272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1134 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1134  hydroxypyruvate isomerase  100 
 
 
259 aa  534  1e-151  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.852559 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4562  hydroxypyruvate isomerase  77.13 
 
 
259 aa  393  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.427343  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2118  hydroxypyruvate isomerase  74.7 
 
 
266 aa  381  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0266277 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  67.98 
 
 
260 aa  353  2e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4298  hydroxypyruvate isomerase  67.59 
 
 
260 aa  349  3e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1571  hydroxypyruvate isomerase  67.19 
 
 
260 aa  349  3e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.148654  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3623  hydroxypyruvate isomerase  66.8 
 
 
260 aa  348  5e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2770  hydroxypyruvate isomerase  65.61 
 
 
265 aa  347  7e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0252433  normal  0.732675 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  63.32 
 
 
259 aa  343  1e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1597  hydroxypyruvate isomerase  64.43 
 
 
260 aa  343  2e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00143749  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3830  hydroxypyruvate isomerase  63.92 
 
 
260 aa  341  5e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45010  putative hydroxypyruvate isomerase  63.92 
 
 
260 aa  341  7e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.224213  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  61 
 
 
263 aa  339  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1298  hydroxypyruvate isomerase  62.79 
 
 
259 aa  337  1.9999999999999998e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1781  hydroxypyruvate isomerase  62.02 
 
 
269 aa  335  3.9999999999999995e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.168778  normal  0.857209 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2461  hydroxypyruvate isomerase  62.79 
 
 
269 aa  335  5e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.731976  normal  0.599526 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2311  hydroxypyruvate isomerase  63.24 
 
 
256 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279204  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2172  hydroxypyruvate isomerase  60.62 
 
 
269 aa  329  3e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.42054  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2425  hydroxypyruvate isomerase  62.55 
 
 
262 aa  327  9e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2260  hydroxypyruvate isomerase  62.55 
 
 
262 aa  327  9e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.654587  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2300  hydroxypyruvate isomerase  62.55 
 
 
262 aa  327  9e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.946761  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  60.47 
 
 
264 aa  327  1.0000000000000001e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1788  hydroxypyruvate isomerase  60.08 
 
 
269 aa  326  2.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6200  hydroxypyruvate isomerase  60.08 
 
 
269 aa  326  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0219655  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1816  hydroxypyruvate isomerase  60.08 
 
 
269 aa  326  2.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1879  hydroxypyruvate isomerase  60.08 
 
 
269 aa  326  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0860973  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1902  hydroxypyruvate isomerase  60.08 
 
 
269 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000606406 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5179  hydroxypyruvate isomerase  60.08 
 
 
269 aa  325  4.0000000000000003e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.265819  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1395  hydroxypyruvate isomerase  60.08 
 
 
269 aa  325  4.0000000000000003e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0279437  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3152  hydroxypyruvate isomerase  61.02 
 
 
260 aa  325  5e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3479  hydroxypyruvate isomerase  61.02 
 
 
260 aa  324  8.000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3292  hydroxypyruvate isomerase  60.24 
 
 
260 aa  322  3e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.202186  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3449  xylose isomerase-like TIM barrel  60.63 
 
 
271 aa  320  1.9999999999999998e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4309  hydroxypyruvate isomerase  60.87 
 
 
271 aa  319  3e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0533507 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0958  hydroxypyruvate isomerase  59.07 
 
 
267 aa  318  6e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43410  hydroxypyruvate isomerase  64.03 
 
 
259 aa  317  1e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3282  hydroxypyruvate isomerase protein  61.18 
 
 
260 aa  315  4e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.257483  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1158  hydroxypyruvate isomerase  59.07 
 
 
268 aa  312  2.9999999999999996e-84  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.671898  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0565  hydroxypyruvate isomerase  56.92 
 
 
258 aa  306  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.551663  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1621  hydroxypyruvate isomerase  58.53 
 
 
266 aa  305  4.0000000000000004e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.377689  normal  0.533551 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0572  hydroxypyruvate isomerase  56.52 
 
 
258 aa  304  8.000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0567  hydroxypyruvate isomerase  56.52 
 
 
258 aa  304  8.000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0551  hydroxypyruvate isomerase  58.1 
 
 
258 aa  302  4.0000000000000003e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0626  hydroxypyruvate isomerase  56.13 
 
 
258 aa  302  4.0000000000000003e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.396658  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  56.3 
 
 
259 aa  301  6.000000000000001e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0545  hydroxypyruvate isomerase  57.71 
 
 
258 aa  301  6.000000000000001e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3114  hydroxypyruvate isomerase  57.71 
 
 
258 aa  301  6.000000000000001e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.334824 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0582  hydroxypyruvate isomerase  57.71 
 
 
258 aa  301  6.000000000000001e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0609  hydroxypyruvate isomerase  57.71 
 
 
258 aa  301  1e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00458  hydroxypyruvate isomerase  57.31 
 
 
258 aa  299  3e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.751856  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3104  hydroxypyruvate isomerase  57.31 
 
 
258 aa  299  3e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00463  hypothetical protein  57.31 
 
 
258 aa  299  3e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3378  hydroxypyruvate isomerase  52.94 
 
 
264 aa  294  1e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.490297  normal  0.0397331 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1631  hydroxypyruvate isomerase  55.34 
 
 
258 aa  293  2e-78  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2613  hydroxypyruvate isomerase  56.65 
 
 
267 aa  289  2e-77  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  52.9 
 
 
260 aa  290  2e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2368  hydroxypyruvate isomerase  54.55 
 
 
259 aa  289  3e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3317  xylose isomerase-like TIM barrel  52.76 
 
 
257 aa  286  2.9999999999999996e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.695295  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4554  hydroxypyruvate isomerase  54.94 
 
 
258 aa  281  6.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  0.368967 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1567  hydroxypyruvate isomerase  53.75 
 
 
258 aa  281  6.000000000000001e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2929  hydroxypyruvate isomerase  56.86 
 
 
263 aa  280  1e-74  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.452433 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5077  hydroxypyruvate isomerase  55.34 
 
 
257 aa  280  1e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814935  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5560  hydroxypyruvate isomerase  51.74 
 
 
261 aa  280  1e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.446227  normal  0.0996892 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5120  hydroxypyruvate isomerase  54.94 
 
 
258 aa  280  1e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0474  hydroxypyruvate isomerase  54.15 
 
 
258 aa  279  3e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166076  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3208  hydroxypyruvate isomerase  54.55 
 
 
258 aa  277  1e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5159  hydroxypyruvate isomerase  54.55 
 
 
258 aa  277  1e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.324976  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3496  hydroxypyruvate isomerase  54.55 
 
 
258 aa  274  8e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0849997  normal  0.283205 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4427  hydroxypyruvate isomerase  53.36 
 
 
262 aa  274  9e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.198005  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0443  hydroxypyruvate isomerase  53.85 
 
 
265 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3413  Hydroxypyruvate isomerase  52.73 
 
 
262 aa  272  3e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4876  hydroxypyruvate isomerase  50.74 
 
 
273 aa  270  2e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07150  hypothetical protein  54.47 
 
 
265 aa  269  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5927  Hydroxypyruvate isomerase  54.51 
 
 
262 aa  269  4e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0652  hypothetical protein  54.09 
 
 
265 aa  269  4e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2462  hydroxypyruvate isomerase  53.08 
 
 
266 aa  268  7e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.684146  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0973  hydroxypyruvate isomerase  53.36 
 
 
269 aa  267  1e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3736  Hydroxypyruvate isomerase  51.56 
 
 
262 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4719  hydroxypyruvate isomerase  53.36 
 
 
258 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00317481 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1839  xylose isomerase-like TIM barrel  53.75 
 
 
260 aa  265  5e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0157456  normal  0.118454 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04753  hydroxypyruvate isomerase  47.04 
 
 
258 aa  264  1e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0442  hydroxypyruvate isomerase  52.96 
 
 
258 aa  263  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2169  hydroxypyruvate isomerase  52.94 
 
 
262 aa  263  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196604  normal  0.222817 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3181  hydroxypyruvate isomerase  52.57 
 
 
262 aa  263  2e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.365148  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2017  hydroxypyruvate isomerase  52.96 
 
 
258 aa  263  2e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.45932  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1924  hydroxypyruvate isomerase  52.96 
 
 
258 aa  263  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4459  xylose isomerase-like TIM barrel  50.8 
 
 
255 aa  262  4e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0020  hypothetical protein  52.34 
 
 
262 aa  261  4.999999999999999e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.138735  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1918  Hydroxypyruvate isomerase  47.67 
 
 
260 aa  261  6e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0177301  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0573  hydroxypyruvate isomerase  52.57 
 
 
258 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0894  hydroxypyruvate isomerase  52.57 
 
 
258 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1861  hydroxypyruvate isomerase  52.57 
 
 
258 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5064  hydroxypyruvate isomerase, putative  52.14 
 
 
261 aa  260  2e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0462  hydroxypyruvate isomerase  52.92 
 
 
261 aa  259  2e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2809  hydroxypyruvate isomerase  48.85 
 
 
265 aa  260  2e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.356992 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2552  hydroxypyruvate isomerase  47.45 
 
 
258 aa  255  4e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0908348  hitchhiker  0.00501624 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5142  Hydroxypyruvate isomerase  51.85 
 
 
272 aa  254  6e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1423  hydroxypyruvate isomerase  52.57 
 
 
260 aa  254  9e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0831912  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4202  hydroxypyruvate isomerase  52.17 
 
 
268 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.407118 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4572  hydroxypyruvate isomerase  52.57 
 
 
258 aa  250  1e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0168162 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>