More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4299 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 275 aa  570  1e-161  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  50.36 
 
 		 289 aa  308  9e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  46.24 
 
 		 279 aa  263  2e-69  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.86 
 
 		 283 aa  219  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  38.99 
 
 		 283 aa  216  2.9999999999999998e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1263  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.16 
 
 		 297 aa  194  1e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3174  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.04 
 
 		 283 aa  178  1e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.73 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.32 
 
 		 285 aa  157  3e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4538  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.17 
 
 		 281 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.535239 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.67 
 
 		 283 aa  141  9.999999999999999e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4045  xylose isomerase domain-containing protein  29.68 
 
 		 283 aa  136  3.0000000000000003e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3635  xylose isomerase domain-containing protein  33.86 
 
 		 282 aa  135  9e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.68 
 
 		 282 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  32.46 
 
 		 295 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12330  sugar phosphate isomerase/epimerase  30.85 
 
 		 288 aa  132  5e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.205248  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  33.96 
 
 		 293 aa  132  5e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  31.72 
 
 		 295 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.35 
 
 		 288 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  30.94 
 
 		 268 aa  127  2.0000000000000002e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0533  xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.63 
 
 		 282 aa  125  5e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.605213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.03 
 
 		 293 aa  125  6e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  27.9 
 
 		 290 aa  125  7e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  27.96 
 
 		 289 aa  123  4e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.81 
 
 		 290 aa  122  5e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5314  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.98 
 
 		 282 aa  119  7e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  29.12 
 
 		 297 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4619  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.25 
 
 		 282 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154569  normal  0.87312 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  26.95 
 
 		 295 aa  110  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.06 
 
 		 262 aa  107  2e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.17 
 
 		 292 aa  106  3e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.27 
 
 		 264 aa  103  4e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  28 
 
 		 270 aa  103  4e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5867  xylose isomerase domain-containing protein  29.05 
 
 		 295 aa  101  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.102013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0259  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.32 
 
 		 294 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3261  hypothetical protein  27.15 
 
 		 282 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.879119  normal  0.639309 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.47 
 
 		 295 aa  94.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.263775  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0288  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.32 
 
 		 294 aa  92  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  36.52 
 
 		 278 aa  86.7  4e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4185  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.72 
 
 		 273 aa  80.5  0.00000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1969  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.45 
 
 		 270 aa  78.2  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1174  hydroxypyruvate isomerase  25.89 
 
 		 262 aa  77  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.970176  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01291  predicted enzyme  23.97 
 
 		 262 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.97 
 
 		 262 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.297697  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1429  AP endonuclease  23.97 
 
 		 262 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01302  hypothetical protein  23.97 
 
 		 262 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1808  AP endonuclease  23.97 
 
 		 262 aa  76.3  0.0000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1251  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.81 
 
 		 274 aa  75.9  0.0000000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.725023  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  29.78 
 
 		 250 aa  75.1  0.000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1528  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.87 
 
 		 264 aa  75.1  0.000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2311  xylose isomerase domain-containing protein  23.97 
 
 		 262 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1959  AP endonuclease, family 2  23.97 
 
 		 262 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0839995  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2978  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.71 
 
 		 335 aa  73.9  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.856422 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1524  AP endonuclease  24.81 
 
 		 262 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3141  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.71 
 
 		 335 aa  73.9  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4012  xylose isomerase domain-containing protein  27.81 
 
 		 260 aa  73.9  0.000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.167546  normal  0.990546 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3449  xylose isomerase-like TIM barrel  27.27 
 
 		 271 aa  73.6  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2929  hydroxypyruvate isomerase  28.81 
 
 		 263 aa  71.6  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.452433 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  32.26 
 
 		 259 aa  71.2  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6411  Hydroxypyruvate isomerase  36.52 
 
 		 262 aa  72  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04753  hydroxypyruvate isomerase  25.45 
 
 		 258 aa  71.6  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3575  xylose isomerase domain-containing protein  26.8 
 
 		 256 aa  71.2  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.93 
 
 		 282 aa  70.1  0.00000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1134  hydroxypyruvate isomerase  24.69 
 
 		 259 aa  69.7  0.00000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.852559 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3292  hydroxypyruvate isomerase  26.06 
 
 		 260 aa  69.7  0.00000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.202186  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  25.58 
 
 		 260 aa  69.3  0.00000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0551  hydroxypyruvate isomerase  23.08 
 
 		 258 aa  68.9  0.00000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3052  xylose isomerase domain-containing protein  27.15 
 
 		 256 aa  68.9  0.00000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0431176 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3195  hydroxypyruvate isomerase  23.98 
 
 		 263 aa  68.9  0.00000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.568718  normal  0.0120723 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00458  hydroxypyruvate isomerase  22.31 
 
 		 258 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.751856  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3104  hydroxypyruvate isomerase  22.31 
 
 		 258 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3114  hydroxypyruvate isomerase  22.31 
 
 		 258 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.334824 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00463  hypothetical protein  22.31 
 
 		 258 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0545  hydroxypyruvate isomerase  22.31 
 
 		 258 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0582  hydroxypyruvate isomerase  22.31 
 
 		 258 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2160  xylose isomerase domain-containing protein  24.69 
 
 		 262 aa  67.8  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.26775 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0609  hydroxypyruvate isomerase  29.03 
 
 		 258 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3564  xylose isomerase domain-containing protein  26 
 
 		 257 aa  67  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0379741  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2206  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.22 
 
 		 260 aa  66.6  0.0000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313924  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2604  xylose isomerase domain-containing protein  27.13 
 
 		 271 aa  66.6  0.0000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0057  xylose isomerase domain-containing protein  28.15 
 
 		 268 aa  65.9  0.0000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  23.01 
 
 		 259 aa  65.5  0.0000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5018  hydroxypyruvate isomerase  23.11 
 
 		 258 aa  65.5  0.0000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.189718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0572  hydroxypyruvate isomerase  28.57 
 
 		 258 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0565  hydroxypyruvate isomerase  25 
 
 		 258 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.551663  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0626  hydroxypyruvate isomerase  28.57 
 
 		 258 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.396658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0649  xylose isomerase domain-containing protein  22.45 
 
 		 304 aa  65.5  0.000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.0000488201  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5064  hydroxypyruvate isomerase, putative  24.47 
 
 		 261 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0567  hydroxypyruvate isomerase  28.57 
 
 		 258 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0462  hydroxypyruvate isomerase  24.89 
 
 		 261 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1301  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.6 
 
 		 256 aa  63.9  0.000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00429624  normal  0.0206952 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4852  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.57 
 
 		 264 aa  63.5  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.859546  normal  0.0990251 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4554  hydroxypyruvate isomerase  27.61 
 
 		 258 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  0.368967 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5077  hydroxypyruvate isomerase  29.88 
 
 		 257 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4194  xylose isomerase-like TIM barrel  22.8 
 
 		 334 aa  63.5  0.000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00304718 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0529  xylose isomerase-like TIM barrel  27.27 
 
 		 281 aa  63.2  0.000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0189964  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0147  hydroxypyruvate isomerase, putative  28.31 
 
 		 261 aa  63.2  0.000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.999741  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2118  hydroxypyruvate isomerase  33 
 
 		 266 aa  63.2  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0266277 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0132  putative hydroxypyruvate isomerase  28.31 
 
 		 261 aa  63.2  0.000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2765  hydroxypyruvate isomerase  29.29 
 
 		 255 aa  62.8  0.000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>