More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_1980 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_1980  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 274 aa  560  1e-158  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  45.22 
 
 		 276 aa  238  1e-61  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.01 
 
 		 282 aa  179  2.9999999999999997e-44  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1981  xylose isomerase domain-containing protein  34.41 
 
 		 287 aa  165  6.9999999999999995e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2524  xylose isomerase domain-containing protein  30.51 
 
 		 287 aa  133  3e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2326  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.69 
 
 		 284 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00147679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2684  xylose isomerase domain-containing protein  31.16 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.16562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2911  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.52 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.180268  normal  0.124085 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2286  xylose isomerase domain-containing protein  31.52 
 
 		 277 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0370511  normal  0.0282506 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1020  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.71 
 
 		 275 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2806  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.16 
 
 		 297 aa  115  6e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2522  xylose isomerase domain-containing protein  29.93 
 
 		 281 aa  115  8.999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3593  xylose isomerase domain-containing protein  31.02 
 
 		 290 aa  113  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.671139  decreased coverage  0.000150106 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11110  sugar phosphate isomerase/epimerase  29.15 
 
 		 480 aa  107  2e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.479367  normal  0.230414 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3316  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.73 
 
 		 313 aa  100  3e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3432  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.2 
 
 		 316 aa  86.3  5e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0982928  normal  0.0112247 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3693  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.89 
 
 		 270 aa  80.5  0.00000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3631  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.83 
 
 		 275 aa  73.2  0.000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.9121  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0340  fructoselysine 3-epimerase  25.36 
 
 		 276 aa  72.8  0.000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.452792 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3842  fructoselysine 3-epimerase  25.36 
 
 		 276 aa  72.4  0.000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0621  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.79 
 
 		 281 aa  72.4  0.000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4684  fructoselysine 3-epimerase  25.36 
 
 		 275 aa  72  0.000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03223  predicted isomerase  25.36 
 
 		 276 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.36 
 
 		 276 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03175  hypothetical protein  25.36 
 
 		 276 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3750  fructoselysine 3-epimerase  25.36 
 
 		 276 aa  72  0.00000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238004  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1485  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.34 
 
 		 310 aa  71.2  0.00000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3568  fructoselysine 3-epimerase  25.36 
 
 		 276 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1807  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.27 
 
 		 277 aa  70.9  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1810  xylose isomerase domain-containing protein  22.89 
 
 		 287 aa  69.7  0.00000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.753291 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5464  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 		 279 aa  68.9  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.448037  normal  0.953141 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2748  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.69 
 
 		 318 aa  66.2  0.0000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.652978  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0345  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.92 
 
 		 312 aa  66.6  0.0000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4050  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.81 
 
 		 284 aa  65.9  0.0000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00790933  normal  0.0910238 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0027  xylose isomerase domain-containing protein  23.21 
 
 		 268 aa  65.9  0.0000000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  decreased coverage  0.0054119  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5217  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27 
 
 		 272 aa  65.9  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.592377 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1121  xylose isomerase domain-containing protein  23.64 
 
 		 268 aa  65.5  0.0000000009  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5480  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.43 
 
 		 272 aa  65.1  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.799696  normal  0.229793 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  25.27 
 
 		 271 aa  64.7  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0797  xylose isomerase domain-containing protein  23.64 
 
 		 268 aa  65.1  0.000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0606735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.59 
 
 		 258 aa  63.9  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1257  xylose isomerase domain-containing protein  25.58 
 
 		 264 aa  63.5  0.000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.666664  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0991  xylose isomerase domain-containing protein  23.69 
 
 		 304 aa  62.8  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5062  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.19 
 
 		 286 aa  62.8  0.000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0086  myo-inositol catabolism protein IolE  21.99 
 
 		 297 aa  62.8  0.000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0531  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.4 
 
 		 258 aa  62.4  0.000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4691  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.55 
 
 		 284 aa  62.4  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4720  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.08 
 
 		 284 aa  62.4  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0249  xylose isomerase domain-containing protein  25.59 
 
 		 265 aa  61.6  0.00000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.273491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0863  xylose isomerase domain-containing protein  24.81 
 
 		 268 aa  61.6  0.00000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.780816  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4185  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.25 
 
 		 273 aa  60.1  0.00000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5989  xylose isomerase domain-containing protein  27.54 
 
 		 312 aa  60.5  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63499  normal  0.171061 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2772  xylose isomerase domain-containing protein  21.74 
 
 		 304 aa  59.3  0.00000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.549003  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1717  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.2 
 
 		 275 aa  58.9  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.393807 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2598  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.23 
 
 		 316 aa  59.3  0.00000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5694  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.59 
 
 		 300 aa  58.5  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.986609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1076  xylose isomerase domain-containing protein  20.94 
 
 		 308 aa  58.5  0.0000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2531  putative IolE protein  25.42 
 
 		 298 aa  57.4  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.32551e-17 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0870  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.52 
 
 		 280 aa  57.4  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.505971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4048  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.18 
 
 		 286 aa  58.2  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0303  myo-inositol catabolism protein  25.42 
 
 		 298 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8563  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.2 
 
 		 278 aa  57  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0314267  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4669  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.12 
 
 		 284 aa  57  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.104946  hitchhiker  0.000000014237 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0649  xylose isomerase domain-containing protein  32.69 
 
 		 304 aa  57  0.0000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.0000488201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0234  AMP-dependent synthetase and ligase  22.14 
 
 		 843 aa  56.6  0.0000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000591284  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1496  xylose isomerase domain-containing protein  22.09 
 
 		 279 aa  56.6  0.0000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00334669  normal  0.969169 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3316  xylose isomerase domain-containing protein  29.41 
 
 		 309 aa  56.2  0.0000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2721  xylose isomerase domain-containing protein  24.8 
 
 		 280 aa  56.2  0.0000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.543869  normal  0.780906 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3113  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 256 aa  55.8  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.787534  normal  0.440249 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3200  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.34 
 
 		 287 aa  55.8  0.0000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.278083  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2054  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 		 308 aa  55.8  0.0000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7804  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  20.82 
 
 		 299 aa  55.8  0.0000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1049  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.04 
 
 		 304 aa  55.5  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.392718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0943  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.85 
 
 		 291 aa  55.1  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0826  xylose isomerase domain-containing protein  23.88 
 
 		 290 aa  55.5  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1521  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.99 
 
 		 294 aa  55.1  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1679  xylose isomerase domain-containing protein  20 
 
 		 300 aa  55.1  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.338989  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1971  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.15 
 
 		 265 aa  55.1  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33700  hypothetical protein  25.66 
 
 		 313 aa  54.3  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  25 
 
 		 256 aa  54.7  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1722  xylose isomerase-like TIM barrel  26.16 
 
 		 299 aa  53.5  0.000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.688264  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1307  xylose isomerase domain-containing protein  20.49 
 
 		 304 aa  53.9  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1405  xylose isomerase domain-containing protein  21 
 
 		 303 aa  53.9  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  24.09 
 
 		 270 aa  53.5  0.000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1888  xylose isomerase domain-containing protein  22.6 
 
 		 303 aa  53.9  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2995  Myo-inosose-2 dehydratase  25.67 
 
 		 296 aa  53.5  0.000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4571  xylose isomerase-like TIM barrel  20.33 
 
 		 303 aa  53.1  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.985344  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1346  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.17 
 
 		 301 aa  53.1  0.000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1346  xylose isomerase domain-containing protein  20.49 
 
 		 304 aa  53.1  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50120  myo-inositol catabolism protein IolH  21.28 
 
 		 285 aa  53.1  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1342  Myo-inosose-2 dehydratase  26.2 
 
 		 296 aa  53.1  0.000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3333  Myo-inosose-2 dehydratase  24.86 
 
 		 296 aa  53.1  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1041  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.37 
 
 		 298 aa  52.8  0.000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4928  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.74 
 
 		 268 aa  52.8  0.000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3018  hypothetical protein  29.17 
 
 		 307 aa  52.4  0.000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.130345  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1048  Myo-inosose-2 dehydratase  27.39 
 
 		 307 aa  52.4  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.513171  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2255  myo-inositol catabolism protein  23.73 
 
 		 298 aa  52.4  0.000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2270  xylose isomerase-like TIM barrel  28.42 
 
 		 305 aa  52.4  0.000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.387608  hitchhiker  0.00112275 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.91 
 
 		 282 aa  52.4  0.000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2329  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.99 
 
 		 388 aa  52.4  0.000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.305685  normal  0.288673 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>