278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3863 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  100 
 
 		 260 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4298  hydroxypyruvate isomerase  97.69 
 
 		 260 aa  530  1e-150  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1571  hydroxypyruvate isomerase  97.69 
 
 		 260 aa  528  1e-149  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.148654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3623  hydroxypyruvate isomerase  94.23 
 
 		 260 aa  511  1e-144  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1597  hydroxypyruvate isomerase  86.54 
 
 		 260 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00143749  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2770  hydroxypyruvate isomerase  83.27 
 
 		 265 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0252433  normal  0.732675 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3830  hydroxypyruvate isomerase  81.92 
 
 		 260 aa  450  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45010  putative hydroxypyruvate isomerase  81.92 
 
 		 260 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.224213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2311  hydroxypyruvate isomerase  81.96 
 
 		 256 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279204  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43410  hydroxypyruvate isomerase  77.52 
 
 		 259 aa  395  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1134  hydroxypyruvate isomerase  67.98 
 
 		 259 aa  353  2e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.852559 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4562  hydroxypyruvate isomerase  69.17 
 
 		 259 aa  342  2.9999999999999997e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.427343  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2118  hydroxypyruvate isomerase  65.38 
 
 		 266 aa  342  2.9999999999999997e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0266277 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  63.92 
 
 		 263 aa  339  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  62.75 
 
 		 260 aa  333  2e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3449  xylose isomerase-like TIM barrel  62.65 
 
 		 271 aa  330  2e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  62.16 
 
 		 264 aa  329  3e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3292  hydroxypyruvate isomerase  61.87 
 
 		 260 aa  327  1.0000000000000001e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.202186  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1298  hydroxypyruvate isomerase  60.16 
 
 		 259 aa  326  3e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  62.06 
 
 		 259 aa  325  5e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1816  hydroxypyruvate isomerase  63.08 
 
 		 269 aa  325  6e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1902  hydroxypyruvate isomerase  63.08 
 
 		 269 aa  325  6e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000606406 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1788  hydroxypyruvate isomerase  63.08 
 
 		 269 aa  325  6e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6200  hydroxypyruvate isomerase  63.08 
 
 		 269 aa  324  7e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0219655  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1879  hydroxypyruvate isomerase  63.08 
 
 		 269 aa  324  7e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0860973  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5179  hydroxypyruvate isomerase  63.08 
 
 		 269 aa  324  1e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.265819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1395  hydroxypyruvate isomerase  62.69 
 
 		 269 aa  322  5e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0279437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2368  hydroxypyruvate isomerase  58.69 
 
 		 259 aa  322  5e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1781  hydroxypyruvate isomerase  62.89 
 
 		 269 aa  322  5e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.168778  normal  0.857209 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2461  hydroxypyruvate isomerase  63.28 
 
 		 269 aa  321  7e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.731976  normal  0.599526 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3479  hydroxypyruvate isomerase  61.24 
 
 		 260 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3152  hydroxypyruvate isomerase  61.24 
 
 		 260 aa  318  5e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  57.14 
 
 		 259 aa  316  2e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2172  hydroxypyruvate isomerase  59.61 
 
 		 269 aa  313  9.999999999999999e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.42054  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4309  hydroxypyruvate isomerase  61.81 
 
 		 271 aa  313  1.9999999999999998e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0533507 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5560  hydroxypyruvate isomerase  58.43 
 
 		 261 aa  311  4.999999999999999e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.446227  normal  0.0996892 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3282  hydroxypyruvate isomerase protein  61.26 
 
 		 260 aa  307  1.0000000000000001e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.257483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0565  hydroxypyruvate isomerase  57.98 
 
 		 258 aa  305  6e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.551663  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3378  hydroxypyruvate isomerase  55.25 
 
 		 264 aa  305  6e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.490297  normal  0.0397331 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2425  hydroxypyruvate isomerase  59.61 
 
 		 262 aa  304  7e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2260  hydroxypyruvate isomerase  59.61 
 
 		 262 aa  304  7e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.654587  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2300  hydroxypyruvate isomerase  59.61 
 
 		 262 aa  304  7e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.946761  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0567  hydroxypyruvate isomerase  57.59 
 
 		 258 aa  303  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0572  hydroxypyruvate isomerase  57.59 
 
 		 258 aa  303  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1621  hydroxypyruvate isomerase  61.72 
 
 		 266 aa  301  7.000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.377689  normal  0.533551 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0626  hydroxypyruvate isomerase  57.2 
 
 		 258 aa  300  1e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.396658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0545  hydroxypyruvate isomerase  57.87 
 
 		 258 aa  297  1e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3317  xylose isomerase-like TIM barrel  56.08 
 
 		 257 aa  297  1e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.695295  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3114  hydroxypyruvate isomerase  57.87 
 
 		 258 aa  297  1e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.334824 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0582  hydroxypyruvate isomerase  57.87 
 
 		 258 aa  297  1e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1631  hydroxypyruvate isomerase  54.51 
 
 		 258 aa  297  1e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0609  hydroxypyruvate isomerase  57.87 
 
 		 258 aa  296  2e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1567  hydroxypyruvate isomerase  54.86 
 
 		 258 aa  296  2e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0551  hydroxypyruvate isomerase  57.48 
 
 		 258 aa  296  2e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1158  hydroxypyruvate isomerase  57.03 
 
 		 268 aa  295  4e-79  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.671898  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00458  hydroxypyruvate isomerase  57.48 
 
 		 258 aa  295  5e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.751856  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3104  hydroxypyruvate isomerase  57.48 
 
 		 258 aa  295  5e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00463  hypothetical protein  57.48 
 
 		 258 aa  295  5e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0958  hydroxypyruvate isomerase  56.47 
 
 		 267 aa  293  2e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5120  hydroxypyruvate isomerase  53.7 
 
 		 258 aa  289  4e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2929  hydroxypyruvate isomerase  56.64 
 
 		 263 aa  288  8e-77  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.452433 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3208  hydroxypyruvate isomerase  53.7 
 
 		 258 aa  287  9e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5159  hydroxypyruvate isomerase  53.7 
 
 		 258 aa  287  9e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.324976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4427  hydroxypyruvate isomerase  53.31 
 
 		 262 aa  285  5e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.198005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0474  hydroxypyruvate isomerase  52.92 
 
 		 258 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5077  hydroxypyruvate isomerase  53.31 
 
 		 257 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4554  hydroxypyruvate isomerase  52.92 
 
 		 258 aa  284  8e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  0.368967 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3496  hydroxypyruvate isomerase  53.7 
 
 		 258 aa  283  1.0000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0849997  normal  0.283205 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1839  xylose isomerase-like TIM barrel  53.73 
 
 		 260 aa  282  3.0000000000000004e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0157456  normal  0.118454 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0443  hydroxypyruvate isomerase  53.03 
 
 		 265 aa  280  2e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3413  Hydroxypyruvate isomerase  53.73 
 
 		 262 aa  279  4e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5927  Hydroxypyruvate isomerase  53.7 
 
 		 262 aa  278  4e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1423  hydroxypyruvate isomerase  53.31 
 
 		 260 aa  278  9e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0831912  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2462  hydroxypyruvate isomerase  51.91 
 
 		 266 aa  276  3e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.684146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4459  xylose isomerase-like TIM barrel  54.84 
 
 		 255 aa  275  6e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2169  hydroxypyruvate isomerase  52.14 
 
 		 262 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196604  normal  0.222817 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3736  Hydroxypyruvate isomerase  52.55 
 
 		 262 aa  274  1.0000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2613  hydroxypyruvate isomerase  54.23 
 
 		 267 aa  272  4.0000000000000004e-72  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0652  hypothetical protein  51.92 
 
 		 265 aa  272  5.000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0973  hydroxypyruvate isomerase  51.36 
 
 		 269 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2140  Hydroxypyruvate isomerase  52.17 
 
 		 273 aa  269  4e-71  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4876  hydroxypyruvate isomerase  48.88 
 
 		 273 aa  268  7e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07150  hypothetical protein  51.92 
 
 		 265 aa  268  7e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1924  hydroxypyruvate isomerase  50.97 
 
 		 258 aa  268  7e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0442  hydroxypyruvate isomerase  50.97 
 
 		 258 aa  267  1e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0020  hypothetical protein  51.35 
 
 		 262 aa  266  2e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.138735  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2017  hydroxypyruvate isomerase  50.58 
 
 		 258 aa  266  2e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.45932  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4719  hydroxypyruvate isomerase  53.1 
 
 		 258 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00317481 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0573  hydroxypyruvate isomerase  50.58 
 
 		 258 aa  265  5e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0894  hydroxypyruvate isomerase  50.58 
 
 		 258 aa  265  5e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1861  hydroxypyruvate isomerase  50.58 
 
 		 258 aa  265  5e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0462  hydroxypyruvate isomerase  51.35 
 
 		 261 aa  265  5.999999999999999e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3181  hydroxypyruvate isomerase  50.39 
 
 		 262 aa  265  5.999999999999999e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.365148  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2809  hydroxypyruvate isomerase  47.71 
 
 		 265 aa  264  8.999999999999999e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.356992 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5064  hydroxypyruvate isomerase, putative  50.58 
 
 		 261 aa  264  1e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0147  hydroxypyruvate isomerase, putative  49.03 
 
 		 261 aa  260  1e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.999741  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0132  putative hydroxypyruvate isomerase  49.03 
 
 		 261 aa  260  1e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5142  Hydroxypyruvate isomerase  50.56 
 
 		 272 aa  258  6e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1133  hydroxypyruvate isomerase  48.84 
 
 		 260 aa  258  6e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.926547  normal  0.304342 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0211  hydroxypyruvate isomerase  46.69 
 
 		 258 aa  256  3e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>