84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_4185 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_4185  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 273 aa  553  1e-156  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0529  xylose isomerase-like TIM barrel  47.58 
 
 		 281 aa  259  3e-68  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0189964  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.72 
 
 		 275 aa  80.5  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.34 
 
 		 285 aa  75.5  0.0000000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1496  xylose isomerase domain-containing protein  25.9 
 
 		 279 aa  69.3  0.00000000007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00334669  normal  0.969169 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2206  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.52 
 
 		 260 aa  65.1  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313924  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  23.47 
 
 		 283 aa  64.7  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1981  xylose isomerase domain-containing protein  27.07 
 
 		 287 aa  63.9  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.68 
 
 		 289 aa  62.4  0.000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.8 
 
 		 283 aa  61.2  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  23.53 
 
 		 270 aa  60.8  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1980  xylose isomerase domain-containing protein  26.25 
 
 		 274 aa  60.1  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2151  xylose isomerase-like TIM barrel  35.19 
 
 		 257 aa  60.1  0.00000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00601378  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0649  xylose isomerase domain-containing protein  32.8 
 
 		 304 aa  59.7  0.00000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.0000488201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5464  xylose isomerase domain-containing protein  23.74 
 
 		 279 aa  58.9  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.448037  normal  0.953141 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.21 
 
 		 264 aa  58.2  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  31.01 
 
 		 278 aa  56.2  0.0000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4538  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.27 
 
 		 281 aa  55.8  0.0000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.535239 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3944  AP endonuclease  27.66 
 
 		 285 aa  55.8  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0718494  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2228  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.16 
 
 		 287 aa  55.5  0.0000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498591  normal  0.437814 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1546  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.06 
 
 		 322 aa  55.1  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.904982  normal  0.2091 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.34 
 
 		 286 aa  55.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0394614 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2874  oxidoreductase domain protein  26.87 
 
 		 699 aa  54.7  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0895  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.8 
 
 		 281 aa  53.1  0.000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.39 
 
 		 279 aa  53.5  0.000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.23 
 
 		 295 aa  52.8  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.263775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3101  xylose isomerase domain-containing protein  29.63 
 
 		 324 aa  52.8  0.000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2966  oxidoreductase domain protein  26.22 
 
 		 699 aa  52.8  0.000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  25.38 
 
 		 268 aa  51.6  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0182  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.02 
 
 		 321 aa  52  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000874694 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.77 
 
 		 303 aa  51.2  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  24.89 
 
 		 289 aa  50.8  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4227  xylose isomerase domain-containing protein  33.77 
 
 		 313 aa  50.4  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.220336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0973  hypothetical protein  26.47 
 
 		 257 aa  50.1  0.00004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.79 
 
 		 262 aa  50.1  0.00004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5694  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.03 
 
 		 300 aa  49.7  0.00005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.986609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0883  xylose isomerase domain-containing protein  23.86 
 
 		 334 aa  49.3  0.00006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.106547  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0568  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.54 
 
 		 272 aa  48.5  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0086  myo-inositol catabolism protein IolE  26.09 
 
 		 297 aa  48.5  0.0001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2522  xylose isomerase domain-containing protein  26 
 
 		 281 aa  47.4  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1920  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.56 
 
 		 338 aa  46.6  0.0004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.4 
 
 		 282 aa  46.2  0.0005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5867  xylose isomerase domain-containing protein  22.91 
 
 		 295 aa  46.2  0.0006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.102013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3195  hydroxypyruvate isomerase  24.29 
 
 		 263 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.568718  normal  0.0120723 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29590  sugar phosphate isomerase/epimerase  32.76 
 
 		 739 aa  46.2  0.0006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8563  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.79 
 
 		 278 aa  45.8  0.0008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0314267  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3568  fructoselysine 3-epimerase  24.62 
 
 		 276 aa  45.8  0.0008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28710  sugar phosphate isomerase/epimerase  25.25 
 
 		 307 aa  45.8  0.0008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0885144  normal  0.0589318 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3631  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.98 
 
 		 275 aa  45.8  0.0008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.9121  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0323  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.66 
 
 		 536 aa  45.4  0.0009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03175  hypothetical protein  24.62 
 
 		 276 aa  45.4  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3750  fructoselysine 3-epimerase  24.62 
 
 		 276 aa  45.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238004  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50250  hypothetical protein  24.16 
 
 		 307 aa  45.4  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.508803  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.62 
 
 		 276 aa  45.4  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3018  hypothetical protein  23.97 
 
 		 307 aa  45.4  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.130345  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03223  predicted isomerase  24.62 
 
 		 276 aa  45.4  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0340  fructoselysine 3-epimerase  24.62 
 
 		 276 aa  45.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.452792 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2175  xylose isomerase  25 
 
 		 395 aa  44.3  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000407625 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2649  hypothetical protein  24.36 
 
 		 306 aa  44.3  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0432409  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0401  xylose isomerase-like TIM barrel  26.82 
 
 		 354 aa  44.3  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0010085  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1577  myo-inositol catabolism protein  22.94 
 
 		 298 aa  44.3  0.002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.357804  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2881  xylose isomerase domain-containing protein  25.19 
 
 		 332 aa  44.7  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2615  xylose isomerase domain-containing protein  25.19 
 
 		 332 aa  44.3  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0287  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.21 
 
 		 290 aa  44.3  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.790888  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.21 
 
 		 290 aa  44.7  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3140  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.9 
 
 		 310 aa  44.7  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3842  fructoselysine 3-epimerase  24.12 
 
 		 276 aa  43.9  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4684  fructoselysine 3-epimerase  24.12 
 
 		 275 aa  43.9  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2430  xylose isomerase  26.03 
 
 		 395 aa  43.9  0.003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.404245  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 282 aa  43.5  0.004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1886  xylose isomerase domain-containing protein  21.62 
 
 		 308 aa  43.1  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.206917 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0438  hypothetical protein  23.67 
 
 		 306 aa  42.7  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1442  AP endonuclease  23.67 
 
 		 306 aa  42.7  0.006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.609184  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1653  AP endonuclease  23.67 
 
 		 306 aa  42.7  0.006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.959785  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0724  AP endonuclease  23.67 
 
 		 306 aa  42.7  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.367793  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0704  xylose isomerase  24.89 
 
 		 386 aa  42.7  0.006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3264  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.41 
 
 		 331 aa  42.7  0.006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.26961  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4669  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.77 
 
 		 284 aa  42.7  0.006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.104946  hitchhiker  0.000000014237 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0911  hypothetical protein  23.67 
 
 		 306 aa  42.7  0.006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1849  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.09 
 
 		 322 aa  42.7  0.007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  31.3 
 
 		 256 aa  42.4  0.008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.436698  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.48 
 
 		 283 aa  42.4  0.008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1969  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.68 
 
 		 270 aa  42  0.01  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3195  xylose isomerase domain-containing protein  34 
 
 		 313 aa  42  0.01  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.975656  normal  0.799705 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>