243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4098 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_4098  hydroxypyruvate isomerase  100 
 
 
284 aa  576  1.0000000000000001e-163  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.832044 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0443  hydroxypyruvate isomerase  63.5 
 
 
265 aa  346  3e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4876  hydroxypyruvate isomerase  60.79 
 
 
273 aa  340  2e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5142  Hydroxypyruvate isomerase  64.75 
 
 
272 aa  339  2.9999999999999998e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2462  hydroxypyruvate isomerase  62.04 
 
 
266 aa  336  2.9999999999999997e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.684146  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2809  hydroxypyruvate isomerase  58.33 
 
 
265 aa  324  8.000000000000001e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.356992 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3533  hydroxypyruvate isomerase  61.17 
 
 
258 aa  299  4e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.238199  normal  0.267377 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0474  hydroxypyruvate isomerase  57.3 
 
 
258 aa  289  3e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166076  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4427  hydroxypyruvate isomerase  56.73 
 
 
262 aa  289  4e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.198005  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4554  hydroxypyruvate isomerase  56.93 
 
 
258 aa  287  2e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  0.368967 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3208  hydroxypyruvate isomerase  57.3 
 
 
258 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5159  hydroxypyruvate isomerase  57.3 
 
 
258 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.324976  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5120  hydroxypyruvate isomerase  56.93 
 
 
258 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5077  hydroxypyruvate isomerase  56.2 
 
 
257 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814935  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1913  Hydroxypyruvate isomerase  54.15 
 
 
275 aa  281  1e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1815  hydroxypyruvate isomerase  54.15 
 
 
275 aa  281  1e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0352764  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3496  hydroxypyruvate isomerase  57.66 
 
 
258 aa  280  2e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0849997  normal  0.283205 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3413  Hydroxypyruvate isomerase  54.29 
 
 
262 aa  276  2e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1423  hydroxypyruvate isomerase  56.93 
 
 
260 aa  276  3e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0831912  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1839  xylose isomerase-like TIM barrel  54.74 
 
 
260 aa  276  3e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0157456  normal  0.118454 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0442  hydroxypyruvate isomerase  56.36 
 
 
258 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0973  hydroxypyruvate isomerase  56 
 
 
269 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1924  hydroxypyruvate isomerase  56.36 
 
 
258 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0573  hydroxypyruvate isomerase  56.36 
 
 
258 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0462  hydroxypyruvate isomerase  58.03 
 
 
261 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5927  Hydroxypyruvate isomerase  56 
 
 
262 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0894  hydroxypyruvate isomerase  56.36 
 
 
258 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2017  hydroxypyruvate isomerase  56 
 
 
258 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.45932  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1861  hydroxypyruvate isomerase  56.36 
 
 
258 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3736  Hydroxypyruvate isomerase  54.38 
 
 
262 aa  272  4.0000000000000004e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0020  hypothetical protein  55.11 
 
 
262 aa  271  7e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.138735  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5064  hydroxypyruvate isomerase, putative  56.93 
 
 
261 aa  270  2e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2169  hydroxypyruvate isomerase  54.55 
 
 
262 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196604  normal  0.222817 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0652  hypothetical protein  56 
 
 
265 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1631  hydroxypyruvate isomerase  47.48 
 
 
258 aa  263  2e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07150  hypothetical protein  55.64 
 
 
265 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3317  xylose isomerase-like TIM barrel  49.82 
 
 
257 aa  256  3e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.695295  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3181  hydroxypyruvate isomerase  49.1 
 
 
262 aa  254  8e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.365148  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1567  hydroxypyruvate isomerase  47.45 
 
 
258 aa  249  2e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  48.72 
 
 
259 aa  248  8e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3378  hydroxypyruvate isomerase  47.45 
 
 
264 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.490297  normal  0.0397331 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2118  hydroxypyruvate isomerase  50.36 
 
 
266 aa  241  1e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0266277 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1134  hydroxypyruvate isomerase  48.35 
 
 
259 aa  240  2e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.852559 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1597  hydroxypyruvate isomerase  47.81 
 
 
260 aa  239  5e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00143749  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2172  hydroxypyruvate isomerase  47.67 
 
 
269 aa  238  1e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.42054  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5560  hydroxypyruvate isomerase  47.87 
 
 
261 aa  235  6e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.446227  normal  0.0996892 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2425  hydroxypyruvate isomerase  48.03 
 
 
262 aa  232  5e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2260  hydroxypyruvate isomerase  48.03 
 
 
262 aa  232  5e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.654587  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2300  hydroxypyruvate isomerase  48.03 
 
 
262 aa  232  5e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.946761  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  45.42 
 
 
263 aa  232  6e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04753  hydroxypyruvate isomerase  43.07 
 
 
258 aa  232  6e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  46.72 
 
 
260 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2770  hydroxypyruvate isomerase  45.55 
 
 
265 aa  229  3e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0252433  normal  0.732675 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  45.23 
 
 
264 aa  228  6e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4562  hydroxypyruvate isomerase  48.35 
 
 
259 aa  226  2e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.427343  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4298  hydroxypyruvate isomerase  45.99 
 
 
260 aa  226  4e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3282  hydroxypyruvate isomerase protein  46.52 
 
 
260 aa  226  4e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.257483  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1571  hydroxypyruvate isomerase  45.99 
 
 
260 aa  226  4e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.148654  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2625  hydroxypyruvate isomerase  45.74 
 
 
260 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.90554  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1298  hydroxypyruvate isomerase  44.53 
 
 
259 aa  225  7e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1781  hydroxypyruvate isomerase  45.45 
 
 
269 aa  225  7e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.168778  normal  0.857209 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2552  hydroxypyruvate isomerase  41.61 
 
 
258 aa  225  7e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0908348  hitchhiker  0.00501624 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3449  xylose isomerase-like TIM barrel  45.09 
 
 
271 aa  223  2e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6200  hydroxypyruvate isomerase  44.37 
 
 
269 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0219655  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1879  hydroxypyruvate isomerase  44.37 
 
 
269 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0860973  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1902  hydroxypyruvate isomerase  44.37 
 
 
269 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000606406 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0147  hydroxypyruvate isomerase, putative  42.91 
 
 
261 aa  223  3e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.999741  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2461  hydroxypyruvate isomerase  45.45 
 
 
269 aa  223  3e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.731976  normal  0.599526 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0132  putative hydroxypyruvate isomerase  42.91 
 
 
261 aa  223  3e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1816  hydroxypyruvate isomerase  45.09 
 
 
269 aa  223  4e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1788  hydroxypyruvate isomerase  45.09 
 
 
269 aa  223  4e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2503  hydroxypyruvate isomerase  46.83 
 
 
264 aa  222  4.9999999999999996e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3036  hypothetical protein  44.16 
 
 
258 aa  222  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2311  hydroxypyruvate isomerase  44.89 
 
 
256 aa  222  6e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279204  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0211  hydroxypyruvate isomerase  41.24 
 
 
258 aa  222  6e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3135  hypothetical protein  44.16 
 
 
258 aa  221  9e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02589  hypothetical protein  44.16 
 
 
258 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5179  hydroxypyruvate isomerase  45.09 
 
 
269 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.265819  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2877  hypothetical protein  44.16 
 
 
258 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3152  hydroxypyruvate isomerase  44.36 
 
 
260 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0973  hypothetical protein  44.16 
 
 
258 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.898115  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02554  hypothetical protein  44.16 
 
 
258 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0949  Hydroxypyruvate isomerase  43.8 
 
 
258 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1395  hydroxypyruvate isomerase  45.09 
 
 
269 aa  219  3e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0279437  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1158  hydroxypyruvate isomerase  43.73 
 
 
268 aa  219  3e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.671898  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4309  hydroxypyruvate isomerase  44.73 
 
 
271 aa  219  5e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0533507 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3479  hydroxypyruvate isomerase  43.64 
 
 
260 aa  219  5e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2368  hydroxypyruvate isomerase  42.91 
 
 
259 aa  219  5e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  43.73 
 
 
259 aa  218  8.999999999999998e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1621  hydroxypyruvate isomerase  45.62 
 
 
266 aa  217  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.377689  normal  0.533551 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3292  hydroxypyruvate isomerase  43.64 
 
 
260 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.202186  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2613  hydroxypyruvate isomerase  44.6 
 
 
267 aa  216  2.9999999999999998e-55  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2430  hydroxypyruvate isomerase  47.31 
 
 
257 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45010  putative hydroxypyruvate isomerase  43.8 
 
 
260 aa  216  4e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.224213  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4719  hydroxypyruvate isomerase  46.91 
 
 
258 aa  215  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00317481 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3830  hydroxypyruvate isomerase  43.8 
 
 
260 aa  215  7e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2929  hydroxypyruvate isomerase  48.18 
 
 
263 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.452433 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3623  hydroxypyruvate isomerase  44.77 
 
 
260 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0958  hydroxypyruvate isomerase  42.24 
 
 
267 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1026  hydroxypyruvate isomerase  44.73 
 
 
267 aa  212  4.9999999999999996e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.43264  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>