272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_0057 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_0057  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 
268 aa  543  1e-154  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2411  xylose isomerase domain-containing protein  75.77 
 
 
260 aa  405  1.0000000000000001e-112  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.446483 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4852  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  72.69 
 
 
264 aa  401  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.859546  normal  0.0990251 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5294  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  62.89 
 
 
265 aa  341  7e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111966  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2394  xylose isomerase domain-containing protein  57.59 
 
 
259 aa  303  2.0000000000000002e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2758  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  58.2 
 
 
258 aa  295  4e-79  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  59 
 
 
264 aa  294  1e-78  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.831007 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31430  Xylose isomerase-like TIM barrel protein, probably inolved in myo-inositol catabolism  55.29 
 
 
262 aa  288  7e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.161007  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3048  hypothetical protein  54.47 
 
 
262 aa  280  1e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.127987  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1197  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  53.73 
 
 
259 aa  271  6e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.597378  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4012  xylose isomerase domain-containing protein  52.9 
 
 
260 aa  264  8.999999999999999e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.167546  normal  0.990546 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2604  xylose isomerase domain-containing protein  52.9 
 
 
271 aa  245  4e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  35.48 
 
 
250 aa  125  8.000000000000001e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  30.98 
 
 
259 aa  107  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1298  hydroxypyruvate isomerase  33.9 
 
 
259 aa  90.1  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1301  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.29 
 
 
256 aa  90.1  4e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00429624  normal  0.0206952 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1395  hydroxypyruvate isomerase  32.93 
 
 
269 aa  87.8  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0279437  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2140  Hydroxypyruvate isomerase  33.2 
 
 
273 aa  88.2  1e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3449  xylose isomerase-like TIM barrel  34.08 
 
 
271 aa  87.4  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2613  hydroxypyruvate isomerase  33.46 
 
 
267 aa  87  3e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6411  Hydroxypyruvate isomerase  27.76 
 
 
262 aa  86.3  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  29.22 
 
 
259 aa  84.7  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1918  Hydroxypyruvate isomerase  33.09 
 
 
260 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0177301  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1902  hydroxypyruvate isomerase  31.17 
 
 
269 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000606406 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6200  hydroxypyruvate isomerase  31.17 
 
 
269 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0219655  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1816  hydroxypyruvate isomerase  31.17 
 
 
269 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1174  hydroxypyruvate isomerase  30.16 
 
 
262 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.970176  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1879  hydroxypyruvate isomerase  31.17 
 
 
269 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0860973  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1788  hydroxypyruvate isomerase  31.17 
 
 
269 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3575  xylose isomerase domain-containing protein  35.59 
 
 
256 aa  84  0.000000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04753  hydroxypyruvate isomerase  39.29 
 
 
258 aa  83.2  0.000000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3317  xylose isomerase-like TIM barrel  29.48 
 
 
257 aa  82.8  0.000000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.695295  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1554  putative isomerase  28.19 
 
 
254 aa  82.8  0.000000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.534878  normal  0.610325 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3292  hydroxypyruvate isomerase  30.46 
 
 
260 aa  82.4  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.202186  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2172  hydroxypyruvate isomerase  33.06 
 
 
269 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.42054  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2533  xylose isomerase domain-containing protein  44.63 
 
 
259 aa  82.8  0.000000000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.685925  normal  0.744094 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5179  hydroxypyruvate isomerase  30.77 
 
 
269 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.265819  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0810  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.31 
 
 
310 aa  81.6  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0113296  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  37.07 
 
 
260 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1642  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.35 
 
 
310 aa  81.3  0.00000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.331171  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.06 
 
 
289 aa  80.5  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3052  xylose isomerase domain-containing protein  27.23 
 
 
256 aa  80.9  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0431176 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  29.66 
 
 
263 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2929  hydroxypyruvate isomerase  33.33 
 
 
263 aa  80.5  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.452433 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0020  hypothetical protein  34.58 
 
 
262 aa  80.1  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.138735  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0958  hydroxypyruvate isomerase  30.12 
 
 
267 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0211  hydroxypyruvate isomerase  37.5 
 
 
258 aa  79.7  0.00000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3152  hydroxypyruvate isomerase  32.92 
 
 
260 aa  79.3  0.00000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2851  hydroxypyruvate isomerase  32.46 
 
 
270 aa  79.3  0.00000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000102215  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2368  hydroxypyruvate isomerase  29.32 
 
 
259 aa  79  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2461  hydroxypyruvate isomerase  30.74 
 
 
269 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.731976  normal  0.599526 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1781  hydroxypyruvate isomerase  29.96 
 
 
269 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.168778  normal  0.857209 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4562  hydroxypyruvate isomerase  40.54 
 
 
259 aa  78.6  0.00000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.427343  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1134  hydroxypyruvate isomerase  28.24 
 
 
259 aa  78.6  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.852559 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0147  hydroxypyruvate isomerase, putative  32.92 
 
 
261 aa  78.2  0.0000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.999741  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0132  putative hydroxypyruvate isomerase  32.92 
 
 
261 aa  78.2  0.0000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5064  hydroxypyruvate isomerase, putative  31.09 
 
 
261 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1621  hydroxypyruvate isomerase  38.71 
 
 
266 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.377689  normal  0.533551 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1136  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.54 
 
 
312 aa  77  0.0000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2118  hydroxypyruvate isomerase  28.97 
 
 
266 aa  76.6  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0266277 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3282  hydroxypyruvate isomerase protein  38.14 
 
 
260 aa  76.3  0.0000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.257483  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0443  hydroxypyruvate isomerase  42.34 
 
 
265 aa  76.3  0.0000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2976  xylose isomerase domain-containing protein  37.21 
 
 
295 aa  76.3  0.0000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2809  hydroxypyruvate isomerase  31.65 
 
 
265 aa  76.3  0.0000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.356992 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1567  hydroxypyruvate isomerase  28.44 
 
 
258 aa  76.3  0.0000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2311  hydroxypyruvate isomerase  38.98 
 
 
256 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279204  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1924  Hydroxypyruvate isomerase  29.23 
 
 
280 aa  75.9  0.0000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000334865  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0462  hydroxypyruvate isomerase  32.78 
 
 
261 aa  75.5  0.0000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2425  hydroxypyruvate isomerase  44.68 
 
 
262 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2503  hydroxypyruvate isomerase  38.17 
 
 
264 aa  75.5  0.0000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2260  hydroxypyruvate isomerase  44.68 
 
 
262 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.654587  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2300  hydroxypyruvate isomerase  44.68 
 
 
262 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.946761  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45010  putative hydroxypyruvate isomerase  36.43 
 
 
260 aa  75.5  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.224213  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2086  hydroxypyruvate isomerase  30.81 
 
 
269 aa  75.5  0.0000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3830  hydroxypyruvate isomerase  36.43 
 
 
260 aa  75.5  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4459  xylose isomerase-like TIM barrel  35.07 
 
 
255 aa  75.1  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3533  hydroxypyruvate isomerase  33.07 
 
 
258 aa  74.7  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.238199  normal  0.267377 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2552  hydroxypyruvate isomerase  27.06 
 
 
258 aa  75.1  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0908348  hitchhiker  0.00501624 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3457  Hydroxypyruvate isomerase  28.51 
 
 
273 aa  74.7  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000196511  decreased coverage  0.00813341 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0109  Hydroxypyruvate isomerase  28.35 
 
 
260 aa  74.3  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3496  hydroxypyruvate isomerase  29.39 
 
 
258 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0849997  normal  0.283205 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3479  hydroxypyruvate isomerase  35.48 
 
 
260 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1631  hydroxypyruvate isomerase  32.26 
 
 
258 aa  74.3  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0572  hydroxypyruvate isomerase  26.8 
 
 
258 aa  73.6  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0567  hydroxypyruvate isomerase  26.8 
 
 
258 aa  73.6  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4427  hydroxypyruvate isomerase  32.74 
 
 
262 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.198005  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5018  hydroxypyruvate isomerase  29.92 
 
 
258 aa  73.9  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.189718  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5560  hydroxypyruvate isomerase  38.46 
 
 
261 aa  73.9  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.446227  normal  0.0996892 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  35.66 
 
 
260 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1597  hydroxypyruvate isomerase  36.72 
 
 
260 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00143749  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3378  hydroxypyruvate isomerase  29.15 
 
 
264 aa  73.2  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.490297  normal  0.0397331 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  37.38 
 
 
264 aa  73.2  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0474  hydroxypyruvate isomerase  32.91 
 
 
258 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166076  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0565  hydroxypyruvate isomerase  26.8 
 
 
258 aa  72.8  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.551663  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00433  Twin-arginine translocation pathway signal  31.88 
 
 
309 aa  72.8  0.000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2687  twin-arginine translocation pathway signal  33.33 
 
 
301 aa  72.4  0.000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0652  hypothetical protein  37.61 
 
 
265 aa  72.4  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4309  hydroxypyruvate isomerase  30.28 
 
 
271 aa  72.4  0.000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0533507 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3899  hydroxypyruvate isomerase  29.96 
 
 
251 aa  72  0.000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.194463  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5120  hydroxypyruvate isomerase  28.98 
 
 
258 aa  72  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>