38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1743 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1743  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 309 aa  625  1e-178  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2642  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  60.78 
 
 		 313 aa  388  1e-107  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6459  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  56.14 
 
 		 343 aa  337  1.9999999999999998e-91  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0469  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  56.48 
 
 		 307 aa  332  7.000000000000001e-90  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0294161  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1009  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  55.48 
 
 		 308 aa  328  8e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1709  hypothetical protein  56.34 
 
 		 306 aa  315  5e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.53026  normal  0.973713 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0534  hypothetical protein  51.44 
 
 		 318 aa  311  1e-83  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.434063 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1044  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  51.5 
 
 		 305 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4673  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  44.22 
 
 		 341 aa  259  4e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0589  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.6 
 
 		 337 aa  238  1e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102847 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2372  hypothetical protein  29.39 
 
 		 347 aa  159  7e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0241326  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0333  xylose isomerase-like TIM barrel  26.91 
 
 		 314 aa  96.7  5e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.601498  normal  0.557772 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1021  protein of unknown function DUF1080  29.28 
 
 		 515 aa  94  3e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.943633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1019  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.97 
 
 		 307 aa  85.1  0.000000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4869  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.66 
 
 		 310 aa  84  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1349  xylose isomerase domain-containing protein  29.24 
 
 		 280 aa  82.8  0.000000000000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1018  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.97 
 
 		 318 aa  79  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.706274  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0551  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.25 
 
 		 322 aa  78.6  0.0000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.784831  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1020  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.56 
 
 		 334 aa  76.6  0.0000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0895  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.94 
 
 		 281 aa  72  0.00000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2598  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.04 
 
 		 316 aa  67.8  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3402  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.5 
 
 		 324 aa  66.2  0.0000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1662  xylose isomerase domain-containing protein  24.47 
 
 		 274 aa  59.7  0.00000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.36383  hitchhiker  0.00346458 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3528  hypothetical protein  33.33 
 
 		 346 aa  59.3  0.00000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.04131 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3575  xylose isomerase domain-containing protein  27.91 
 
 		 256 aa  59.3  0.00000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5791  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.6 
 
 		 286 aa  55.8  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.864508  normal  0.0412869 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2693  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.7 
 
 		 279 aa  55.8  0.0000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1525  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.6 
 
 		 306 aa  54.7  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0870  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.71 
 
 		 280 aa  53.9  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.505971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0621  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.24 
 
 		 281 aa  52.8  0.000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31660  sugar phosphate isomerase/epimerase  25.88 
 
 		 297 aa  52.4  0.000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  20.95 
 
 		 275 aa  47.8  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0991  xylose isomerase domain-containing protein  31.33 
 
 		 304 aa  47.8  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3156  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.04 
 
 		 331 aa  45.1  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0422  xylose isomerase domain-containing protein  32.2 
 
 		 333 aa  43.1  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0772  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  25 
 
 		 290 aa  43.1  0.006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.692507  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0499  xylose isomerase domain-containing protein  25.27 
 
 		 304 aa  42.7  0.007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00421742  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0440  xylose isomerase-like TIM barrel  24.75 
 
 		 323 aa  42.4  0.01  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292372  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>