118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_0529 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_0529  xylose isomerase-like TIM barrel  100 
 
 		 281 aa  566  1e-160  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0189964  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4185  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  47.58 
 
 		 273 aa  259  3e-68  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2966  oxidoreductase domain protein  29.55 
 
 		 699 aa  72.4  0.000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2874  oxidoreductase domain protein  29.55 
 
 		 699 aa  70.5  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  27.73 
 
 		 283 aa  67  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3944  AP endonuclease  26.95 
 
 		 285 aa  65.9  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0718494  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3842  fructoselysine 3-epimerase  22.82 
 
 		 276 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4684  fructoselysine 3-epimerase  22.82 
 
 		 275 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0433  xylose isomerase domain-containing protein  23.66 
 
 		 279 aa  63.5  0.000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.27 
 
 		 275 aa  63.2  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3568  fructoselysine 3-epimerase  22.41 
 
 		 276 aa  63.2  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.76 
 
 		 286 aa  62.8  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0394614 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0340  fructoselysine 3-epimerase  22.41 
 
 		 276 aa  62.8  0.000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.452792 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03223  predicted isomerase  22.41 
 
 		 276 aa  62.8  0.000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.41 
 
 		 276 aa  62.8  0.000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03175  hypothetical protein  22.41 
 
 		 276 aa  62.8  0.000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1508  xylose isomerase-like TIM barrel  33.33 
 
 		 295 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.291962  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6321  xylose isomerase domain-containing protein  33.33 
 
 		 295 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  24.24 
 
 		 268 aa  61.6  0.00000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3750  fructoselysine 3-epimerase  22.41 
 
 		 276 aa  62  0.00000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238004  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6979  xylose isomerase domain-containing protein  29.35 
 
 		 295 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.363123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3700  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.79 
 
 		 299 aa  61.2  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.35 
 
 		 283 aa  60.1  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2206  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30 
 
 		 260 aa  60.1  0.00000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313924  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.97 
 
 		 282 aa  58.9  0.00000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.18 
 
 		 285 aa  58.5  0.0000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.66 
 
 		 264 aa  58.2  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.69 
 
 		 289 aa  57.4  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28710  sugar phosphate isomerase/epimerase  25.2 
 
 		 307 aa  57  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0885144  normal  0.0589318 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.26 
 
 		 282 aa  56.2  0.0000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29590  sugar phosphate isomerase/epimerase  33.06 
 
 		 739 aa  56.2  0.0000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  33.33 
 
 		 278 aa  55.5  0.0000009  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  26.69 
 
 		 289 aa  54.3  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.84 
 
 		 293 aa  54.7  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0440  xylose isomerase-like TIM barrel  24.89 
 
 		 323 aa  53.5  0.000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292372  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2151  xylose isomerase-like TIM barrel  26.8 
 
 		 257 aa  53.9  0.000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00601378  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2228  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.08 
 
 		 287 aa  53.9  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498591  normal  0.437814 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  31.82 
 
 		 272 aa  52  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1020  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.72 
 
 		 275 aa  52  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1980  xylose isomerase domain-containing protein  25.84 
 
 		 274 aa  50.4  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1099  xylose isomerase domain-containing protein  30.4 
 
 		 293 aa  50.4  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1924  Hydroxypyruvate isomerase  26.54 
 
 		 280 aa  50.4  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000334865  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5464  xylose isomerase domain-containing protein  27.66 
 
 		 279 aa  49.7  0.00006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.448037  normal  0.953141 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  26.04 
 
 		 256 aa  48.9  0.00008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.436698  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0115  xylose isomerase domain-containing protein  26.76 
 
 		 286 aa  49.3  0.00008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.99603  normal  0.236776 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1642  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.79 
 
 		 310 aa  48.9  0.00009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.331171  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2365  hydroxypyruvate isomerase  28.37 
 
 		 266 aa  48.9  0.00009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.94 
 
 		 264 aa  48.5  0.0001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.875943  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.78 
 
 		 292 aa  48.5  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2554  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.49 
 
 		 635 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00914053 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0008  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.61 
 
 		 322 aa  47.8  0.0002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  22.05 
 
 		 270 aa  48.1  0.0002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3161  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.49 
 
 		 635 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00560  sugar phosphate isomerase/epimerase  25.71 
 
 		 309 aa  47.8  0.0002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00706398  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17470  sugar phosphate isomerase/epimerase  24.81 
 
 		 325 aa  47.8  0.0002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.105049  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.64 
 
 		 262 aa  48.1  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6113  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.84 
 
 		 623 aa  47.4  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.471766 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1849  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.03 
 
 		 322 aa  47  0.0004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1981  xylose isomerase domain-containing protein  30.4 
 
 		 287 aa  47  0.0004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4428  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.38 
 
 		 633 aa  46.6  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0649  xylose isomerase domain-containing protein  26.71 
 
 		 304 aa  46.2  0.0005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.0000488201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1496  xylose isomerase domain-containing protein  23.9 
 
 		 279 aa  46.6  0.0005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00334669  normal  0.969169 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0292  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.37 
 
 		 615 aa  46.2  0.0006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  24.56 
 
 		 635 aa  46.2  0.0006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1971  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.63 
 
 		 265 aa  46.2  0.0006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4186  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.17 
 
 		 300 aa  46.2  0.0006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3362  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.1 
 
 		 635 aa  45.8  0.0008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.283519  normal  0.789434 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4227  xylose isomerase domain-containing protein  37.66 
 
 		 313 aa  45.8  0.0009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.220336  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2225  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.9 
 
 		 635 aa  45.8  0.0009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44574  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1546  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.82 
 
 		 322 aa  45.4  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.904982  normal  0.2091 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5294  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.97 
 
 		 265 aa  45.4  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111966  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0182  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.78 
 
 		 321 aa  44.3  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000874694 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3491  xylose isomerase domain-containing protein  25.84 
 
 		 263 aa  44.3  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3410  xylose isomerase domain-containing protein  33.8 
 
 		 272 aa  44.3  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.498178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4043  hypothetical protein  27.43 
 
 		 284 aa  44.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.587749  normal  0.406435 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1902  xylose isomerase domain-containing protein  26.43 
 
 		 299 aa  44.7  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3101  xylose isomerase domain-containing protein  28.03 
 
 		 324 aa  44.3  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0606  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.56 
 
 		 624 aa  44.7  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0633938 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4755  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.29 
 
 		 637 aa  44.7  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.304127  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4852  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.62 
 
 		 264 aa  44.3  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.859546  normal  0.0990251 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19810  hydroxypyruvate isomerase protein  31.25 
 
 		 262 aa  44.7  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.42 
 
 		 276 aa  44.7  0.002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4905  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.79 
 
 		 633 aa  43.9  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4869  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.39 
 
 		 310 aa  43.9  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2851  hydroxypyruvate isomerase  29 
 
 		 270 aa  43.5  0.003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000102215  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0782  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.38 
 
 		 630 aa  43.9  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.817905  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3326  xylose isomerase domain-containing protein  29.5 
 
 		 284 aa  43.9  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0057  xylose isomerase domain-containing protein  23.49 
 
 		 268 aa  43.9  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1603  xylose isomerase  25.58 
 
 		 385 aa  43.5  0.004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2826  xylose isomerase-like TIM barrel  27.98 
 
 		 338 aa  43.5  0.004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.112108  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5002  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.33 
 
 		 312 aa  43.5  0.004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0821356  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  28.57 
 
 		 293 aa  43.5  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1512  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.94 
 
 		 263 aa  43.5  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2704  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.94 
 
 		 263 aa  43.5  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000134824 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2256  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.19 
 
 		 321 aa  43.5  0.004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.480899 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4204  xylose isomerase domain-containing protein  25.79 
 
 		 629 aa  43.1  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4090  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.98 
 
 		 645 aa  43.1  0.005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00816269 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0973  hypothetical protein  26.42 
 
 		 257 aa  42.7  0.006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0883  xylose isomerase domain-containing protein  23.73 
 
 		 334 aa  43.1  0.006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.106547  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0452  xylose isomerase domain-containing protein  29.41 
 
 		 271 aa  43.1  0.006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00563474 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>