82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1525 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1525  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 306 aa  637    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0870  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  56.62 
 
 		 280 aa  339  2.9999999999999998e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.505971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1113  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.83 
 
 		 277 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1971  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.57 
 
 		 265 aa  158  9e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0500  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.84 
 
 		 266 aa  158  1e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000106724  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0234  AMP-dependent synthetase and ligase  31.23 
 
 		 843 aa  148  1.0000000000000001e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000591284  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3869  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.57 
 
 		 274 aa  114  2.0000000000000002e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0966717  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0435  xylose isomerase domain-containing protein  27.76 
 
 		 266 aa  110  4.0000000000000004e-23  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17150  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  27.41 
 
 		 828 aa  107  3e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.488876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0133  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.28 
 
 		 257 aa  92.4  9e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4822  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.46 
 
 		 261 aa  81.6  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000375488  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2249  Sugar phosphate isomerase/epimerase-like protein  28.14 
 
 		 263 aa  80.5  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.622554 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0456  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.42 
 
 		 308 aa  78.6  0.0000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1697  xylose isomerase domain-containing protein  26.76 
 
 		 300 aa  70.9  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.171886  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1040  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  26.88 
 
 		 250 aa  70.9  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.384562  normal  0.731226 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0115  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.2 
 
 		 293 aa  70.9  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.221119 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1406  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.84 
 
 		 292 aa  68.9  0.00000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.179801  normal  0.416427 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1019  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.71 
 
 		 307 aa  67.4  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0916  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.03 
 
 		 264 aa  67  0.0000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31660  sugar phosphate isomerase/epimerase  24.44 
 
 		 297 aa  65.1  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1018  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.22 
 
 		 318 aa  63.5  0.000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.706274  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2335  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.33 
 
 		 271 aa  60.8  0.00000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0606  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.71 
 
 		 624 aa  60.5  0.00000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0633938 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1909  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.89 
 
 		 280 aa  59.3  0.00000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1020  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.52 
 
 		 334 aa  57.8  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0895  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.14 
 
 		 281 aa  57.4  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  25.63 
 
 		 272 aa  57.8  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0433  xylose isomerase domain-containing protein  24.12 
 
 		 279 aa  57  0.0000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4869  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.5 
 
 		 310 aa  56.2  0.0000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.66 
 
 		 276 aa  56.2  0.0000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3314  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.87 
 
 		 279 aa  55.5  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0346457 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1743  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.6 
 
 		 309 aa  54.7  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0499  xylose isomerase domain-containing protein  21.29 
 
 		 282 aa  54.3  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2200  xylose isomerase domain-containing protein  22.32 
 
 		 288 aa  53.5  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0469  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.7 
 
 		 307 aa  53.1  0.000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0294161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.4 
 
 		 286 aa  52  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0394614 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4673  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.23 
 
 		 341 aa  52.4  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0126  hexulose-6-phosphate isomerase  26.22 
 
 		 291 aa  51.2  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1009  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.12 
 
 		 308 aa  50.4  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3700  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.22 
 
 		 299 aa  50.8  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0146  hexulose-6-phosphate isomerase  26.22 
 
 		 291 aa  50.4  0.00003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03223  predicted isomerase  23.5 
 
 		 276 aa  50.1  0.00004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1021  protein of unknown function DUF1080  24.22 
 
 		 515 aa  50.4  0.00004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.943633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3568  fructoselysine 3-epimerase  23.5 
 
 		 276 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03175  hypothetical protein  23.5 
 
 		 276 aa  50.1  0.00004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.5 
 
 		 276 aa  50.1  0.00004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4684  fructoselysine 3-epimerase  23.5 
 
 		 275 aa  50.1  0.00005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0551  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.17 
 
 		 322 aa  49.7  0.00006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.784831  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3750  fructoselysine 3-epimerase  23.5 
 
 		 276 aa  49.7  0.00006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238004  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0340  fructoselysine 3-epimerase  23.5 
 
 		 276 aa  49.7  0.00006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.452792 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3842  fructoselysine 3-epimerase  23.5 
 
 		 276 aa  49.7  0.00006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4258  AP endonuclease  22.97 
 
 		 292 aa  49.3  0.00008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0778  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.87 
 
 		 280 aa  48.5  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0102757 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0621  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.45 
 
 		 281 aa  48.9  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2298  xylose isomerase-like TIM barrel  22.76 
 
 		 296 aa  48.9  0.0001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5319  AP endonuclease, family 2  22.97 
 
 		 326 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.44383 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4583  xylose isomerase domain-containing protein  21.88 
 
 		 278 aa  47.4  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1709  hypothetical protein  26.8 
 
 		 306 aa  47  0.0004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.53026  normal  0.973713 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.91 
 
 		 282 aa  47  0.0004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2642  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.11 
 
 		 313 aa  47  0.0005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4496  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  22.55 
 
 		 638 aa  46.6  0.0006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5952  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.15 
 
 		 631 aa  46.6  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0955687  decreased coverage  0.00791612 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3140  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.47 
 
 		 310 aa  46.2  0.0007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03758  predicted sugar phosphate isomerase  22.52 
 
 		 326 aa  46.2  0.0008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03707  hypothetical protein  22.52 
 
 		 326 aa  46.2  0.0008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4143  xylose isomerase domain-containing protein  22.52 
 
 		 326 aa  46.2  0.0008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.805588 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4100  AP endonuclease  22.52 
 
 		 326 aa  46.2  0.0008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4113  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.52 
 
 		 326 aa  45.8  0.0009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1980  xylose isomerase domain-containing protein  24.03 
 
 		 274 aa  45.8  0.0009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4396  AP endonuclease  22.52 
 
 		 326 aa  45.8  0.0009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1981  xylose isomerase domain-containing protein  22.85 
 
 		 287 aa  45.4  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1560  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  21.1 
 
 		 632 aa  45.8  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.288895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2140  Hydroxypyruvate isomerase  21.99 
 
 		 273 aa  45.1  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2516  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 271 aa  44.3  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.610941  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0501  xylose isomerase domain-containing protein  22.88 
 
 		 301 aa  44.3  0.003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4428  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.98 
 
 		 633 aa  43.5  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0292  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  22.86 
 
 		 615 aa  43.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7092  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  22.71 
 
 		 631 aa  43.5  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2522  xylose isomerase domain-containing protein  21.35 
 
 		 281 aa  43.1  0.006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2874  oxidoreductase domain protein  22.28 
 
 		 699 aa  43.1  0.007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2372  hypothetical protein  25.45 
 
 		 347 aa  42.7  0.008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0241326  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2966  oxidoreductase domain protein  22.83 
 
 		 699 aa  42.7  0.009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>