259 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5018 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_5018  hydroxypyruvate isomerase  100 
 
 		 258 aa  519  1e-146  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.189718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1554  putative isomerase  61.26 
 
 		 254 aa  310  2e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.534878  normal  0.610325 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3533  hydroxypyruvate isomerase  45.14 
 
 		 258 aa  204  9e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.238199  normal  0.267377 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0462  hydroxypyruvate isomerase  44.53 
 
 		 261 aa  202  4e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5064  hydroxypyruvate isomerase, putative  44.53 
 
 		 261 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1839  xylose isomerase-like TIM barrel  43.14 
 
 		 260 aa  199  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0157456  normal  0.118454 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1567  hydroxypyruvate isomerase  40.39 
 
 		 258 aa  199  5e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1423  hydroxypyruvate isomerase  43.92 
 
 		 260 aa  198  9e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0831912  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5077  hydroxypyruvate isomerase  43.53 
 
 		 257 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4554  hydroxypyruvate isomerase  43.14 
 
 		 258 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  0.368967 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5927  Hydroxypyruvate isomerase  42.37 
 
 		 262 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0147  hydroxypyruvate isomerase, putative  38.85 
 
 		 261 aa  194  9e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.999741  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0132  putative hydroxypyruvate isomerase  38.85 
 
 		 261 aa  194  9e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3378  hydroxypyruvate isomerase  40.84 
 
 		 264 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.490297  normal  0.0397331 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5120  hydroxypyruvate isomerase  43.75 
 
 		 258 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1631  hydroxypyruvate isomerase  38.37 
 
 		 258 aa  194  2e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3496  hydroxypyruvate isomerase  43.14 
 
 		 258 aa  193  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0849997  normal  0.283205 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4427  hydroxypyruvate isomerase  41.96 
 
 		 262 aa  192  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.198005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2809  hydroxypyruvate isomerase  42.37 
 
 		 265 aa  193  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.356992 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0474  hydroxypyruvate isomerase  42.75 
 
 		 258 aa  192  4e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3208  hydroxypyruvate isomerase  43.75 
 
 		 258 aa  192  4e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5159  hydroxypyruvate isomerase  43.75 
 
 		 258 aa  192  4e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.324976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4876  hydroxypyruvate isomerase  41.18 
 
 		 273 aa  192  5e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0652  hypothetical protein  44.11 
 
 		 265 aa  192  5e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0443  hydroxypyruvate isomerase  43.13 
 
 		 265 aa  192  6e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04753  hydroxypyruvate isomerase  37.65 
 
 		 258 aa  188  8e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2552  hydroxypyruvate isomerase  37.65 
 
 		 258 aa  188  8e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0908348  hitchhiker  0.00501624 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2169  hydroxypyruvate isomerase  42.37 
 
 		 262 aa  187  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196604  normal  0.222817 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3736  Hydroxypyruvate isomerase  40.46 
 
 		 262 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1489  hydroxypyruvate isomerase  41.18 
 
 		 258 aa  187  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07150  hypothetical protein  42.97 
 
 		 265 aa  186  3e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3413  Hydroxypyruvate isomerase  40.08 
 
 		 262 aa  186  3e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3899  hydroxypyruvate isomerase  41.43 
 
 		 251 aa  185  7e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.194463  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0020  hypothetical protein  42.59 
 
 		 262 aa  184  9e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.138735  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3135  hypothetical protein  39.92 
 
 		 258 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02589  hypothetical protein  39.92 
 
 		 258 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2877  hypothetical protein  39.92 
 
 		 258 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02554  hypothetical protein  39.92 
 
 		 258 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0973  hypothetical protein  39.92 
 
 		 258 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.898115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1953  Hydroxypyruvate isomerase  42.08 
 
 		 259 aa  183  3e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.346217  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  40 
 
 		 263 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5142  Hydroxypyruvate isomerase  40.44 
 
 		 272 aa  182  5.0000000000000004e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0949  Hydroxypyruvate isomerase  39.53 
 
 		 258 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1924  hydroxypyruvate isomerase  43.31 
 
 		 258 aa  181  7e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0442  hydroxypyruvate isomerase  43.31 
 
 		 258 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2017  hydroxypyruvate isomerase  43.31 
 
 		 258 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.45932  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0973  hydroxypyruvate isomerase  42.31 
 
 		 269 aa  181  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4719  hydroxypyruvate isomerase  43.41 
 
 		 258 aa  181  1e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00317481 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0015  hydroxypyruvate isomerase  35.27 
 
 		 258 aa  180  2e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0211  hydroxypyruvate isomerase  37.25 
 
 		 258 aa  180  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3036  hypothetical protein  39.53 
 
 		 258 aa  180  2e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0573  hydroxypyruvate isomerase  42.91 
 
 		 258 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2613  hydroxypyruvate isomerase  38.95 
 
 		 267 aa  179  4e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4098  hydroxypyruvate isomerase  39.05 
 
 		 284 aa  179  4e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.832044 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2462  hydroxypyruvate isomerase  39.31 
 
 		 266 aa  179  4e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.684146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0894  hydroxypyruvate isomerase  42.91 
 
 		 258 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1861  hydroxypyruvate isomerase  42.91 
 
 		 258 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6411  Hydroxypyruvate isomerase  39.38 
 
 		 262 aa  179  4e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1597  hydroxypyruvate isomerase  37.45 
 
 		 260 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00143749  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  37.89 
 
 		 259 aa  178  7e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1133  hydroxypyruvate isomerase  42.15 
 
 		 260 aa  176  4e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.926547  normal  0.304342 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0958  hydroxypyruvate isomerase  37.25 
 
 		 267 aa  175  5e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3317  xylose isomerase-like TIM barrel  39.22 
 
 		 257 aa  174  9.999999999999999e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.695295  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2503  hydroxypyruvate isomerase  39.53 
 
 		 264 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2929  hydroxypyruvate isomerase  39.84 
 
 		 263 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.452433 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3181  hydroxypyruvate isomerase  39.08 
 
 		 262 aa  172  3.9999999999999995e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.365148  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  38.43 
 
 		 259 aa  172  3.9999999999999995e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2430  hydroxypyruvate isomerase  45.85 
 
 		 257 aa  172  5.999999999999999e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1571  hydroxypyruvate isomerase  35.14 
 
 		 260 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.148654  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0109  Hydroxypyruvate isomerase  38.04 
 
 		 260 aa  170  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  35.14 
 
 		 260 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0115  Hydroxypyruvate isomerase  38.43 
 
 		 260 aa  170  2e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1855  hydroxypyruvate isomerase  40.87 
 
 		 260 aa  169  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4298  hydroxypyruvate isomerase  35.14 
 
 		 260 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45010  putative hydroxypyruvate isomerase  36.72 
 
 		 260 aa  169  5e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.224213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2311  hydroxypyruvate isomerase  36.33 
 
 		 256 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2368  hydroxypyruvate isomerase  34.25 
 
 		 259 aa  169  6e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3623  hydroxypyruvate isomerase  35.52 
 
 		 260 aa  168  7e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1902  hydroxypyruvate isomerase  37.11 
 
 		 269 aa  168  8e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000606406 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3830  hydroxypyruvate isomerase  36.72 
 
 		 260 aa  168  9e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6200  hydroxypyruvate isomerase  37.11 
 
 		 269 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0219655  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2625  hydroxypyruvate isomerase  42.08 
 
 		 260 aa  168  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.90554  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1816  hydroxypyruvate isomerase  37.11 
 
 		 269 aa  167  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1879  hydroxypyruvate isomerase  37.11 
 
 		 269 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0860973  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1788  hydroxypyruvate isomerase  37.11 
 
 		 269 aa  167  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5179  hydroxypyruvate isomerase  37.11 
 
 		 269 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.265819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4320  hydroxypyruvate isomerase  40.54 
 
 		 258 aa  166  2.9999999999999998e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.166388  normal  0.0980927 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1298  hydroxypyruvate isomerase  37.89 
 
 		 259 aa  166  4e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1395  hydroxypyruvate isomerase  37.08 
 
 		 269 aa  166  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0279437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3267  hydroxypyruvate isomerase  41 
 
 		 266 aa  165  5.9999999999999996e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0107581 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2172  hydroxypyruvate isomerase  36.47 
 
 		 269 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.42054  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3292  hydroxypyruvate isomerase  35.57 
 
 		 260 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.202186  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0551  hydroxypyruvate isomerase  34.5 
 
 		 258 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  32.68 
 
 		 260 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2770  hydroxypyruvate isomerase  34.23 
 
 		 265 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0252433  normal  0.732675 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3036  hypothetical protein  37.98 
 
 		 258 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3065  hypothetical protein  37.98 
 
 		 258 aa  163  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765519  normal  0.510591 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3120  hypothetical protein  37.98 
 
 		 258 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0148759 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3104  hypothetical protein  37.98 
 
 		 258 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0582  hydroxypyruvate isomerase  34.5 
 
 		 258 aa  163  3e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>