252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3048 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3048  hypothetical protein  100 
 
 		 262 aa  536  1e-151  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.127987  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31430  Xylose isomerase-like TIM barrel protein, probably inolved in myo-inositol catabolism  81.23 
 
 		 262 aa  438  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.161007  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2394  xylose isomerase domain-containing protein  69.53 
 
 		 259 aa  368  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2758  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  64.73 
 
 		 258 aa  350  2e-95  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5294  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  63.95 
 
 		 265 aa  336  1.9999999999999998e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111966  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1197  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  64.31 
 
 		 259 aa  317  2e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.597378  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  60.23 
 
 		 264 aa  317  2e-85  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.831007 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4852  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  55.81 
 
 		 264 aa  298  6e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.859546  normal  0.0990251 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4012  xylose isomerase domain-containing protein  58.53 
 
 		 260 aa  297  1e-79  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.167546  normal  0.990546 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2411  xylose isomerase domain-containing protein  56.2 
 
 		 260 aa  293  2e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.446483 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2604  xylose isomerase domain-containing protein  59.77 
 
 		 271 aa  290  1e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0057  xylose isomerase domain-containing protein  54.47 
 
 		 268 aa  280  1e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1301  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.68 
 
 		 256 aa  138  1e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00429624  normal  0.0206952 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  37.9 
 
 		 250 aa  138  1e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  34.57 
 
 		 259 aa  112  6e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  30.3 
 
 		 259 aa  107  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2552  hydroxypyruvate isomerase  31.3 
 
 		 258 aa  104  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0908348  hitchhiker  0.00501624 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3317  xylose isomerase-like TIM barrel  29.34 
 
 		 257 aa  104  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.695295  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2140  Hydroxypyruvate isomerase  31.35 
 
 		 273 aa  98.2  1e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3052  xylose isomerase domain-containing protein  30.16 
 
 		 256 aa  96.7  4e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0431176 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2546  Hydroxypyruvate isomerase  32.73 
 
 		 265 aa  94.4  2e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0308483  normal  0.0587902 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0115  Hydroxypyruvate isomerase  31.42 
 
 		 260 aa  94.4  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0109  Hydroxypyruvate isomerase  31.03 
 
 		 260 aa  94.4  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  29.01 
 
 		 260 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2851  hydroxypyruvate isomerase  29.34 
 
 		 270 aa  93.6  3e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000102215  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3575  xylose isomerase domain-containing protein  29.17 
 
 		 256 aa  93.2  3e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  31.42 
 
 		 256 aa  92.4  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1642  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.63 
 
 		 310 aa  92.4  7e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.331171  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04753  hydroxypyruvate isomerase  28.68 
 
 		 258 aa  92  8e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3457  Hydroxypyruvate isomerase  28.57 
 
 		 273 aa  91.3  1e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000196511  decreased coverage  0.00813341 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1918  Hydroxypyruvate isomerase  26.36 
 
 		 260 aa  91.3  2e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0177301  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  30.77 
 
 		 263 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2613  hydroxypyruvate isomerase  42.86 
 
 		 267 aa  90.5  3e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0211  hydroxypyruvate isomerase  27.97 
 
 		 258 aa  90.1  3e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1902  hydroxypyruvate isomerase  30.36 
 
 		 269 aa  89.4  5e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000606406 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1298  hydroxypyruvate isomerase  31.58 
 
 		 259 aa  89.4  6e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2687  twin-arginine translocation pathway signal  28.57 
 
 		 301 aa  89  6e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2368  hydroxypyruvate isomerase  29.55 
 
 		 259 aa  88.2  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0958  hydroxypyruvate isomerase  30.08 
 
 		 267 aa  88.2  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2929  hydroxypyruvate isomerase  29.28 
 
 		 263 aa  88.2  1e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.452433 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0147  hydroxypyruvate isomerase, putative  27.82 
 
 		 261 aa  87.4  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.999741  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3181  hydroxypyruvate isomerase  30.36 
 
 		 262 aa  87.8  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.365148  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1924  Hydroxypyruvate isomerase  29.13 
 
 		 280 aa  87.4  2e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000334865  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6200  hydroxypyruvate isomerase  29.96 
 
 		 269 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0219655  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1816  hydroxypyruvate isomerase  29.96 
 
 		 269 aa  87.4  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1879  hydroxypyruvate isomerase  29.96 
 
 		 269 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0860973  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1788  hydroxypyruvate isomerase  29.96 
 
 		 269 aa  87.4  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0132  putative hydroxypyruvate isomerase  27.82 
 
 		 261 aa  87.4  2e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5179  hydroxypyruvate isomerase  29.96 
 
 		 269 aa  87  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.265819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0443  hydroxypyruvate isomerase  30.92 
 
 		 265 aa  87  3e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2118  hydroxypyruvate isomerase  41.59 
 
 		 266 aa  86.7  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0266277 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3113  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.97 
 
 		 256 aa  87  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.787534  normal  0.440249 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1489  hydroxypyruvate isomerase  29.7 
 
 		 258 aa  87  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3378  hydroxypyruvate isomerase  31.58 
 
 		 264 aa  86.3  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.490297  normal  0.0397331 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2809  hydroxypyruvate isomerase  26.91 
 
 		 265 aa  85.5  7e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.356992 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5064  hydroxypyruvate isomerase, putative  37.8 
 
 		 261 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2425  hydroxypyruvate isomerase  29.15 
 
 		 262 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1395  hydroxypyruvate isomerase  29.55 
 
 		 269 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0279437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2260  hydroxypyruvate isomerase  29.15 
 
 		 262 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.654587  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2300  hydroxypyruvate isomerase  29.15 
 
 		 262 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.946761  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3564  xylose isomerase domain-containing protein  29.22 
 
 		 257 aa  85.1  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0379741  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1423  hydroxypyruvate isomerase  40.52 
 
 		 260 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0831912  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1136  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.65 
 
 		 312 aa  84.3  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1174  hydroxypyruvate isomerase  30.92 
 
 		 262 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.970176  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2461  hydroxypyruvate isomerase  29.96 
 
 		 269 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.731976  normal  0.599526 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2169  hydroxypyruvate isomerase  39.66 
 
 		 262 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196604  normal  0.222817 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4459  xylose isomerase-like TIM barrel  32.4 
 
 		 255 aa  84  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5560  hydroxypyruvate isomerase  32.39 
 
 		 261 aa  84  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.446227  normal  0.0996892 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0652  hypothetical protein  39.34 
 
 		 265 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4098  hydroxypyruvate isomerase  30.89 
 
 		 284 aa  83.2  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.832044 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  27.82 
 
 		 264 aa  83.6  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1158  hydroxypyruvate isomerase  34.21 
 
 		 268 aa  83.2  0.000000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.671898  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2533  xylose isomerase domain-containing protein  45.53 
 
 		 259 aa  82.8  0.000000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.685925  normal  0.744094 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3496  hydroxypyruvate isomerase  39.66 
 
 		 258 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0849997  normal  0.283205 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2172  hydroxypyruvate isomerase  28.36 
 
 		 269 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.42054  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1621  hydroxypyruvate isomerase  33.89 
 
 		 266 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.377689  normal  0.533551 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1781  hydroxypyruvate isomerase  29.55 
 
 		 269 aa  82.4  0.000000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.168778  normal  0.857209 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5120  hydroxypyruvate isomerase  41.9 
 
 		 258 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0474  hydroxypyruvate isomerase  41.9 
 
 		 258 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0462  hydroxypyruvate isomerase  37.8 
 
 		 261 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0973  hydroxypyruvate isomerase  42.57 
 
 		 269 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3208  hydroxypyruvate isomerase  41.9 
 
 		 258 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0015  hydroxypyruvate isomerase  27.17 
 
 		 258 aa  81.6  0.00000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5159  hydroxypyruvate isomerase  41.9 
 
 		 258 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.324976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2017  hydroxypyruvate isomerase  42.57 
 
 		 258 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.45932  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1924  hydroxypyruvate isomerase  42.57 
 
 		 258 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3065  hypothetical protein  28.8 
 
 		 258 aa  81.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765519  normal  0.510591 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5077  hydroxypyruvate isomerase  40.95 
 
 		 257 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2976  xylose isomerase domain-containing protein  31.73 
 
 		 295 aa  80.5  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0573  hydroxypyruvate isomerase  42.57 
 
 		 258 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0442  hydroxypyruvate isomerase  42.57 
 
 		 258 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4554  hydroxypyruvate isomerase  40.95 
 
 		 258 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  0.368967 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07150  hypothetical protein  38.98 
 
 		 265 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5927  Hydroxypyruvate isomerase  38.79 
 
 		 262 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2842  Hydroxypyruvate isomerase  28.68 
 
 		 271 aa  80.9  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0814661  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0894  hydroxypyruvate isomerase  42.57 
 
 		 258 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1861  hydroxypyruvate isomerase  42.57 
 
 		 258 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4719  hydroxypyruvate isomerase  30.15 
 
 		 258 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00317481 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4427  hydroxypyruvate isomerase  39.83 
 
 		 262 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.198005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3830  hydroxypyruvate isomerase  29.47 
 
 		 260 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>