278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1554 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1554  putative isomerase  100 
 
 		 254 aa  520  1e-147  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.534878  normal  0.610325 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5018  hydroxypyruvate isomerase  61.26 
 
 		 258 aa  315  5e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.189718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3496  hydroxypyruvate isomerase  49.02 
 
 		 258 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0849997  normal  0.283205 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5927  Hydroxypyruvate isomerase  47.06 
 
 		 262 aa  231  1e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2169  hydroxypyruvate isomerase  47.06 
 
 		 262 aa  230  2e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196604  normal  0.222817 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5120  hydroxypyruvate isomerase  47.84 
 
 		 258 aa  228  5e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4554  hydroxypyruvate isomerase  46.67 
 
 		 258 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  0.368967 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5077  hydroxypyruvate isomerase  47.64 
 
 		 257 aa  227  1e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0474  hydroxypyruvate isomerase  46.67 
 
 		 258 aa  226  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3208  hydroxypyruvate isomerase  47.84 
 
 		 258 aa  226  2e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5159  hydroxypyruvate isomerase  47.84 
 
 		 258 aa  226  2e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.324976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4427  hydroxypyruvate isomerase  47.06 
 
 		 262 aa  226  3e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.198005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0973  hydroxypyruvate isomerase  47.06 
 
 		 269 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1839  xylose isomerase-like TIM barrel  46.67 
 
 		 260 aa  219  5e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0157456  normal  0.118454 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1924  hydroxypyruvate isomerase  46.67 
 
 		 258 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0652  hypothetical protein  45.74 
 
 		 265 aa  216  2e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0442  hydroxypyruvate isomerase  46.27 
 
 		 258 aa  216  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07150  hypothetical protein  46.12 
 
 		 265 aa  216  2e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2017  hydroxypyruvate isomerase  46.27 
 
 		 258 aa  216  2e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.45932  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3533  hydroxypyruvate isomerase  47.27 
 
 		 258 aa  216  4e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.238199  normal  0.267377 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3413  Hydroxypyruvate isomerase  42.97 
 
 		 262 aa  215  5.9999999999999996e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1423  hydroxypyruvate isomerase  47.84 
 
 		 260 aa  215  7e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0831912  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0573  hydroxypyruvate isomerase  45.88 
 
 		 258 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0894  hydroxypyruvate isomerase  45.88 
 
 		 258 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1861  hydroxypyruvate isomerase  45.88 
 
 		 258 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1567  hydroxypyruvate isomerase  41.57 
 
 		 258 aa  214  9.999999999999999e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0020  hypothetical protein  43.97 
 
 		 262 aa  211  7e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.138735  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3736  Hydroxypyruvate isomerase  42.19 
 
 		 262 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1631  hydroxypyruvate isomerase  41.8 
 
 		 258 aa  209  3e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0462  hydroxypyruvate isomerase  45.14 
 
 		 261 aa  204  9e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5064  hydroxypyruvate isomerase, putative  44.75 
 
 		 261 aa  204  1e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0443  hydroxypyruvate isomerase  43.89 
 
 		 265 aa  204  1e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2809  hydroxypyruvate isomerase  41.98 
 
 		 265 aa  203  2e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.356992 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4876  hydroxypyruvate isomerase  43.56 
 
 		 273 aa  202  6e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04753  hydroxypyruvate isomerase  39.61 
 
 		 258 aa  202  6e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3378  hydroxypyruvate isomerase  42.75 
 
 		 264 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.490297  normal  0.0397331 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4320  hydroxypyruvate isomerase  42.69 
 
 		 258 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.166388  normal  0.0980927 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  41.25 
 
 		 260 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1571  hydroxypyruvate isomerase  40.47 
 
 		 260 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.148654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2462  hydroxypyruvate isomerase  42.37 
 
 		 266 aa  197  1.0000000000000001e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.684146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3623  hydroxypyruvate isomerase  41.25 
 
 		 260 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4298  hydroxypyruvate isomerase  40.47 
 
 		 260 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0211  hydroxypyruvate isomerase  38.04 
 
 		 258 aa  195  5.000000000000001e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1953  Hydroxypyruvate isomerase  41.96 
 
 		 259 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.346217  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2625  hydroxypyruvate isomerase  42.91 
 
 		 260 aa  194  1e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.90554  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2552  hydroxypyruvate isomerase  38.04 
 
 		 258 aa  194  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0908348  hitchhiker  0.00501624 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1134  hydroxypyruvate isomerase  40.55 
 
 		 259 aa  193  2e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.852559 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0147  hydroxypyruvate isomerase, putative  39.22 
 
 		 261 aa  193  3e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.999741  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2086  hydroxypyruvate isomerase  42.29 
 
 		 269 aa  192  3e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0132  putative hydroxypyruvate isomerase  39.22 
 
 		 261 aa  193  3e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  39.76 
 
 		 263 aa  192  4e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3181  hydroxypyruvate isomerase  41.41 
 
 		 262 aa  191  9e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.365148  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2311  hydroxypyruvate isomerase  40.71 
 
 		 256 aa  191  9e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1597  hydroxypyruvate isomerase  39.69 
 
 		 260 aa  191  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00143749  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2268  Hydroxypyruvate isomerase  41.02 
 
 		 281 aa  191  1e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.822354 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3830  hydroxypyruvate isomerase  39.69 
 
 		 260 aa  190  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0572  hydroxypyruvate isomerase  37.35 
 
 		 258 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0567  hydroxypyruvate isomerase  37.35 
 
 		 258 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1855  hydroxypyruvate isomerase  42.29 
 
 		 260 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45010  putative hydroxypyruvate isomerase  39.69 
 
 		 260 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.224213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1489  hydroxypyruvate isomerase  42.35 
 
 		 258 aa  189  2.9999999999999997e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0565  hydroxypyruvate isomerase  36.96 
 
 		 258 aa  189  4e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.551663  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0551  hydroxypyruvate isomerase  39.15 
 
 		 258 aa  188  7e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0545  hydroxypyruvate isomerase  39.15 
 
 		 258 aa  188  8e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0582  hydroxypyruvate isomerase  39.15 
 
 		 258 aa  188  8e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0626  hydroxypyruvate isomerase  36.96 
 
 		 258 aa  188  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.396658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3114  hydroxypyruvate isomerase  39.15 
 
 		 258 aa  188  8e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.334824 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00458  hydroxypyruvate isomerase  39.15 
 
 		 258 aa  188  9e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.751856  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3104  hydroxypyruvate isomerase  39.15 
 
 		 258 aa  188  9e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0609  hydroxypyruvate isomerase  39.15 
 
 		 258 aa  188  9e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00463  hypothetical protein  39.15 
 
 		 258 aa  188  9e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1026  hydroxypyruvate isomerase  41.5 
 
 		 267 aa  187  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.43264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3195  hydroxypyruvate isomerase  39.15 
 
 		 263 aa  187  2e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.568718  normal  0.0120723 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1133  hydroxypyruvate isomerase  39.37 
 
 		 260 aa  186  4e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.926547  normal  0.304342 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0015  hydroxypyruvate isomerase  39.45 
 
 		 258 aa  184  9e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1815  hydroxypyruvate isomerase  38.49 
 
 		 275 aa  183  2.0000000000000003e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0352764  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2770  hydroxypyruvate isomerase  38.67 
 
 		 265 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0252433  normal  0.732675 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1913  Hydroxypyruvate isomerase  38.49 
 
 		 275 aa  183  2.0000000000000003e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2898  putative sugar isomerase (interconverting aldoses and ketoses)  40.65 
 
 		 250 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.0851666 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  36.96 
 
 		 264 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3036  hypothetical protein  39.45 
 
 		 258 aa  182  6e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3135  hypothetical protein  39.45 
 
 		 258 aa  182  6e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02589  hypothetical protein  39.45 
 
 		 258 aa  182  7e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02554  hypothetical protein  39.45 
 
 		 258 aa  182  7e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0973  hypothetical protein  39.45 
 
 		 258 aa  182  7e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.898115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2877  hypothetical protein  39.45 
 
 		 258 aa  182  7e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5011  Hydroxypyruvate isomerase  42.46 
 
 		 258 aa  181  8.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336729  normal  0.3021 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  39.92 
 
 		 259 aa  180  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6411  Hydroxypyruvate isomerase  38.1 
 
 		 262 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5142  Hydroxypyruvate isomerase  40.91 
 
 		 272 aa  179  2.9999999999999997e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0949  Hydroxypyruvate isomerase  38.67 
 
 		 258 aa  179  4e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3611  hydroxypyruvate isomerase  41.9 
 
 		 260 aa  179  4e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.233278  normal  0.528482 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4562  hydroxypyruvate isomerase  39.69 
 
 		 259 aa  179  4e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.427343  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1298  hydroxypyruvate isomerase  39.92 
 
 		 259 aa  179  4e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2368  hydroxypyruvate isomerase  38.28 
 
 		 259 aa  179  5.999999999999999e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5560  hydroxypyruvate isomerase  38.67 
 
 		 261 aa  177  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.446227  normal  0.0996892 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2613  hydroxypyruvate isomerase  38.91 
 
 		 267 aa  177  1e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5307  Hydroxypyruvate isomerase  42.46 
 
 		 258 aa  176  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.314618  normal  0.971312 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3282  hydroxypyruvate isomerase protein  38.13 
 
 		 260 aa  176  3e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.257483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3899  hydroxypyruvate isomerase  39.52 
 
 		 251 aa  176  4e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.194463  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>