45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3402 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_3402  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 324 aa  672    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2598  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  48.01 
 
 		 316 aa  277  2e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1349  xylose isomerase domain-containing protein  40.66 
 
 		 280 aa  246  3e-64  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0895  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.71 
 
 		 281 aa  237  2e-61  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1662  xylose isomerase domain-containing protein  38.95 
 
 		 274 aa  223  3e-57  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.36383  hitchhiker  0.00346458 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1021  protein of unknown function DUF1080  26.41 
 
 		 515 aa  107  3e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.943633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1019  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.8 
 
 		 307 aa  100  3e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4869  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.54 
 
 		 310 aa  98.6  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1018  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.09 
 
 		 318 aa  95.5  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.706274  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1020  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.76 
 
 		 334 aa  94.4  2e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0551  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.25 
 
 		 322 aa  89  1e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.784831  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31660  sugar phosphate isomerase/epimerase  24.4 
 
 		 297 aa  69.7  0.00000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1743  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.5 
 
 		 309 aa  66.2  0.0000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1981  xylose isomerase domain-containing protein  23.23 
 
 		 287 aa  65.9  0.0000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0534  hypothetical protein  24.8 
 
 		 318 aa  63.2  0.000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.434063 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1044  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.07 
 
 		 305 aa  62.8  0.000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0469  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.57 
 
 		 307 aa  61.6  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0294161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1709  hypothetical protein  23.08 
 
 		 306 aa  60.5  0.00000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.53026  normal  0.973713 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0589  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.78 
 
 		 337 aa  57.8  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102847 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1009  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.87 
 
 		 308 aa  56.6  0.0000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2642  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.73 
 
 		 313 aa  55.5  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0333  xylose isomerase-like TIM barrel  22.53 
 
 		 314 aa  54.7  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.601498  normal  0.557772 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6459  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.85 
 
 		 343 aa  53.1  0.000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0499  xylose isomerase domain-containing protein  31.54 
 
 		 282 aa  52.8  0.000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  25.45 
 
 		 295 aa  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5223  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.88 
 
 		 281 aa  50.1  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.539656  normal  0.643563 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2059  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  25.84 
 
 		 687 aa  49.7  0.00008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5464  xylose isomerase domain-containing protein  20.78 
 
 		 279 aa  49.3  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.448037  normal  0.953141 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4673  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.59 
 
 		 341 aa  48.9  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0331  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  28 
 
 		 282 aa  47.8  0.0003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  25.09 
 
 		 295 aa  47.4  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0435  xylose isomerase domain-containing protein  22.18 
 
 		 266 aa  47  0.0004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0499  xylose isomerase domain-containing protein  29.08 
 
 		 304 aa  45.8  0.0009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00421742  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1081  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.83 
 
 		 628 aa  45.8  0.0009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796659  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2516  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.76 
 
 		 271 aa  45.4  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.610941  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3700  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.02 
 
 		 299 aa  45.1  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  24.32 
 
 		 268 aa  45.1  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0344  AP endonuclease  25.14 
 
 		 299 aa  43.5  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4045  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.94 
 
 		 278 aa  43.5  0.005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0413  xylose isomerase domain-containing protein  25.14 
 
 		 299 aa  43.5  0.005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1361  xylose isomerase domain-containing protein  22.39 
 
 		 278 aa  43.1  0.006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0115  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.31 
 
 		 293 aa  42.7  0.008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.221119 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3062  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  22.66 
 
 		 630 aa  42.7  0.008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  22.66 
 
 		 630 aa  42.7  0.008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.114512 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1980  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 		 274 aa  42.4  0.01  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>