116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3436 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3436  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 288 aa  583  1.0000000000000001e-165  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4669  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.75 
 
 		 284 aa  167  1e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.104946  hitchhiker  0.000000014237 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3140  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.93 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1842  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.22 
 
 		 287 aa  79.7  0.00000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4312  sugar phosphate isomerases/epimerases  27.13 
 
 		 283 aa  79  0.00000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.517232  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1232  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.55 
 
 		 279 aa  74.7  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.523448  hitchhiker  0.00338141 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0947  xylose isomerase-like TIM barrel  26.51 
 
 		 308 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1429  xylose isomerase domain-containing protein  26.51 
 
 		 308 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1348  xylose isomerase domain-containing protein  24.65 
 
 		 308 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1048  Myo-inosose-2 dehydratase  28.86 
 
 		 307 aa  62.8  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.513171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1309  xylose isomerase domain-containing protein  25.12 
 
 		 308 aa  62  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1346  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.63 
 
 		 301 aa  61.2  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1247  putative myo-inositol catabolism protein  29.29 
 
 		 313 aa  60.5  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.537579  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3018  hypothetical protein  27.59 
 
 		 307 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.130345  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2054  xylose isomerase domain-containing protein  22.67 
 
 		 308 aa  59.3  0.00000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1407  xylose isomerase domain-containing protein  24.77 
 
 		 308 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.872133 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0121  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  35 
 
 		 290 aa  58.2  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1886  xylose isomerase domain-containing protein  23.26 
 
 		 308 aa  57  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.206917 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50250  hypothetical protein  27.4 
 
 		 307 aa  56.2  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.508803  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1615  hypothetical protein  22.67 
 
 		 298 aa  55.1  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4110  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.18 
 
 		 324 aa  55.1  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.719196  hitchhiker  0.00235403 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  24.23 
 
 		 271 aa  54.7  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1521  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.03 
 
 		 294 aa  54.3  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1620  hypothetical protein  23.11 
 
 		 298 aa  53.9  0.000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4573  xylose isomerase-like TIM barrel  24.19 
 
 		 308 aa  53.9  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1892  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.65 
 
 		 296 aa  53.9  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.866168 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5694  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.12 
 
 		 300 aa  52.4  0.000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.986609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1829  hypothetical protein  27.7 
 
 		 306 aa  51.6  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0766527  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1675  AP endonuclease  27.7 
 
 		 306 aa  51.6  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.173299  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0287  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  32.5 
 
 		 290 aa  52  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.790888  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.04 
 
 		 253 aa  50.8  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.446343  normal  0.467472 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2995  Myo-inosose-2 dehydratase  28.47 
 
 		 296 aa  50.4  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3894  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  30.7 
 
 		 286 aa  50.8  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1342  Myo-inosose-2 dehydratase  28.28 
 
 		 296 aa  50.4  0.00004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.98 
 
 		 292 aa  50.1  0.00004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.142923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3346  xylose isomerase-like TIM barrel  26.71 
 
 		 297 aa  50.1  0.00005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0217845  normal  0.180586 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2811  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.35 
 
 		 305 aa  50.1  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.279544  normal  0.182339 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0911  hypothetical protein  27.03 
 
 		 306 aa  49.7  0.00006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3955  xylose isomerase domain-containing protein  22.18 
 
 		 276 aa  49.7  0.00006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00177251  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1442  AP endonuclease  27.03 
 
 		 306 aa  49.7  0.00006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.609184  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0438  hypothetical protein  27.03 
 
 		 306 aa  49.7  0.00006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1653  AP endonuclease  27.03 
 
 		 306 aa  49.7  0.00006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.959785  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0724  AP endonuclease  27.03 
 
 		 306 aa  49.7  0.00006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.367793  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3333  Myo-inosose-2 dehydratase  25.85 
 
 		 296 aa  48.9  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3697  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  28.07 
 
 		 286 aa  48.1  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0439  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.97 
 
 		 308 aa  48.1  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00988774  normal  0.647818 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0086  myo-inositol catabolism protein IolE  24.9 
 
 		 297 aa  47.8  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1981  xylose isomerase domain-containing protein  35.06 
 
 		 287 aa  47.8  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0476  xylose isomerase domain-containing protein  27.85 
 
 		 262 aa  47.8  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1893  xylose isomerase domain-containing protein  23.53 
 
 		 304 aa  47.8  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0559869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1498  xylose isomerase domain-containing protein  29.71 
 
 		 290 aa  48.1  0.0002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.0000000000176809  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3316  xylose isomerase domain-containing protein  31.76 
 
 		 309 aa  48.1  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5062  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.15 
 
 		 286 aa  47.4  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3491  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.46 
 
 		 281 aa  47.4  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.642855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1892  xylose isomerase domain-containing protein  23.53 
 
 		 304 aa  47.4  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0241791  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4720  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 284 aa  47.4  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5480  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.88 
 
 		 272 aa  47  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.799696  normal  0.229793 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3938  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  27.19 
 
 		 286 aa  46.6  0.0005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1602  xylose isomerase domain-containing protein  25.34 
 
 		 306 aa  46.2  0.0006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2649  hypothetical protein  25.68 
 
 		 306 aa  45.8  0.0007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0432409  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2848  xylose isomerase-like TIM barrel  30.84 
 
 		 282 aa  45.8  0.0007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.561386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0432  xylose isomerase domain-containing protein  26.12 
 
 		 258 aa  45.8  0.0008  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1324  putative myo-inositol catabolism LolE protein  25 
 
 		 308 aa  45.8  0.0009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4213  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.2 
 
 		 340 aa  45.8  0.0009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3273  AP endonuclease  27.46 
 
 		 301 aa  45.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0853475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4565  xylose isomerase-like TIM barrel  31.13 
 
 		 309 aa  45.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0833957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3890  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  26.92 
 
 		 286 aa  45.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3194  hypothetical protein  35.38 
 
 		 269 aa  45.4  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0561892  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2705  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.58 
 
 		 287 aa  45.8  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.917825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5169  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.07 
 
 		 294 aa  45.4  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.193202  normal  0.0119355 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3499  iolE protein  26.76 
 
 		 301 aa  44.3  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1962  hypothetical protein  30.95 
 
 		 148 aa  45.1  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.370718  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2110  hypothetical protein  30.95 
 
 		 148 aa  45.1  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1938  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  20.4 
 
 		 256 aa  44.3  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.00000239688  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4393  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.4 
 
 		 271 aa  45.1  0.002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.52242  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1046  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.93 
 
 		 287 aa  44.7  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3954  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  26.92 
 
 		 286 aa  44.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.139672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3999  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  26.92 
 
 		 286 aa  44.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.873782 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3874  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  26.92 
 
 		 286 aa  45.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4061  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  26.92 
 
 		 286 aa  44.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.849569 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.9 
 
 		 253 aa  44.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3328  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.15 
 
 		 346 aa  44.7  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.273118  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1192  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.83 
 
 		 284 aa  45.1  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0273  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.55 
 
 		 278 aa  43.9  0.003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1896  xylose isomerase domain-containing protein  21.39 
 
 		 341 aa  44.3  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2932  xylose isomerase domain-containing protein  27.52 
 
 		 308 aa  43.9  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688703 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0931  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  28.7 
 
 		 293 aa  43.9  0.003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.298482 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3200  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.35 
 
 		 287 aa  43.9  0.003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.278083  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1722  xylose isomerase-like TIM barrel  26.83 
 
 		 299 aa  43.5  0.004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.688264  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1980  xylose isomerase domain-containing protein  34.67 
 
 		 274 aa  43.5  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3269  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  34.15 
 
 		 293 aa  43.5  0.004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3402  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  28.7 
 
 		 293 aa  43.5  0.004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0128  hexulose-6-phosphate isomerase  26.92 
 
 		 286 aa  43.1  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0939  xylose isomerase-like TIM barrel  31.13 
 
 		 309 aa  43.1  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00907131  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1421  xylose isomerase domain-containing protein  31.13 
 
 		 309 aa  43.1  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3786  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  26.92 
 
 		 286 aa  43.1  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4079  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  26.92 
 
 		 286 aa  43.1  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0132  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  26.92 
 
 		 286 aa  43.1  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.482678  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3905  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  26.92 
 
 		 286 aa  43.1  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11160  sugar phosphate isomerase/epimerase  25.61 
 
 		 275 aa  43.1  0.005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0839384 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>