268 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_4852 on replicon NC_011368
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011368  Rleg2_4852  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 
264 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.859546  normal  0.0990251 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0057  xylose isomerase domain-containing protein  72.69 
 
 
268 aa  401  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2411  xylose isomerase domain-containing protein  72.31 
 
 
260 aa  394  1e-109  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.446483 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5294  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  60.84 
 
 
265 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111966  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2394  xylose isomerase domain-containing protein  57.75 
 
 
259 aa  315  3e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31430  Xylose isomerase-like TIM barrel protein, probably inolved in myo-inositol catabolism  57.92 
 
 
262 aa  313  1.9999999999999998e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.161007  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  57.47 
 
 
264 aa  298  6e-80  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.831007 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3048  hypothetical protein  55.81 
 
 
262 aa  298  6e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.127987  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2758  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  57.2 
 
 
258 aa  298  7e-80  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1197  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  52.94 
 
 
259 aa  271  9e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.597378  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4012  xylose isomerase domain-containing protein  52.33 
 
 
260 aa  270  2e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.167546  normal  0.990546 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2604  xylose isomerase domain-containing protein  51.94 
 
 
271 aa  250  2e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  34.68 
 
 
250 aa  126  4.0000000000000003e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1301  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.68 
 
 
256 aa  108  1e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00429624  normal  0.0206952 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  29.28 
 
 
259 aa  102  5e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3575  xylose isomerase domain-containing protein  31.15 
 
 
256 aa  94.7  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1554  putative isomerase  30.58 
 
 
254 aa  94  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.534878  normal  0.610325 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3052  xylose isomerase domain-containing protein  24.1 
 
 
256 aa  90.9  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0431176 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1918  Hydroxypyruvate isomerase  32.35 
 
 
260 aa  89.4  6e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0177301  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  31 
 
 
263 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2613  hydroxypyruvate isomerase  40 
 
 
267 aa  86.3  5e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1136  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.23 
 
 
312 aa  85.9  6e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  34.88 
 
 
260 aa  85.9  7e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2533  xylose isomerase domain-containing protein  42.4 
 
 
259 aa  84.7  0.000000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.685925  normal  0.744094 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1174  hydroxypyruvate isomerase  38.79 
 
 
262 aa  84.7  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.970176  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04753  hydroxypyruvate isomerase  27.69 
 
 
258 aa  84  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3292  hydroxypyruvate isomerase  30.23 
 
 
260 aa  83.6  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.202186  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2851  hydroxypyruvate isomerase  30.93 
 
 
270 aa  83.2  0.000000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000102215  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2118  hydroxypyruvate isomerase  28.29 
 
 
266 aa  83.2  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0266277 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3317  xylose isomerase-like TIM barrel  39.64 
 
 
257 aa  82.8  0.000000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.695295  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3449  xylose isomerase-like TIM barrel  33.33 
 
 
271 aa  82.4  0.000000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  36.5 
 
 
259 aa  82.4  0.000000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0810  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.37 
 
 
310 aa  81.6  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0113296  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2929  hydroxypyruvate isomerase  35.38 
 
 
263 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.452433 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0474  hydroxypyruvate isomerase  32.91 
 
 
258 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166076  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3378  hydroxypyruvate isomerase  27.64 
 
 
264 aa  80.5  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.490297  normal  0.0397331 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1298  hydroxypyruvate isomerase  33.97 
 
 
259 aa  80.1  0.00000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2140  Hydroxypyruvate isomerase  36.54 
 
 
273 aa  80.1  0.00000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3152  hydroxypyruvate isomerase  30.43 
 
 
260 aa  79.7  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4562  hydroxypyruvate isomerase  32.54 
 
 
259 aa  79.3  0.00000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.427343  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5179  hydroxypyruvate isomerase  37.29 
 
 
269 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.265819  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6200  hydroxypyruvate isomerase  37.29 
 
 
269 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0219655  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1816  hydroxypyruvate isomerase  37.29 
 
 
269 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1879  hydroxypyruvate isomerase  37.29 
 
 
269 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0860973  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1902  hydroxypyruvate isomerase  37.29 
 
 
269 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000606406 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3496  hydroxypyruvate isomerase  31.95 
 
 
258 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0849997  normal  0.283205 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1788  hydroxypyruvate isomerase  37.29 
 
 
269 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5064  hydroxypyruvate isomerase, putative  28.45 
 
 
261 aa  79  0.00000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0211  hydroxypyruvate isomerase  35.04 
 
 
258 aa  79  0.00000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1133  hydroxypyruvate isomerase  30.86 
 
 
260 aa  79  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.926547  normal  0.304342 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.71 
 
 
260 aa  78.6  0.00000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0700232  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1924  Hydroxypyruvate isomerase  27.84 
 
 
280 aa  78.2  0.0000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000334865  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1134  hydroxypyruvate isomerase  27.63 
 
 
259 aa  78.2  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.852559 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  34.51 
 
 
264 aa  77.4  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3830  hydroxypyruvate isomerase  30.18 
 
 
260 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6411  Hydroxypyruvate isomerase  33.08 
 
 
262 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00433  Twin-arginine translocation pathway signal  26.67 
 
 
309 aa  77.4  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5120  hydroxypyruvate isomerase  32.28 
 
 
258 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45010  putative hydroxypyruvate isomerase  34.11 
 
 
260 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.224213  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  34.11 
 
 
260 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2086  hydroxypyruvate isomerase  28.02 
 
 
269 aa  77.8  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3479  hydroxypyruvate isomerase  35.48 
 
 
260 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1395  hydroxypyruvate isomerase  36.44 
 
 
269 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0279437  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2809  hydroxypyruvate isomerase  36.97 
 
 
265 aa  77  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.356992 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2625  hydroxypyruvate isomerase  31.96 
 
 
260 aa  77  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.90554  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3208  hydroxypyruvate isomerase  33.79 
 
 
258 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5159  hydroxypyruvate isomerase  33.79 
 
 
258 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.324976  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0973  hydroxypyruvate isomerase  36.79 
 
 
269 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2172  hydroxypyruvate isomerase  42.39 
 
 
269 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.42054  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4554  hydroxypyruvate isomerase  31.65 
 
 
258 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  0.368967 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2017  hydroxypyruvate isomerase  36.79 
 
 
258 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.45932  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1924  hydroxypyruvate isomerase  36.79 
 
 
258 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3457  Hydroxypyruvate isomerase  32.39 
 
 
273 aa  76.3  0.0000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000196511  decreased coverage  0.00813341 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2368  hydroxypyruvate isomerase  29.57 
 
 
259 aa  76.3  0.0000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1642  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.92 
 
 
310 aa  75.9  0.0000000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.331171  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0565  hydroxypyruvate isomerase  31.78 
 
 
258 aa  75.9  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.551663  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1621  hydroxypyruvate isomerase  35.59 
 
 
266 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.377689  normal  0.533551 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0443  hydroxypyruvate isomerase  38.74 
 
 
265 aa  75.9  0.0000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0567  hydroxypyruvate isomerase  31.78 
 
 
258 aa  75.9  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0572  hydroxypyruvate isomerase  31.78 
 
 
258 aa  75.9  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1781  hydroxypyruvate isomerase  36.8 
 
 
269 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.168778  normal  0.857209 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2461  hydroxypyruvate isomerase  36.8 
 
 
269 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.731976  normal  0.599526 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1631  hydroxypyruvate isomerase  36.7 
 
 
258 aa  75.5  0.0000000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2770  hydroxypyruvate isomerase  29.59 
 
 
265 aa  75.5  0.0000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0252433  normal  0.732675 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2311  hydroxypyruvate isomerase  30.36 
 
 
256 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279204  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0573  hydroxypyruvate isomerase  35.85 
 
 
258 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0442  hydroxypyruvate isomerase  35.85 
 
 
258 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0958  hydroxypyruvate isomerase  26.92 
 
 
267 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4459  xylose isomerase-like TIM barrel  39.25 
 
 
255 aa  75.1  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0894  hydroxypyruvate isomerase  35.85 
 
 
258 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1861  hydroxypyruvate isomerase  35.85 
 
 
258 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5560  hydroxypyruvate isomerase  33.85 
 
 
261 aa  75.1  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.446227  normal  0.0996892 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4427  hydroxypyruvate isomerase  30.36 
 
 
262 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.198005  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4298  hydroxypyruvate isomerase  33.33 
 
 
260 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2169  hydroxypyruvate isomerase  33.33 
 
 
262 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196604  normal  0.222817 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1855  hydroxypyruvate isomerase  38.04 
 
 
260 aa  73.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2552  hydroxypyruvate isomerase  31.06 
 
 
258 aa  73.9  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0908348  hitchhiker  0.00501624 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1567  hydroxypyruvate isomerase  35.92 
 
 
258 aa  73.9  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5077  hydroxypyruvate isomerase  31.65 
 
 
257 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814935  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1571  hydroxypyruvate isomerase  33.33 
 
 
260 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.148654  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>