269 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.42054  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2877  hypothetical protein  37.88 
 
 
258 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0973  hypothetical protein  37.88 
 
 
258 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.898115  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1567  hydroxypyruvate isomerase  31.84 
 
 
258 aa  85.1  0.000000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02554  hypothetical protein  37.88 
 
 
258 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2311  hydroxypyruvate isomerase  30.2 
 
 
256 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279204  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0949  Hydroxypyruvate isomerase  37.12 
 
 
258 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5064  hydroxypyruvate isomerase, putative  37.8 
 
 
261 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3830  hydroxypyruvate isomerase  38.76 
 
 
260 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0474  hydroxypyruvate isomerase  28.74 
 
 
258 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166076  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3496  hydroxypyruvate isomerase  32.2 
 
 
258 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0849997  normal  0.283205 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3135  hypothetical protein  37.88 
 
 
258 aa  84.3  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45010  putative hydroxypyruvate isomerase  38.76 
 
 
260 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.224213  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3036  hypothetical protein  37.88 
 
 
258 aa  84  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2140  Hydroxypyruvate isomerase  44.64 
 
 
273 aa  84.3  0.000000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2625  hydroxypyruvate isomerase  30.31 
 
 
260 aa  83.6  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.90554  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3282  hydroxypyruvate isomerase protein  38.52 
 
 
260 aa  83.6  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.257483  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4876  hydroxypyruvate isomerase  28.8 
 
 
273 aa  83.6  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2687  twin-arginine translocation pathway signal  27.24 
 
 
301 aa  84  0.000000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0652  hypothetical protein  38.02 
 
 
265 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  39.67 
 
 
260 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1597  hydroxypyruvate isomerase  38.33 
 
 
260 aa  82.8  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00143749  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5120  hydroxypyruvate isomerase  32.2 
 
 
258 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1033  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.64 
 
 
285 aa  82.8  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0514922 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>