165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2228 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_2228  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 287 aa  601  1.0000000000000001e-171  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498591  normal  0.437814 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.76 
 
 		 303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1902  xylose isomerase domain-containing protein  39.58 
 
 		 299 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1112  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.02 
 
 		 259 aa  142  7e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2206  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.69 
 
 		 260 aa  130  3e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313924  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2201  xylose isomerase domain-containing protein  30.68 
 
 		 258 aa  130  3e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.586932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2682  xylose isomerase domain-containing protein  30.04 
 
 		 258 aa  116  3.9999999999999997e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29590  sugar phosphate isomerase/epimerase  29.83 
 
 		 739 aa  92.4  8e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.44 
 
 		 264 aa  74.7  0.000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  31.28 
 
 		 268 aa  72.8  0.000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.48 
 
 		 290 aa  68.2  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.67 
 
 		 262 aa  66.2  0.0000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  39.8 
 
 		 270 aa  65.1  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  36.07 
 
 		 295 aa  63.9  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  36.07 
 
 		 295 aa  63.9  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3575  xylose isomerase domain-containing protein  30.54 
 
 		 256 aa  63.9  0.000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  31.03 
 
 		 278 aa  62.8  0.000000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1924  Hydroxypyruvate isomerase  35.96 
 
 		 280 aa  62  0.00000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000334865  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.9 
 
 		 289 aa  62  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3631  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.97 
 
 		 275 aa  60.8  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.9121  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  34.72 
 
 		 293 aa  60.1  0.00000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1528  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.75 
 
 		 264 aa  59.3  0.00000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4538  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.27 
 
 		 281 aa  59.3  0.00000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.535239 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3113  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.29 
 
 		 256 aa  58.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.787534  normal  0.440249 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  29.24 
 
 		 250 aa  58.5  0.0000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4572  hydroxypyruvate isomerase  36.11 
 
 		 258 aa  57.8  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0168162 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2613  hydroxypyruvate isomerase  29.85 
 
 		 267 aa  57.4  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3195  hydroxypyruvate isomerase  26.97 
 
 		 263 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.568718  normal  0.0120723 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.97 
 
 		 283 aa  56.6  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.97 
 
 		 292 aa  57  0.0000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.02 
 
 		 282 aa  56.6  0.0000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  29.31 
 
 		 289 aa  56.2  0.0000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4185  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.16 
 
 		 273 aa  55.8  0.0000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4202  hydroxypyruvate isomerase  34.26 
 
 		 268 aa  55.1  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.407118 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  28.68 
 
 		 260 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0529  xylose isomerase-like TIM barrel  28.08 
 
 		 281 aa  54.3  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0189964  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0839  xylose isomerase domain-containing protein  29.28 
 
 		 319 aa  54.3  0.000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.276132  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  25.49 
 
 		 256 aa  54.7  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  26.25 
 
 		 290 aa  54.3  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0443  hydroxypyruvate isomerase  29.2 
 
 		 265 aa  53.9  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4719  hydroxypyruvate isomerase  33.64 
 
 		 258 aa  53.5  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00317481 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  27.82 
 
 		 264 aa  53.9  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1477  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.04 
 
 		 273 aa  53.1  0.000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2160  xylose isomerase domain-containing protein  30.65 
 
 		 262 aa  53.1  0.000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.26775 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  30.15 
 
 		 259 aa  53.1  0.000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1033  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.09 
 
 		 285 aa  52.8  0.000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0514922 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2758  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.04 
 
 		 258 aa  52.4  0.000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2169  hydroxypyruvate isomerase  35.51 
 
 		 262 aa  52.4  0.000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196604  normal  0.222817 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2604  xylose isomerase domain-containing protein  32.17 
 
 		 271 aa  52.4  0.000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1251  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.16 
 
 		 274 aa  52.4  0.000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.725023  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  28.32 
 
 		 283 aa  52.4  0.000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.43 
 
 		 285 aa  52  0.00001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1298  hydroxypyruvate isomerase  27.52 
 
 		 259 aa  52  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4309  hydroxypyruvate isomerase  29.85 
 
 		 271 aa  52  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0533507 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1136  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.69 
 
 		 312 aa  52  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3048  hypothetical protein  31.34 
 
 		 262 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.127987  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4012  xylose isomerase domain-containing protein  30.48 
 
 		 260 aa  50.4  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.167546  normal  0.990546 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5294  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.39 
 
 		 265 aa  50.4  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111966  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  28.7 
 
 		 297 aa  50.8  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  27.44 
 
 		 635 aa  50.8  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1621  hydroxypyruvate isomerase  30.37 
 
 		 266 aa  50.4  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.377689  normal  0.533551 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0474  hydroxypyruvate isomerase  29.63 
 
 		 258 aa  50.1  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  28.35 
 
 		 263 aa  50.1  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5018  hydroxypyruvate isomerase  30.07 
 
 		 258 aa  49.3  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.189718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2059  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  29.79 
 
 		 687 aa  48.9  0.00009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2687  twin-arginine translocation pathway signal  27.11 
 
 		 301 aa  48.9  0.00009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3261  hypothetical protein  30.1 
 
 		 282 aa  48.9  0.00009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.879119  normal  0.639309 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2929  hydroxypyruvate isomerase  30 
 
 		 263 aa  48.5  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.452433 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1263  hypothetical protein  25.75 
 
 		 269 aa  48.5  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2365  hydroxypyruvate isomerase  30.37 
 
 		 266 aa  48.9  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  30.36 
 
 		 295 aa  48.5  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3564  xylose isomerase domain-containing protein  30.77 
 
 		 257 aa  48.5  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0379741  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5560  hydroxypyruvate isomerase  24.83 
 
 		 261 aa  48.5  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.446227  normal  0.0996892 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.77 
 
 		 264 aa  48.9  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.831007 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.13 
 
 		 279 aa  48.9  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.9 
 
 		 293 aa  48.5  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5927  Hydroxypyruvate isomerase  33.64 
 
 		 262 aa  48.5  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2172  hydroxypyruvate isomerase  28.1 
 
 		 269 aa  47.8  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.42054  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4554  hydroxypyruvate isomerase  31.62 
 
 		 258 aa  47.4  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  0.368967 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4043  hypothetical protein  29.79 
 
 		 284 aa  47.8  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.587749  normal  0.406435 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3461  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.79 
 
 		 293 aa  47.8  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0533  xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.7 
 
 		 282 aa  47.8  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.605213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3496  hydroxypyruvate isomerase  27.88 
 
 		 258 aa  47.8  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0849997  normal  0.283205 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5120  hydroxypyruvate isomerase  27.88 
 
 		 258 aa  47.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5077  hydroxypyruvate isomerase  30.33 
 
 		 257 aa  47.8  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814935  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2546  Hydroxypyruvate isomerase  27.33 
 
 		 265 aa  47  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0308483  normal  0.0587902 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3208  hydroxypyruvate isomerase  29.63 
 
 		 258 aa  47  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5159  hydroxypyruvate isomerase  29.63 
 
 		 258 aa  47  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.324976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1567  hydroxypyruvate isomerase  33.03 
 
 		 258 aa  47.4  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4427  hydroxypyruvate isomerase  31.78 
 
 		 262 aa  47.4  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.198005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1781  hydroxypyruvate isomerase  29.61 
 
 		 269 aa  47.4  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.168778  normal  0.857209 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0554  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.33 
 
 		 275 aa  47  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4459  xylose isomerase-like TIM barrel  26.4 
 
 		 255 aa  47  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3689  xylose isomerase domain-containing protein  28.93 
 
 		 266 aa  47  0.0004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1554  putative isomerase  28.12 
 
 		 254 aa  47  0.0004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.534878  normal  0.610325 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2425  hydroxypyruvate isomerase  29.01 
 
 		 262 aa  46.2  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3174  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.39 
 
 		 283 aa  46.6  0.0005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2260  hydroxypyruvate isomerase  29.01 
 
 		 262 aa  46.2  0.0005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.654587  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2300  hydroxypyruvate isomerase  29.01 
 
 		 262 aa  46.2  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.946761  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0652  hypothetical protein  27.63 
 
 		 265 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>