248 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1642 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_1642  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 
310 aa  647    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.331171  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0423  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.18 
 
 
287 aa  235  6e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.985837  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3461  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.73 
 
 
293 aa  232  8.000000000000001e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2364  xylose isomerase domain-containing protein  41.38 
 
 
294 aa  221  1.9999999999999999e-56  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.807591  normal  0.185458 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2976  xylose isomerase domain-containing protein  41.44 
 
 
295 aa  218  1e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0698  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.71 
 
 
297 aa  218  1e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1033  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.16 
 
 
285 aa  208  8e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0514922 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1032  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.94 
 
 
272 aa  202  5e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0870608 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3652  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.78 
 
 
293 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.449047  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2687  twin-arginine translocation pathway signal  38.69 
 
 
301 aa  194  1e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00433  Twin-arginine translocation pathway signal  36.77 
 
 
309 aa  192  5e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1041  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.99 
 
 
298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0431  xylose isomerase domain-containing protein  35.55 
 
 
326 aa  154  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2533  xylose isomerase domain-containing protein  32.82 
 
 
259 aa  136  4e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.685925  normal  0.744094 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3052  xylose isomerase domain-containing protein  36.19 
 
 
256 aa  113  4.0000000000000004e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0431176 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  36.13 
 
 
250 aa  112  8.000000000000001e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  28.46 
 
 
259 aa  94.7  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5294  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.37 
 
 
265 aa  92.8  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111966  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  28.46 
 
 
259 aa  92.4  8e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3048  hypothetical protein  31.63 
 
 
262 aa  92.4  9e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.127987  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1301  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.23 
 
 
256 aa  92.4  9e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00429624  normal  0.0206952 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3317  xylose isomerase-like TIM barrel  27.98 
 
 
257 aa  90.5  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.695295  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3181  hydroxypyruvate isomerase  29.17 
 
 
262 aa  87  4e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.365148  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1631  hydroxypyruvate isomerase  29.1 
 
 
258 aa  87  4e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4012  xylose isomerase domain-containing protein  29.69 
 
 
260 aa  86.3  6e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.167546  normal  0.990546 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2368  hydroxypyruvate isomerase  30.32 
 
 
259 aa  85.9  8e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1423  hydroxypyruvate isomerase  29.71 
 
 
260 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0831912  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04753  hydroxypyruvate isomerase  41.6 
 
 
258 aa  85.1  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1158  hydroxypyruvate isomerase  30 
 
 
268 aa  84.7  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.671898  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  31.94 
 
 
260 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4298  hydroxypyruvate isomerase  31.41 
 
 
260 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3575  xylose isomerase domain-containing protein  27.59 
 
 
256 aa  84.3  0.000000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1571  hydroxypyruvate isomerase  31.41 
 
 
260 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.148654  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3623  hydroxypyruvate isomerase  27.67 
 
 
260 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2140  Hydroxypyruvate isomerase  28.26 
 
 
273 aa  83.6  0.000000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4427  hydroxypyruvate isomerase  28.86 
 
 
262 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.198005  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1597  hydroxypyruvate isomerase  28.22 
 
 
260 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00143749  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2311  hydroxypyruvate isomerase  37.7 
 
 
256 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279204  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1839  xylose isomerase-like TIM barrel  28.46 
 
 
260 aa  82.4  0.000000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0157456  normal  0.118454 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  28.33 
 
 
263 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2118  hydroxypyruvate isomerase  39.22 
 
 
266 aa  82  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0266277 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2268  Hydroxypyruvate isomerase  32.64 
 
 
281 aa  82  0.00000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.822354 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2770  hydroxypyruvate isomerase  30.37 
 
 
265 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0252433  normal  0.732675 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2809  hydroxypyruvate isomerase  27.07 
 
 
265 aa  82  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.356992 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2758  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.27 
 
 
258 aa  81.6  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4098  hydroxypyruvate isomerase  26.39 
 
 
284 aa  81.3  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.832044 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0057  xylose isomerase domain-containing protein  28.35 
 
 
268 aa  81.3  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2552  hydroxypyruvate isomerase  40.98 
 
 
258 aa  81.3  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0908348  hitchhiker  0.00501624 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4309  hydroxypyruvate isomerase  29.95 
 
 
271 aa  80.9  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0533507 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1621  hydroxypyruvate isomerase  30.29 
 
 
266 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.377689  normal  0.533551 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1026  hydroxypyruvate isomerase  26.67 
 
 
267 aa  80.5  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.43264  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07150  hypothetical protein  27.43 
 
 
265 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1554  putative isomerase  33.15 
 
 
254 aa  80.1  0.00000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.534878  normal  0.610325 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3378  hydroxypyruvate isomerase  30.48 
 
 
264 aa  79.7  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.490297  normal  0.0397331 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4554  hydroxypyruvate isomerase  32.04 
 
 
258 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  0.368967 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5064  hydroxypyruvate isomerase, putative  27.62 
 
 
261 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31430  Xylose isomerase-like TIM barrel protein, probably inolved in myo-inositol catabolism  28.82 
 
 
262 aa  79.3  0.00000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.161007  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1567  hydroxypyruvate isomerase  30.37 
 
 
258 aa  79  0.00000000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  27.6 
 
 
260 aa  79  0.00000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0020  hypothetical protein  28.51 
 
 
262 aa  79  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.138735  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1781  hydroxypyruvate isomerase  28.5 
 
 
269 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.168778  normal  0.857209 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2604  xylose isomerase domain-containing protein  34.11 
 
 
271 aa  78.6  0.0000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2503  hydroxypyruvate isomerase  29.68 
 
 
264 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0443  hydroxypyruvate isomerase  28.57 
 
 
265 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2461  hydroxypyruvate isomerase  27.54 
 
 
269 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.731976  normal  0.599526 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3564  xylose isomerase domain-containing protein  27.92 
 
 
257 aa  77.8  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0379741  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2898  putative sugar isomerase (interconverting aldoses and ketoses)  32.64 
 
 
250 aa  77.8  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.0851666 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1133  hydroxypyruvate isomerase  26.67 
 
 
260 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.926547  normal  0.304342 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0462  hydroxypyruvate isomerase  28.88 
 
 
261 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0211  hydroxypyruvate isomerase  37.6 
 
 
258 aa  77.4  0.0000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1855  hydroxypyruvate isomerase  34.21 
 
 
260 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3413  Hydroxypyruvate isomerase  37.7 
 
 
262 aa  77.4  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0652  hypothetical protein  27.71 
 
 
265 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  27.05 
 
 
264 aa  77.4  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1953  Hydroxypyruvate isomerase  35.09 
 
 
259 aa  76.6  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.346217  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3736  Hydroxypyruvate isomerase  37.7 
 
 
262 aa  76.6  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2017  hydroxypyruvate isomerase  28.33 
 
 
258 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.45932  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1924  hydroxypyruvate isomerase  28.33 
 
 
258 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5077  hydroxypyruvate isomerase  30.94 
 
 
257 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814935  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0474  hydroxypyruvate isomerase  30.94 
 
 
258 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166076  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4852  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.92 
 
 
264 aa  75.9  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.859546  normal  0.0990251 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0442  hydroxypyruvate isomerase  28.33 
 
 
258 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4876  hydroxypyruvate isomerase  27.08 
 
 
273 aa  75.9  0.0000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2425  hydroxypyruvate isomerase  27.16 
 
 
262 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0973  hydroxypyruvate isomerase  28.33 
 
 
269 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2172  hydroxypyruvate isomerase  27.54 
 
 
269 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.42054  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2169  hydroxypyruvate isomerase  33.61 
 
 
262 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196604  normal  0.222817 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5307  Hydroxypyruvate isomerase  29.48 
 
 
258 aa  75.1  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.314618  normal  0.971312 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2260  hydroxypyruvate isomerase  27.16 
 
 
262 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.654587  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2300  hydroxypyruvate isomerase  27.16 
 
 
262 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.946761  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0147  hydroxypyruvate isomerase, putative  34.51 
 
 
261 aa  74.7  0.000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.999741  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45010  putative hydroxypyruvate isomerase  26.64 
 
 
260 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.224213  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5120  hydroxypyruvate isomerase  29.24 
 
 
258 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0132  putative hydroxypyruvate isomerase  34.51 
 
 
261 aa  74.7  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1902  hydroxypyruvate isomerase  39.81 
 
 
269 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000606406 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3457  Hydroxypyruvate isomerase  23.9 
 
 
273 aa  73.9  0.000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000196511  decreased coverage  0.00813341 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6200  hydroxypyruvate isomerase  39.81 
 
 
269 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0219655  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1879  hydroxypyruvate isomerase  39.81 
 
 
269 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0860973  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5018  hydroxypyruvate isomerase  27.64 
 
 
258 aa  73.9  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.189718  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3899  hydroxypyruvate isomerase  30.33 
 
 
251 aa  73.6  0.000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.194463  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>