186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_3261 on replicon NC_009429
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009429  Rsph17025_3261  hypothetical protein  100 
 
 		 282 aa  564  1e-160  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.879119  normal  0.639309 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  38.89 
 
 		 297 aa  187  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  37.55 
 
 		 289 aa  175  6e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0259  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.81 
 
 		 294 aa  166  5e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  34.41 
 
 		 295 aa  162  6e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0288  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.53 
 
 		 294 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.02 
 
 		 292 aa  159  6e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.69 
 
 		 283 aa  141  9.999999999999999e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0533  xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.09 
 
 		 282 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.605213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3635  xylose isomerase domain-containing protein  29.79 
 
 		 282 aa  126  4.0000000000000003e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.22 
 
 		 290 aa  125  9e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.62 
 
 		 289 aa  122  7e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5314  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.56 
 
 		 282 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4619  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.64 
 
 		 282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154569  normal  0.87312 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.64 
 
 		 285 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  30.92 
 
 		 295 aa  109  5e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.15 
 
 		 275 aa  108  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  30.6 
 
 		 295 aa  106  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.74 
 
 		 279 aa  104  2e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  26.35 
 
 		 290 aa  102  5e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.5 
 
 		 290 aa  102  5e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4045  xylose isomerase domain-containing protein  27.34 
 
 		 283 aa  99.4  7e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  28.34 
 
 		 283 aa  98.2  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  34.48 
 
 		 268 aa  98.2  1e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4538  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.02 
 
 		 281 aa  96.3  5e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.535239 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3174  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30 
 
 		 283 aa  95.1  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.27 
 
 		 288 aa  95.1  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.87 
 
 		 293 aa  94.4  2e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.35 
 
 		 283 aa  92.8  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.39 
 
 		 282 aa  89.7  4e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1263  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.24 
 
 		 297 aa  87.4  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12330  sugar phosphate isomerase/epimerase  25.53 
 
 		 288 aa  88.2  2e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.205248  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  29.22 
 
 		 270 aa  87  3e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  29.46 
 
 		 293 aa  85.5  8e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.05 
 
 		 262 aa  80.1  0.00000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  40 
 
 		 278 aa  79  0.00000000000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1528  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.97 
 
 		 264 aa  75.1  0.000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  29.08 
 
 		 250 aa  74.7  0.000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1808  AP endonuclease  28.95 
 
 		 262 aa  72.4  0.000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01291  predicted enzyme  28.42 
 
 		 262 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.42 
 
 		 262 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.297697  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1969  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.79 
 
 		 270 aa  70.9  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01302  hypothetical protein  28.42 
 
 		 262 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1429  AP endonuclease  28.42 
 
 		 262 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1524  AP endonuclease  28.42 
 
 		 262 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2311  xylose isomerase domain-containing protein  28.21 
 
 		 262 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1959  AP endonuclease, family 2  27.89 
 
 		 262 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0839995  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.74 
 
 		 264 aa  67.8  0.0000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1251  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.67 
 
 		 274 aa  66.2  0.0000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.725023  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  29.87 
 
 		 263 aa  65.1  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2160  xylose isomerase domain-containing protein  28.27 
 
 		 262 aa  64.7  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.26775 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1902  xylose isomerase domain-containing protein  30.77 
 
 		 299 aa  63.5  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5294  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.45 
 
 		 265 aa  62.4  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111966  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0567  hydroxypyruvate isomerase  27.1 
 
 		 258 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0572  hydroxypyruvate isomerase  27.1 
 
 		 258 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00458  hydroxypyruvate isomerase  26.45 
 
 		 258 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.751856  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3104  hydroxypyruvate isomerase  26.45 
 
 		 258 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00463  hypothetical protein  26.45 
 
 		 258 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0565  hydroxypyruvate isomerase  27.1 
 
 		 258 aa  61.2  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.551663  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0582  hydroxypyruvate isomerase  26.45 
 
 		 258 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0545  hydroxypyruvate isomerase  26.45 
 
 		 258 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3114  hydroxypyruvate isomerase  26.45 
 
 		 258 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.334824 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0551  hydroxypyruvate isomerase  26.45 
 
 		 258 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2461  hydroxypyruvate isomerase  35.64 
 
 		 269 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.731976  normal  0.599526 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0609  hydroxypyruvate isomerase  26.45 
 
 		 258 aa  60.1  0.00000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4012  xylose isomerase domain-containing protein  26.26 
 
 		 260 aa  59.7  0.00000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.167546  normal  0.990546 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3457  Hydroxypyruvate isomerase  28.39 
 
 		 273 aa  59.7  0.00000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000196511  decreased coverage  0.00813341 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1918  Hydroxypyruvate isomerase  27.78 
 
 		 260 aa  59.3  0.00000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0177301  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2206  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.94 
 
 		 260 aa  59.3  0.00000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313924  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0626  hydroxypyruvate isomerase  26.45 
 
 		 258 aa  59.3  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.396658  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.97 
 
 		 303 aa  58.9  0.00000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1781  hydroxypyruvate isomerase  33.66 
 
 		 269 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.168778  normal  0.857209 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2929  hydroxypyruvate isomerase  29.68 
 
 		 263 aa  58.5  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.452433 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1174  hydroxypyruvate isomerase  27.53 
 
 		 262 aa  58.2  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.970176  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2758  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.97 
 
 		 258 aa  56.6  0.0000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0057  xylose isomerase domain-containing protein  30 
 
 		 268 aa  56.6  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  29.66 
 
 		 260 aa  55.8  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1567  hydroxypyruvate isomerase  30.63 
 
 		 258 aa  55.1  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1301  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.99 
 
 		 256 aa  54.3  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00429624  normal  0.0206952 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3282  hydroxypyruvate isomerase protein  29.66 
 
 		 260 aa  54.3  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.257483  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1924  Hydroxypyruvate isomerase  27.71 
 
 		 280 aa  54.3  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000334865  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.91 
 
 		 286 aa  54.7  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0394614 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.31 
 
 		 264 aa  54.3  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.831007 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  25 
 
 		 260 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31430  Xylose isomerase-like TIM barrel protein, probably inolved in myo-inositol catabolism  28 
 
 		 262 aa  53.9  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.161007  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1621  hydroxypyruvate isomerase  26.45 
 
 		 266 aa  53.9  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.377689  normal  0.533551 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3292  hydroxypyruvate isomerase  25.62 
 
 		 260 aa  53.1  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.202186  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3449  xylose isomerase-like TIM barrel  25.62 
 
 		 271 aa  53.1  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3317  xylose isomerase-like TIM barrel  37.04 
 
 		 257 aa  53.1  0.000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.695295  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1298  hydroxypyruvate isomerase  30.7 
 
 		 259 aa  52.8  0.000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3048  hypothetical protein  27.32 
 
 		 262 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.127987  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1033  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.76 
 
 		 285 aa  52.4  0.000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0514922 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2411  xylose isomerase domain-containing protein  27.34 
 
 		 260 aa  52.4  0.000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.446483 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2425  hydroxypyruvate isomerase  29.11 
 
 		 262 aa  52  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3181  hydroxypyruvate isomerase  26.45 
 
 		 262 aa  52  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.365148  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2260  hydroxypyruvate isomerase  29.11 
 
 		 262 aa  52  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.654587  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2300  hydroxypyruvate isomerase  29.11 
 
 		 262 aa  52  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.946761  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2201  xylose isomerase domain-containing protein  29.31 
 
 		 258 aa  52  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.586932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2365  hydroxypyruvate isomerase  29.6 
 
 		 266 aa  52  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4298  hydroxypyruvate isomerase  27.97 
 
 		 260 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>