280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_4059 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_4059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 290 aa  568  1e-161  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  67.84 
 
 		 290 aa  381  1e-105  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12330  sugar phosphate isomerase/epimerase  65.95 
 
 		 288 aa  353  2e-96  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.205248  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4538  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.86 
 
 		 281 aa  208  9e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.535239 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.59 
 
 		 290 aa  200  3e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.27 
 
 		 289 aa  185  7e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.41 
 
 		 283 aa  161  1e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0533  xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.1 
 
 		 282 aa  154  2e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.605213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  33.22 
 
 		 295 aa  151  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  32.86 
 
 		 295 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.71 
 
 		 283 aa  142  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1263  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.25 
 
 		 297 aa  139  4.999999999999999e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.81 
 
 		 275 aa  138  1e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3635  xylose isomerase domain-containing protein  30.42 
 
 		 282 aa  132  6e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  30.71 
 
 		 283 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  33.83 
 
 		 293 aa  130  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  31.34 
 
 		 289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4619  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.03 
 
 		 282 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154569  normal  0.87312 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.67 
 
 		 285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  30.25 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.63 
 
 		 292 aa  126  5e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5314  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.67 
 
 		 282 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0259  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.93 
 
 		 294 aa  122  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  32.92 
 
 		 268 aa  117  3e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0288  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.4 
 
 		 294 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5867  xylose isomerase domain-containing protein  34.43 
 
 		 295 aa  117  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.102013  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3174  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.82 
 
 		 283 aa  115  7.999999999999999e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.2 
 
 		 282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.61 
 
 		 295 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.263775  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.69 
 
 		 279 aa  107  3e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  45.95 
 
 		 278 aa  105  1e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4045  xylose isomerase domain-containing protein  23.67 
 
 		 283 aa  104  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.18 
 
 		 288 aa  102  6e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  27.51 
 
 		 295 aa  100  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.57 
 
 		 293 aa  99.8  4e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3261  hypothetical protein  27.5 
 
 		 282 aa  95.9  7e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.879119  normal  0.639309 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.77 
 
 		 264 aa  95.9  8e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  25.11 
 
 		 270 aa  92.8  5e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1251  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.16 
 
 		 274 aa  92.4  7e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.725023  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.11 
 
 		 262 aa  78.6  0.0000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1808  AP endonuclease  29.81 
 
 		 262 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1524  AP endonuclease  29.81 
 
 		 262 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01291  predicted enzyme  29.81 
 
 		 262 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.81 
 
 		 262 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.297697  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2311  xylose isomerase domain-containing protein  29.81 
 
 		 262 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1429  AP endonuclease  29.81 
 
 		 262 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01302  hypothetical protein  29.81 
 
 		 262 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1959  AP endonuclease, family 2  29.81 
 
 		 262 aa  73.2  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0839995  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1969  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.03 
 
 		 270 aa  71.6  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3367  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.12 
 
 		 298 aa  71.2  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0558916 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1528  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.84 
 
 		 264 aa  71.6  0.00000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2425  hydroxypyruvate isomerase  32.92 
 
 		 262 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.33 
 
 		 303 aa  70.5  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2260  hydroxypyruvate isomerase  32.92 
 
 		 262 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.654587  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2300  hydroxypyruvate isomerase  32.92 
 
 		 262 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.946761  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2160  xylose isomerase domain-containing protein  29.19 
 
 		 262 aa  70.1  0.00000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.26775 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3944  AP endonuclease  29.18 
 
 		 285 aa  67.4  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0718494  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2368  hydroxypyruvate isomerase  27.59 
 
 		 259 aa  66.6  0.0000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2172  hydroxypyruvate isomerase  28.71 
 
 		 269 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.42054  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  29.23 
 
 		 250 aa  64.7  0.000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2461  hydroxypyruvate isomerase  31.58 
 
 		 269 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.731976  normal  0.599526 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3564  xylose isomerase domain-containing protein  30.09 
 
 		 257 aa  64.7  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0379741  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6726  putative endonuclease protein  30.9 
 
 		 285 aa  64.3  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.416579  normal  0.564821 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2682  xylose isomerase domain-containing protein  30.22 
 
 		 258 aa  64.3  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4228  xylose isomerase domain-containing protein  33.33 
 
 		 268 aa  63.9  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1174  hydroxypyruvate isomerase  33.65 
 
 		 262 aa  63.9  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.970176  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3479  hydroxypyruvate isomerase  28.95 
 
 		 260 aa  63.5  0.000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1621  hydroxypyruvate isomerase  31.31 
 
 		 266 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.377689  normal  0.533551 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2613  hydroxypyruvate isomerase  31.71 
 
 		 267 aa  62.8  0.000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3195  hydroxypyruvate isomerase  38.38 
 
 		 263 aa  62.4  0.000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.568718  normal  0.0120723 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1902  xylose isomerase domain-containing protein  35.2 
 
 		 299 aa  62.4  0.000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1134  hydroxypyruvate isomerase  29.2 
 
 		 259 aa  62.4  0.000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.852559 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4194  xylose isomerase-like TIM barrel  23.13 
 
 		 334 aa  62  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00304718 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1781  hydroxypyruvate isomerase  31.37 
 
 		 269 aa  62  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.168778  normal  0.857209 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.77 
 
 		 286 aa  61.6  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0394614 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  31.31 
 
 		 264 aa  62  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1719  hypothetical protein  30.61 
 
 		 293 aa  61.2  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  30.7 
 
 		 260 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3113  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.53 
 
 		 256 aa  61.2  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.787534  normal  0.440249 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3152  hydroxypyruvate isomerase  28.07 
 
 		 260 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3141  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.35 
 
 		 335 aa  60.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2978  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.35 
 
 		 335 aa  60.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.856422 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  31.37 
 
 		 263 aa  60.5  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4583  xylose isomerase domain-containing protein  28.42 
 
 		 278 aa  60.8  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.85 
 
 		 274 aa  60.5  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.362033  normal  0.0199285 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1902  hydroxypyruvate isomerase  34.31 
 
 		 269 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000606406 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6200  hydroxypyruvate isomerase  34.31 
 
 		 269 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0219655  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1816  hydroxypyruvate isomerase  34.31 
 
 		 269 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1788  hydroxypyruvate isomerase  34.31 
 
 		 269 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1879  hydroxypyruvate isomerase  34.31 
 
 		 269 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0860973  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3378  hydroxypyruvate isomerase  30.7 
 
 		 264 aa  59.7  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.490297  normal  0.0397331 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4298  hydroxypyruvate isomerase  29.82 
 
 		 260 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1571  hydroxypyruvate isomerase  29.82 
 
 		 260 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.148654  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  27.66 
 
 		 256 aa  58.9  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5179  hydroxypyruvate isomerase  34.31 
 
 		 269 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.265819  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2206  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.36 
 
 		 260 aa  58.9  0.00000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313924  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1079  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  30.81 
 
 		 266 aa  58.9  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3623  hydroxypyruvate isomerase  32.35 
 
 		 260 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4309  hydroxypyruvate isomerase  27.36 
 
 		 271 aa  58.9  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0533507 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5990  xylose isomerase domain-containing protein  31.85 
 
 		 339 aa  58.9  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0730403  normal  0.114286 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>