246 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0115 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0115  Hydroxypyruvate isomerase  100 
 
 		 260 aa  535  1e-151  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0109  Hydroxypyruvate isomerase  96.54 
 
 		 260 aa  521  1e-147  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1489  hydroxypyruvate isomerase  68.99 
 
 		 258 aa  385  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0015  hydroxypyruvate isomerase  64.2 
 
 		 258 aa  356  1.9999999999999998e-97  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0973  hypothetical protein  63.04 
 
 		 258 aa  343  2e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.898115  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02589  hypothetical protein  63.04 
 
 		 258 aa  343  2e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3135  hypothetical protein  63.04 
 
 		 258 aa  343  2e-93  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2877  hypothetical protein  63.04 
 
 		 258 aa  343  2e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02554  hypothetical protein  63.04 
 
 		 258 aa  343  2e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0949  Hydroxypyruvate isomerase  62.65 
 
 		 258 aa  341  5.999999999999999e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3036  hypothetical protein  62.65 
 
 		 258 aa  340  2e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3036  hypothetical protein  62.65 
 
 		 258 aa  331  6e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3065  hypothetical protein  62.65 
 
 		 258 aa  330  2e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765519  normal  0.510591 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3120  hypothetical protein  61.87 
 
 		 258 aa  330  2e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0148759 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3104  hypothetical protein  61.87 
 
 		 258 aa  330  2e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0147  hydroxypyruvate isomerase, putative  54.47 
 
 		 261 aa  309  4e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.999741  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0132  putative hydroxypyruvate isomerase  54.47 
 
 		 261 aa  309  4e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2552  hydroxypyruvate isomerase  55.43 
 
 		 258 aa  303  2.0000000000000002e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0908348  hitchhiker  0.00501624 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0211  hydroxypyruvate isomerase  54.26 
 
 		 258 aa  296  3e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04753  hydroxypyruvate isomerase  54.26 
 
 		 258 aa  296  3e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1567  hydroxypyruvate isomerase  49.61 
 
 		 258 aa  278  6e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1631  hydroxypyruvate isomerase  50.2 
 
 		 258 aa  277  1e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2462  hydroxypyruvate isomerase  51.13 
 
 		 266 aa  270  2e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.684146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0474  hydroxypyruvate isomerase  48.84 
 
 		 258 aa  263  2e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0443  hydroxypyruvate isomerase  48.3 
 
 		 265 aa  261  6e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3830  hydroxypyruvate isomerase  47.84 
 
 		 260 aa  261  6e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3378  hydroxypyruvate isomerase  47.69 
 
 		 264 aa  261  6.999999999999999e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.490297  normal  0.0397331 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4554  hydroxypyruvate isomerase  48.45 
 
 		 258 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  0.368967 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1839  xylose isomerase-like TIM barrel  48.46 
 
 		 260 aa  261  8e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0157456  normal  0.118454 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2809  hydroxypyruvate isomerase  48.68 
 
 		 265 aa  261  1e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.356992 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5120  hydroxypyruvate isomerase  48.84 
 
 		 258 aa  260  1e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3208  hydroxypyruvate isomerase  48.84 
 
 		 258 aa  259  3e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5159  hydroxypyruvate isomerase  48.84 
 
 		 258 aa  259  3e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.324976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5077  hydroxypyruvate isomerase  48.45 
 
 		 257 aa  259  4e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3181  hydroxypyruvate isomerase  45.17 
 
 		 262 aa  258  5.0000000000000005e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.365148  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45010  putative hydroxypyruvate isomerase  47.06 
 
 		 260 aa  258  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.224213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4876  hydroxypyruvate isomerase  49.25 
 
 		 273 aa  258  6e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2770  hydroxypyruvate isomerase  46.85 
 
 		 265 aa  258  9e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0252433  normal  0.732675 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1571  hydroxypyruvate isomerase  48.24 
 
 		 260 aa  257  1e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.148654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4427  hydroxypyruvate isomerase  47.1 
 
 		 262 aa  256  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.198005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  48.63 
 
 		 260 aa  256  3e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4298  hydroxypyruvate isomerase  48.63 
 
 		 260 aa  255  4e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3317  xylose isomerase-like TIM barrel  50.59 
 
 		 257 aa  255  5e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.695295  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3496  hydroxypyruvate isomerase  48.06 
 
 		 258 aa  255  6e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0849997  normal  0.283205 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  47.66 
 
 		 259 aa  253  1.0000000000000001e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2311  hydroxypyruvate isomerase  48.24 
 
 		 256 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1597  hydroxypyruvate isomerase  46.67 
 
 		 260 aa  251  6e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00143749  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0020  hypothetical protein  48.06 
 
 		 262 aa  249  3e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.138735  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3623  hydroxypyruvate isomerase  46.67 
 
 		 260 aa  247  1e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3533  hydroxypyruvate isomerase  47.84 
 
 		 258 aa  248  1e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.238199  normal  0.267377 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3413  Hydroxypyruvate isomerase  46.69 
 
 		 262 aa  247  1e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5560  hydroxypyruvate isomerase  46.27 
 
 		 261 aa  246  3e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.446227  normal  0.0996892 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1423  hydroxypyruvate isomerase  48.85 
 
 		 260 aa  244  9e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0831912  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  44.71 
 
 		 260 aa  244  9e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1134  hydroxypyruvate isomerase  46.25 
 
 		 259 aa  244  9.999999999999999e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.852559 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5142  Hydroxypyruvate isomerase  46.62 
 
 		 272 aa  243  1.9999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3736  Hydroxypyruvate isomerase  45.53 
 
 		 262 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0973  hydroxypyruvate isomerase  45.21 
 
 		 269 aa  242  5e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0442  hydroxypyruvate isomerase  45.56 
 
 		 258 aa  240  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1924  hydroxypyruvate isomerase  45.56 
 
 		 258 aa  241  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2017  hydroxypyruvate isomerase  45.56 
 
 		 258 aa  240  2e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.45932  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  45.1 
 
 		 264 aa  240  2e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0652  hypothetical protein  45.74 
 
 		 265 aa  239  4e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07150  hypothetical protein  46.12 
 
 		 265 aa  239  5e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2929  hydroxypyruvate isomerase  46.56 
 
 		 263 aa  238  8e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.452433 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  44.31 
 
 		 263 aa  238  9e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0573  hydroxypyruvate isomerase  45.17 
 
 		 258 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0894  hydroxypyruvate isomerase  45.17 
 
 		 258 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1861  hydroxypyruvate isomerase  45.17 
 
 		 258 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1953  Hydroxypyruvate isomerase  48.64 
 
 		 259 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.346217  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  45.85 
 
 		 259 aa  236  3e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5927  Hydroxypyruvate isomerase  44.4 
 
 		 262 aa  236  3e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3611  hydroxypyruvate isomerase  48.64 
 
 		 260 aa  235  4e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.233278  normal  0.528482 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1855  hydroxypyruvate isomerase  48.25 
 
 		 260 aa  235  7e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1815  hydroxypyruvate isomerase  44.94 
 
 		 275 aa  234  8e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0352764  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1913  Hydroxypyruvate isomerase  44.94 
 
 		 275 aa  234  8e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2625  hydroxypyruvate isomerase  44.4 
 
 		 260 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.90554  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1395  hydroxypyruvate isomerase  45.1 
 
 		 269 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0279437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2118  hydroxypyruvate isomerase  44.88 
 
 		 266 aa  233  3e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0266277 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1902  hydroxypyruvate isomerase  44.71 
 
 		 269 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000606406 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2169  hydroxypyruvate isomerase  43.24 
 
 		 262 aa  232  5e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196604  normal  0.222817 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1816  hydroxypyruvate isomerase  44.71 
 
 		 269 aa  232  5e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1788  hydroxypyruvate isomerase  44.71 
 
 		 269 aa  232  5e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5179  hydroxypyruvate isomerase  44.71 
 
 		 269 aa  231  6e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.265819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6200  hydroxypyruvate isomerase  44.71 
 
 		 269 aa  232  6e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0219655  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1879  hydroxypyruvate isomerase  44.71 
 
 		 269 aa  232  6e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0860973  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1298  hydroxypyruvate isomerase  43.14 
 
 		 259 aa  231  1e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43410  hydroxypyruvate isomerase  46.46 
 
 		 259 aa  229  3e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4320  hydroxypyruvate isomerase  44.62 
 
 		 258 aa  229  3e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.166388  normal  0.0980927 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2172  hydroxypyruvate isomerase  43.53 
 
 		 269 aa  228  8e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.42054  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4562  hydroxypyruvate isomerase  46.25 
 
 		 259 aa  227  1e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.427343  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2898  putative sugar isomerase (interconverting aldoses and ketoses)  45.34 
 
 		 250 aa  227  1e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.0851666 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2268  Hydroxypyruvate isomerase  43.13 
 
 		 281 aa  226  3e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.822354 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1133  hydroxypyruvate isomerase  43.19 
 
 		 260 aa  226  4e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.926547  normal  0.304342 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1781  hydroxypyruvate isomerase  45.1 
 
 		 269 aa  224  1e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.168778  normal  0.857209 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4309  hydroxypyruvate isomerase  43.31 
 
 		 271 aa  223  3e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0533507 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1026  hydroxypyruvate isomerase  44.79 
 
 		 267 aa  222  4e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.43264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2461  hydroxypyruvate isomerase  45.1 
 
 		 269 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.731976  normal  0.599526 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2368  hydroxypyruvate isomerase  41.63 
 
 		 259 aa  221  8e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2086  hydroxypyruvate isomerase  43.68 
 
 		 269 aa  219  3e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>