234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1136 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_1136  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 312 aa  656    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0810  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  68.01 
 
 		 310 aa  416  9.999999999999999e-116  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0113296  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3054  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  54.14 
 
 		 306 aa  345  8e-94  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.237635 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5812  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  52.35 
 
 		 321 aa  335  5.999999999999999e-91  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1395  hydroxypyruvate isomerase  32.17 
 
 		 269 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0279437  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  32.37 
 
 		 259 aa  111  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6200  hydroxypyruvate isomerase  31.74 
 
 		 269 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0219655  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1879  hydroxypyruvate isomerase  31.74 
 
 		 269 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0860973  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5179  hydroxypyruvate isomerase  31.74 
 
 		 269 aa  109  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.265819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1902  hydroxypyruvate isomerase  31.74 
 
 		 269 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000606406 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1816  hydroxypyruvate isomerase  31.74 
 
 		 269 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1788  hydroxypyruvate isomerase  31.74 
 
 		 269 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  30.9 
 
 		 263 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1298  hydroxypyruvate isomerase  29.29 
 
 		 259 aa  104  2e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2172  hydroxypyruvate isomerase  31.33 
 
 		 269 aa  104  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.42054  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3378  hydroxypyruvate isomerase  30.47 
 
 		 264 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.490297  normal  0.0397331 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3152  hydroxypyruvate isomerase  29.05 
 
 		 260 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2552  hydroxypyruvate isomerase  28.8 
 
 		 258 aa  103  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0908348  hitchhiker  0.00501624 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3830  hydroxypyruvate isomerase  32.1 
 
 		 260 aa  102  6e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2140  Hydroxypyruvate isomerase  28.16 
 
 		 273 aa  102  8e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2368  hydroxypyruvate isomerase  32.48 
 
 		 259 aa  102  9e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3479  hydroxypyruvate isomerase  28.63 
 
 		 260 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3623  hydroxypyruvate isomerase  31.03 
 
 		 260 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1781  hydroxypyruvate isomerase  31.3 
 
 		 269 aa  101  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.168778  normal  0.857209 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  32.02 
 
 		 260 aa  100  3e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45010  putative hydroxypyruvate isomerase  31.28 
 
 		 260 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.224213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2311  hydroxypyruvate isomerase  31.51 
 
 		 256 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1621  hydroxypyruvate isomerase  36.25 
 
 		 266 aa  100  4e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.377689  normal  0.533551 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5294  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.45 
 
 		 265 aa  99.8  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111966  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4298  hydroxypyruvate isomerase  31.76 
 
 		 260 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2425  hydroxypyruvate isomerase  31.17 
 
 		 262 aa  98.2  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2260  hydroxypyruvate isomerase  31.17 
 
 		 262 aa  98.2  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.654587  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2300  hydroxypyruvate isomerase  31.17 
 
 		 262 aa  98.2  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.946761  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1571  hydroxypyruvate isomerase  31.76 
 
 		 260 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.148654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5560  hydroxypyruvate isomerase  28.51 
 
 		 261 aa  98.2  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.446227  normal  0.0996892 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2461  hydroxypyruvate isomerase  30.43 
 
 		 269 aa  97.4  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.731976  normal  0.599526 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  33.14 
 
 		 250 aa  98.2  2e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1301  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.73 
 
 		 256 aa  97.8  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00429624  normal  0.0206952 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1918  Hydroxypyruvate isomerase  29.06 
 
 		 260 aa  97.1  3e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0177301  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3292  hydroxypyruvate isomerase  28.02 
 
 		 260 aa  96.7  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.202186  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0211  hydroxypyruvate isomerase  25.93 
 
 		 258 aa  96.7  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  31.33 
 
 		 260 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2118  hydroxypyruvate isomerase  29.63 
 
 		 266 aa  96.3  6e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0266277 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3449  xylose isomerase-like TIM barrel  32.32 
 
 		 271 aa  96.3  7e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0565  hydroxypyruvate isomerase  38.57 
 
 		 258 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.551663  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0020  hypothetical protein  28.63 
 
 		 262 aa  94.7  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.138735  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  27.2 
 
 		 256 aa  94.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0567  hydroxypyruvate isomerase  38.57 
 
 		 258 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0572  hydroxypyruvate isomerase  38.57 
 
 		 258 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2604  xylose isomerase domain-containing protein  33.16 
 
 		 271 aa  94.7  2e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2770  hydroxypyruvate isomerase  39.5 
 
 		 265 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0252433  normal  0.732675 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3113  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.78 
 
 		 256 aa  94.7  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.787534  normal  0.440249 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  30.59 
 
 		 264 aa  94.7  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1597  hydroxypyruvate isomerase  38.66 
 
 		 260 aa  94  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00143749  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4562  hydroxypyruvate isomerase  30.17 
 
 		 259 aa  94  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.427343  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2169  hydroxypyruvate isomerase  29.51 
 
 		 262 aa  94  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196604  normal  0.222817 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4012  xylose isomerase domain-containing protein  31.55 
 
 		 260 aa  94  3e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.167546  normal  0.990546 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3413  Hydroxypyruvate isomerase  28.46 
 
 		 262 aa  94  3e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04753  hydroxypyruvate isomerase  25.62 
 
 		 258 aa  94  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0582  hydroxypyruvate isomerase  29.48 
 
 		 258 aa  93.6  4e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0609  hydroxypyruvate isomerase  29.48 
 
 		 258 aa  93.6  4e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0545  hydroxypyruvate isomerase  29.48 
 
 		 258 aa  93.6  4e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3114  hydroxypyruvate isomerase  29.48 
 
 		 258 aa  93.6  4e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.334824 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00458  hydroxypyruvate isomerase  29.48 
 
 		 258 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.751856  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3104  hydroxypyruvate isomerase  29.48 
 
 		 258 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00463  hypothetical protein  29.48 
 
 		 258 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3496  hydroxypyruvate isomerase  28.29 
 
 		 258 aa  92.8  7e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0849997  normal  0.283205 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0551  hydroxypyruvate isomerase  29.08 
 
 		 258 aa  92.4  8e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2394  xylose isomerase domain-containing protein  33.33 
 
 		 259 aa  92.4  8e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3282  hydroxypyruvate isomerase protein  27.39 
 
 		 260 aa  91.7  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.257483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3052  xylose isomerase domain-containing protein  28.18 
 
 		 256 aa  91.7  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0431176 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0626  hydroxypyruvate isomerase  37.86 
 
 		 258 aa  92  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.396658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1855  hydroxypyruvate isomerase  27.95 
 
 		 260 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2929  hydroxypyruvate isomerase  35.54 
 
 		 263 aa  90.9  3e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.452433 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1134  hydroxypyruvate isomerase  27.8 
 
 		 259 aa  90.1  4e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.852559 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  28.33 
 
 		 259 aa  90.5  4e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4427  hydroxypyruvate isomerase  27.8 
 
 		 262 aa  89.7  5e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.198005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4554  hydroxypyruvate isomerase  27.39 
 
 		 258 aa  89.4  7e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  0.368967 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3736  Hydroxypyruvate isomerase  27.2 
 
 		 262 aa  88.6  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43410  hydroxypyruvate isomerase  39.5 
 
 		 259 aa  88.6  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1197  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.95 
 
 		 259 aa  87.8  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.597378  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4459  xylose isomerase-like TIM barrel  26.72 
 
 		 255 aa  87  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5927  Hydroxypyruvate isomerase  28.22 
 
 		 262 aa  87  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0474  hydroxypyruvate isomerase  27.73 
 
 		 258 aa  86.7  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2613  hydroxypyruvate isomerase  27.54 
 
 		 267 aa  86.7  5e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0891  Hydroxypyruvate isomerase  45.65 
 
 		 156 aa  86.7  5e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.155506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3208  hydroxypyruvate isomerase  28.22 
 
 		 258 aa  86.3  7e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2411  xylose isomerase domain-containing protein  31.36 
 
 		 260 aa  86.3  7e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.446483 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5159  hydroxypyruvate isomerase  28.22 
 
 		 258 aa  86.3  7e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.324976  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4852  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.23 
 
 		 264 aa  85.9  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.859546  normal  0.0990251 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5077  hydroxypyruvate isomerase  27.59 
 
 		 257 aa  85.9  8e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814935  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31430  Xylose isomerase-like TIM barrel protein, probably inolved in myo-inositol catabolism  33.53 
 
 		 262 aa  85.1  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.161007  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1924  Hydroxypyruvate isomerase  23.9 
 
 		 280 aa  85.1  0.000000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000334865  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3048  hypothetical protein  30.65 
 
 		 262 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.127987  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0958  hydroxypyruvate isomerase  27.39 
 
 		 267 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0015  hydroxypyruvate isomerase  28.4 
 
 		 258 aa  84.7  0.000000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1423  hydroxypyruvate isomerase  27.86 
 
 		 260 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0831912  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.58 
 
 		 264 aa  84.3  0.000000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.831007 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2851  hydroxypyruvate isomerase  28.5 
 
 		 270 aa  83.6  0.000000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000102215  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5120  hydroxypyruvate isomerase  27.8 
 
 		 258 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>