57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_2704 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1512  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 263 aa  549  1e-155  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2704  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 263 aa  549  1e-155  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000134824 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0975  xylose isomerase domain-containing protein  74.14 
 
 		 269 aa  420  1e-116  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000320481  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3029  xylose isomerase-like TIM barrel  73.21 
 
 		 265 aa  419  1e-116  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.599496  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0516  hypothetical protein  73.38 
 
 		 263 aa  413  1e-114  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0218037  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2906  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  64.62 
 
 		 291 aa  369  1e-101  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3351  xylose isomerase domain-containing protein  28.4 
 
 		 278 aa  84.7  0.000000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3200  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.4 
 
 		 287 aa  83.2  0.000000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.278083  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00570  sugar phosphate isomerase/epimerase  27.92 
 
 		 294 aa  83.2  0.000000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.170304 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0185  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.98 
 
 		 284 aa  79.3  0.00000000000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18060  sugar phosphate isomerase/epimerase  27.12 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4464  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.55 
 
 		 294 aa  73.6  0.000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3410  xylose isomerase domain-containing protein  26.12 
 
 		 272 aa  73.2  0.000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.498178  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17470  sugar phosphate isomerase/epimerase  26.49 
 
 		 325 aa  72.4  0.000000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.105049  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2709  hypothetical protein  25.37 
 
 		 305 aa  72  0.000000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.320407  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1001  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.64 
 
 		 295 aa  70.9  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0473  xylose isomerase-like  26.91 
 
 		 308 aa  70.9  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.715311 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4928  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 268 aa  70.1  0.00000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5002  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.94 
 
 		 312 aa  69.3  0.00000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0821356  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24530  sugar phosphate isomerase/epimerase  27.34 
 
 		 261 aa  68.9  0.00000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.482145  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0679  xylose isomerase domain-containing protein  25.6 
 
 		 281 aa  68.2  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.419765 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0659  xylose isomerase domain-containing protein  25.6 
 
 		 281 aa  68.2  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.748247 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0666  xylose isomerase-like TIM barrel  25.6 
 
 		 281 aa  68.2  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0476  xylose isomerase domain-containing protein  26.32 
 
 		 262 aa  67.4  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0658  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.47 
 
 		 280 aa  67.8  0.0000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0835  xylose isomerase domain-containing protein  25.89 
 
 		 281 aa  66.6  0.0000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.279878  normal  0.572466 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02720  sugar phosphate isomerase/epimerase  25.09 
 
 		 266 aa  66.2  0.0000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9139  Sugar phosphate isomerase/epimerase-like protein  25.64 
 
 		 270 aa  66.2  0.0000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8356  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.67 
 
 		 305 aa  65.9  0.0000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0077  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 		 281 aa  64.3  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6143  xylose isomerase domain-containing protein  26.81 
 
 		 288 aa  63.9  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.536999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10507  hypothetical protein  25.09 
 
 		 280 aa  61.6  0.00000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0480257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0407  xylose isomerase domain-containing protein  25.91 
 
 		 295 aa  61.2  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00296839 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3010  xylose isomerase-like TIM barrel  25 
 
 		 281 aa  58.5  0.00000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6746  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.44 
 
 		 272 aa  57  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.249045  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0340  xylose isomerase domain-containing protein  24.34 
 
 		 302 aa  56.6  0.0000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0249  xylose isomerase domain-containing protein  24.59 
 
 		 265 aa  55.8  0.0000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.273491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1978  xylose isomerase domain-containing protein  27.24 
 
 		 274 aa  53.1  0.000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3913  xylose isomerase domain-containing protein  21.99 
 
 		 617 aa  52.4  0.000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.974395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1892  xylose isomerase domain-containing protein  23.14 
 
 		 275 aa  51.6  0.00001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.230832 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4428  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  22.52 
 
 		 633 aa  48.5  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1777  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.49 
 
 		 262 aa  48.1  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1257  xylose isomerase domain-containing protein  25.5 
 
 		 264 aa  47.4  0.0002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.666664  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5758  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  23.9 
 
 		 263 aa  47  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.625631  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5952  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.55 
 
 		 631 aa  46.2  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0955687  decreased coverage  0.00791612 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4204  xylose isomerase domain-containing protein  23.26 
 
 		 629 aa  45.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.86 
 
 		 285 aa  44.7  0.002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.4 
 
 		 258 aa  44.7  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0531  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 258 aa  43.9  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0529  xylose isomerase-like TIM barrel  25.94 
 
 		 281 aa  43.5  0.003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0189964  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.49 
 
 		 276 aa  43.9  0.003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3195  hydroxypyruvate isomerase  26.36 
 
 		 263 aa  43.5  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.568718  normal  0.0120723 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5464  xylose isomerase domain-containing protein  31.65 
 
 		 279 aa  43.5  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.448037  normal  0.953141 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2598  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.04 
 
 		 316 aa  43.1  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  21.48 
 
 		 278 aa  43.1  0.005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4163  xylose isomerase domain-containing protein  22.08 
 
 		 257 aa  42.7  0.006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.44 
 
 		 264 aa  42  0.01  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.875943  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>