25 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3140 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3140  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 310 aa  640    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4669  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  55.73 
 
 		 284 aa  296  2e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.104946  hitchhiker  0.000000014237 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3436  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.19 
 
 		 288 aa  135  6.0000000000000005e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1842  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.57 
 
 		 287 aa  103  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1232  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.13 
 
 		 279 aa  94.4  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.523448  hitchhiker  0.00338141 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4312  sugar phosphate isomerases/epimerases  27.2 
 
 		 283 aa  89  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.517232  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0286  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.27 
 
 		 335 aa  58.9  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.433655  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0458  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.76 
 
 		 266 aa  57.8  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.590308 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2266  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.49 
 
 		 266 aa  50.4  0.00004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00648615  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1896  xylose isomerase domain-containing protein  23.12 
 
 		 341 aa  49.3  0.00008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5464  xylose isomerase domain-containing protein  27.78 
 
 		 279 aa  47.4  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.448037  normal  0.953141 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3328  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.14 
 
 		 346 aa  47  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.273118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1525  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.47 
 
 		 306 aa  46.2  0.0007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1498  xylose isomerase domain-containing protein  27.01 
 
 		 290 aa  44.7  0.002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.0000000000176809  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4185  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.9 
 
 		 273 aa  45.1  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.74 
 
 		 276 aa  44.3  0.003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1324  putative myo-inositol catabolism LolE protein  27.64 
 
 		 308 aa  44.3  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1615  hypothetical protein  25.93 
 
 		 298 aa  44.3  0.003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1620  hypothetical protein  25.93 
 
 		 298 aa  43.9  0.004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0086  xylose isomerase domain-containing protein  31.71 
 
 		 334 aa  43.5  0.005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0784  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.04 
 
 		 278 aa  43.5  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.838141 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2482  oxidoreductase domain-containing protein  25.78 
 
 		 644 aa  42.7  0.008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.230989  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3352  Myo-inosose-2 dehydratase  22.93 
 
 		 296 aa  42.7  0.009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0467219  normal  0.0568196 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0234  AMP-dependent synthetase and ligase  26.21 
 
 		 843 aa  42.7  0.009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000591284  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3595  Myo-inosose-2 dehydratase  26.32 
 
 		 297 aa  42.4  0.01  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>