119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3631 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_3631  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 275 aa  572  1.0000000000000001e-162  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.9121  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.73 
 
 		 303 aa  91.3  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  29.63 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  27.69 
 
 		 270 aa  79.3  0.00000000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  29.57 
 
 		 278 aa  78.6  0.0000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1251  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.5 
 
 		 274 aa  73.9  0.000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.725023  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1980  xylose isomerase domain-containing protein  23.83 
 
 		 274 aa  73.2  0.000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0259  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.06 
 
 		 294 aa  71.6  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.86 
 
 		 283 aa  71.6  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.02 
 
 		 282 aa  71.6  0.00000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  29.33 
 
 		 295 aa  70.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  28.85 
 
 		 295 aa  68.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1902  xylose isomerase domain-containing protein  31.25 
 
 		 299 aa  68.6  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  30.47 
 
 		 295 aa  67  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  26.96 
 
 		 289 aa  66.6  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.21 
 
 		 262 aa  66.2  0.0000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  25 
 
 		 268 aa  65.5  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.5 
 
 		 293 aa  63.9  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.72 
 
 		 264 aa  63.2  0.000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0452  xylose isomerase domain-containing protein  23.71 
 
 		 271 aa  63.2  0.000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00563474 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1969  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.97 
 
 		 270 aa  62  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4538  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.2 
 
 		 281 aa  61.6  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.535239 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2228  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.97 
 
 		 287 aa  60.8  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498591  normal  0.437814 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  33.33 
 
 		 293 aa  60.5  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.86 
 
 		 292 aa  60.5  0.00000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2201  xylose isomerase domain-containing protein  27.56 
 
 		 258 aa  59.7  0.00000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.586932  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0288  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.17 
 
 		 294 aa  59.3  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.32 
 
 		 275 aa  58.5  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.26 
 
 		 290 aa  58.9  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3407  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.22 
 
 		 275 aa  56.6  0.0000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0945287  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2929  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.67 
 
 		 327 aa  56.2  0.0000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.712071  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0533  xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.63 
 
 		 282 aa  55.8  0.0000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.605213  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  27.18 
 
 		 250 aa  55.8  0.0000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2206  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 260 aa  55.8  0.0000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313924  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  27.34 
 
 		 283 aa  55.8  0.0000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.92 
 
 		 289 aa  55.1  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3113  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.84 
 
 		 256 aa  53.9  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.787534  normal  0.440249 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4309  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.24 
 
 		 271 aa  52.8  0.000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.046586  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0572  hydroxypyruvate isomerase  29.27 
 
 		 258 aa  52.8  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0567  hydroxypyruvate isomerase  29.27 
 
 		 258 aa  52.8  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3635  xylose isomerase domain-containing protein  26.25 
 
 		 282 aa  52.4  0.000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0565  hydroxypyruvate isomerase  29.27 
 
 		 258 aa  52.8  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.551663  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1298  hydroxypyruvate isomerase  29.31 
 
 		 259 aa  52.4  0.000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.45 
 
 		 285 aa  52.4  0.000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01291  predicted enzyme  28.15 
 
 		 262 aa  52  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.15 
 
 		 262 aa  52  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.297697  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1429  AP endonuclease  28.15 
 
 		 262 aa  52  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1524  AP endonuclease  28.15 
 
 		 262 aa  52  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2311  xylose isomerase domain-containing protein  28.15 
 
 		 262 aa  52  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01302  hypothetical protein  28.15 
 
 		 262 aa  52  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4043  hypothetical protein  27.56 
 
 		 284 aa  50.8  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.587749  normal  0.406435 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2160  xylose isomerase domain-containing protein  26.36 
 
 		 262 aa  51.2  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.26775 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1477  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.66 
 
 		 273 aa  51.6  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  28.02 
 
 		 256 aa  51.2  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4045  xylose isomerase domain-containing protein  27.19 
 
 		 283 aa  50.4  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2682  xylose isomerase domain-containing protein  26.45 
 
 		 258 aa  50.1  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1808  AP endonuclease  27.01 
 
 		 262 aa  50.1  0.00004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0626  hydroxypyruvate isomerase  28.46 
 
 		 258 aa  50.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.396658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2613  hydroxypyruvate isomerase  28.85 
 
 		 267 aa  48.9  0.00009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29590  sugar phosphate isomerase/epimerase  25.69 
 
 		 739 aa  48.9  0.00009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1528  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.11 
 
 		 264 aa  48.9  0.00009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1981  xylose isomerase domain-containing protein  28.32 
 
 		 287 aa  48.5  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  29.36 
 
 		 259 aa  48.1  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04753  hydroxypyruvate isomerase  29.82 
 
 		 258 aa  48.5  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.7 
 
 		 276 aa  48.1  0.0002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1959  AP endonuclease, family 2  26.79 
 
 		 262 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0839995  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  26.92 
 
 		 263 aa  47.8  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12330  sugar phosphate isomerase/epimerase  28.91 
 
 		 288 aa  48.1  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.205248  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3564  xylose isomerase domain-containing protein  26.72 
 
 		 257 aa  47  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0379741  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2459  xylose isomerase domain-containing protein  28.09 
 
 		 292 aa  47  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0140499  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.14 
 
 		 290 aa  47  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4727  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  21.89 
 
 		 284 aa  47.4  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.639292  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1924  Hydroxypyruvate isomerase  30.51 
 
 		 280 aa  47.4  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000334865  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1918  Hydroxypyruvate isomerase  28.03 
 
 		 260 aa  47  0.0004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0177301  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03223  predicted isomerase  22.27 
 
 		 276 aa  46.2  0.0005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.27 
 
 		 276 aa  46.2  0.0005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3568  fructoselysine 3-epimerase  22.27 
 
 		 276 aa  46.6  0.0005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3750  fructoselysine 3-epimerase  22.27 
 
 		 276 aa  46.6  0.0005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238004  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03175  hypothetical protein  22.27 
 
 		 276 aa  46.2  0.0005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.73 
 
 		 283 aa  46.2  0.0006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3842  fructoselysine 3-epimerase  22.27 
 
 		 276 aa  46.2  0.0006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4805  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  21.19 
 
 		 284 aa  46.2  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.296767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  23.95 
 
 		 272 aa  45.8  0.0007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  28.21 
 
 		 264 aa  45.8  0.0007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4684  fructoselysine 3-epimerase  22.27 
 
 		 275 aa  45.8  0.0007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3261  hypothetical protein  28 
 
 		 282 aa  45.8  0.0008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.879119  normal  0.639309 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0340  fructoselysine 3-epimerase  22.27 
 
 		 276 aa  45.8  0.0008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.452792 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4185  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.98 
 
 		 273 aa  45.8  0.0008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4668  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  21.51 
 
 		 284 aa  44.7  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4163  xylose isomerase domain-containing protein  25.98 
 
 		 257 aa  45.4  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6726  putative endonuclease protein  29.1 
 
 		 285 aa  44.3  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.416579  normal  0.564821 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3269  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  21.75 
 
 		 293 aa  44.7  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3402  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  21.51 
 
 		 293 aa  44.7  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2311  hydroxypyruvate isomerase  25.58 
 
 		 256 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2976  xylose isomerase domain-containing protein  24.53 
 
 		 295 aa  44.3  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4619  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.44 
 
 		 282 aa  44.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154569  normal  0.87312 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1033  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.19 
 
 		 285 aa  44.3  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0514922 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0339  Hydroxypyruvate isomerase  24.09 
 
 		 267 aa  44.7  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3899  hydroxypyruvate isomerase  26.79 
 
 		 251 aa  43.5  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.194463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4758  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  21.51 
 
 		 284 aa  43.9  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>