More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_3564 on replicon NC_009427
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009427  Saro_3564  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 257 aa  519  1e-146  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0379741  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3113  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.18 
 
 		 256 aa  185  5e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.787534  normal  0.440249 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  38.98 
 
 		 256 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3575  xylose isomerase domain-containing protein  38.49 
 
 		 256 aa  142  7e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  36.14 
 
 		 250 aa  133  3e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5018  hydroxypyruvate isomerase  34.06 
 
 		 258 aa  124  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.189718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3052  xylose isomerase domain-containing protein  30.8 
 
 		 256 aa  117  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0431176 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1301  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.12 
 
 		 256 aa  116  3e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00429624  normal  0.0206952 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1597  hydroxypyruvate isomerase  34.65 
 
 		 260 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00143749  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2311  hydroxypyruvate isomerase  34.21 
 
 		 256 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279204  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1298  hydroxypyruvate isomerase  33.05 
 
 		 259 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2770  hydroxypyruvate isomerase  33.19 
 
 		 265 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0252433  normal  0.732675 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3623  hydroxypyruvate isomerase  33.91 
 
 		 260 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45010  putative hydroxypyruvate isomerase  33.47 
 
 		 260 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.224213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3830  hydroxypyruvate isomerase  33.47 
 
 		 260 aa  112  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1571  hydroxypyruvate isomerase  31.78 
 
 		 260 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.148654  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4298  hydroxypyruvate isomerase  32.46 
 
 		 260 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  32.46 
 
 		 260 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1554  putative isomerase  31.62 
 
 		 254 aa  108  6e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.534878  normal  0.610325 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1918  Hydroxypyruvate isomerase  27.16 
 
 		 260 aa  108  9.000000000000001e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0177301  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  33.04 
 
 		 259 aa  107  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1924  Hydroxypyruvate isomerase  30.24 
 
 		 280 aa  105  5e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000334865  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  30.43 
 
 		 260 aa  105  6e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4202  hydroxypyruvate isomerase  34.74 
 
 		 268 aa  105  6e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.407118 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3479  hydroxypyruvate isomerase  36.31 
 
 		 260 aa  105  9e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1621  hydroxypyruvate isomerase  34.86 
 
 		 266 aa  104  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.377689  normal  0.533551 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4572  hydroxypyruvate isomerase  34.91 
 
 		 258 aa  104  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0168162 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2461  hydroxypyruvate isomerase  35.33 
 
 		 269 aa  104  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.731976  normal  0.599526 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3413  Hydroxypyruvate isomerase  31.47 
 
 		 262 aa  103  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1174  hydroxypyruvate isomerase  30.6 
 
 		 262 aa  103  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.970176  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1781  hydroxypyruvate isomerase  34.73 
 
 		 269 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.168778  normal  0.857209 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2809  hydroxypyruvate isomerase  29.44 
 
 		 265 aa  103  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.356992 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  32.14 
 
 		 263 aa  103  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3152  hydroxypyruvate isomerase  35.12 
 
 		 260 aa  102  4e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1902  hydroxypyruvate isomerase  31.9 
 
 		 269 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000606406 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1567  hydroxypyruvate isomerase  28.38 
 
 		 258 aa  102  6e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0462  hydroxypyruvate isomerase  31.28 
 
 		 261 aa  102  7e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3317  xylose isomerase-like TIM barrel  29.78 
 
 		 257 aa  102  7e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.695295  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1788  hydroxypyruvate isomerase  31.9 
 
 		 269 aa  102  7e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6200  hydroxypyruvate isomerase  31.9 
 
 		 269 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0219655  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1816  hydroxypyruvate isomerase  31.9 
 
 		 269 aa  102  7e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1879  hydroxypyruvate isomerase  31.9 
 
 		 269 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0860973  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2172  hydroxypyruvate isomerase  33.33 
 
 		 269 aa  102  8e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.42054  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5179  hydroxypyruvate isomerase  31.9 
 
 		 269 aa  102  9e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.265819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  29.41 
 
 		 259 aa  101  9e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3736  Hydroxypyruvate isomerase  30.8 
 
 		 262 aa  101  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4719  hydroxypyruvate isomerase  34.8 
 
 		 258 aa  101  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00317481 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3282  hydroxypyruvate isomerase protein  35.12 
 
 		 260 aa  100  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.257483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0551  hydroxypyruvate isomerase  28.27 
 
 		 258 aa  99.8  3e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0020  hypothetical protein  29.74 
 
 		 262 aa  100  3e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.138735  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3449  xylose isomerase-like TIM barrel  32.57 
 
 		 271 aa  100  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3378  hydroxypyruvate isomerase  31.11 
 
 		 264 aa  99.8  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.490297  normal  0.0397331 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2425  hydroxypyruvate isomerase  33.89 
 
 		 262 aa  99.8  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2929  hydroxypyruvate isomerase  32.74 
 
 		 263 aa  99.8  4e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.452433 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2260  hydroxypyruvate isomerase  33.89 
 
 		 262 aa  99.8  4e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.654587  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2300  hydroxypyruvate isomerase  33.89 
 
 		 262 aa  99.8  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.946761  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43410  hydroxypyruvate isomerase  35.26 
 
 		 259 aa  99.8  4e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1134  hydroxypyruvate isomerase  30.9 
 
 		 259 aa  99.4  5e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.852559 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0582  hydroxypyruvate isomerase  27.85 
 
 		 258 aa  99  7e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3114  hydroxypyruvate isomerase  27.85 
 
 		 258 aa  99  7e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.334824 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0545  hydroxypyruvate isomerase  27.85 
 
 		 258 aa  99  7e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00458  hydroxypyruvate isomerase  27.85 
 
 		 258 aa  98.6  8e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.751856  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3104  hydroxypyruvate isomerase  27.85 
 
 		 258 aa  98.6  8e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0572  hydroxypyruvate isomerase  28.07 
 
 		 258 aa  98.6  8e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0567  hydroxypyruvate isomerase  28.07 
 
 		 258 aa  98.6  8e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00463  hypothetical protein  27.85 
 
 		 258 aa  98.6  8e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0609  hydroxypyruvate isomerase  27.85 
 
 		 258 aa  98.6  9e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0958  hydroxypyruvate isomerase  28.45 
 
 		 267 aa  98.6  9e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0565  hydroxypyruvate isomerase  28.07 
 
 		 258 aa  98.2  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.551663  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1395  hydroxypyruvate isomerase  31.47 
 
 		 269 aa  98.2  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0279437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4459  xylose isomerase-like TIM barrel  33.47 
 
 		 255 aa  98.2  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3292  hydroxypyruvate isomerase  32 
 
 		 260 aa  97.4  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.202186  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0652  hypothetical protein  31.88 
 
 		 265 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5064  hydroxypyruvate isomerase, putative  29.61 
 
 		 261 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2140  Hydroxypyruvate isomerase  33.78 
 
 		 273 aa  96.7  4e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5927  Hydroxypyruvate isomerase  29.02 
 
 		 262 aa  95.9  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2546  Hydroxypyruvate isomerase  33.49 
 
 		 265 aa  95.9  5e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0308483  normal  0.0587902 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0626  hydroxypyruvate isomerase  27.63 
 
 		 258 aa  95.9  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.396658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3195  hydroxypyruvate isomerase  34.05 
 
 		 263 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.568718  normal  0.0120723 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3496  hydroxypyruvate isomerase  29.33 
 
 		 258 aa  95.5  7e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0849997  normal  0.283205 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0891  Hydroxypyruvate isomerase  38.66 
 
 		 156 aa  95.5  7e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.155506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4554  hydroxypyruvate isomerase  27.2 
 
 		 258 aa  95.1  8e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  0.368967 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4012  xylose isomerase domain-containing protein  29.67 
 
 		 260 aa  95.1  9e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.167546  normal  0.990546 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2462  hydroxypyruvate isomerase  29.52 
 
 		 266 aa  95.1  9e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.684146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1133  hydroxypyruvate isomerase  31.44 
 
 		 260 aa  95.1  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.926547  normal  0.304342 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5560  hydroxypyruvate isomerase  30.53 
 
 		 261 aa  94.7  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.446227  normal  0.0996892 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3048  hypothetical protein  29.22 
 
 		 262 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.127987  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2552  hydroxypyruvate isomerase  26.95 
 
 		 258 aa  94.4  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0908348  hitchhiker  0.00501624 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2842  Hydroxypyruvate isomerase  34.87 
 
 		 271 aa  94  2e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0814661  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04753  hydroxypyruvate isomerase  29.41 
 
 		 258 aa  94  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  32.43 
 
 		 264 aa  93.6  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0474  hydroxypyruvate isomerase  28.03 
 
 		 258 aa  93.6  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07150  hypothetical protein  31 
 
 		 265 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2368  hydroxypyruvate isomerase  29.14 
 
 		 259 aa  93.2  4e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5120  hydroxypyruvate isomerase  27.62 
 
 		 258 aa  92.8  5e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5077  hydroxypyruvate isomerase  27.2 
 
 		 257 aa  92.8  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2169  hydroxypyruvate isomerase  28.57 
 
 		 262 aa  92.4  7e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196604  normal  0.222817 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1839  xylose isomerase-like TIM barrel  28.51 
 
 		 260 aa  92  9e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0157456  normal  0.118454 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2613  hydroxypyruvate isomerase  30.7 
 
 		 267 aa  91.7  9e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4427  hydroxypyruvate isomerase  27.54 
 
 		 262 aa  92  9e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.198005  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>