106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3653 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 292 aa  606  9.999999999999999e-173  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.142923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5169  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  57.14 
 
 		 294 aa  339  4e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.193202  normal  0.0119355 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2188  xylose isomerase domain-containing protein  54.61 
 
 		 290 aa  327  1.0000000000000001e-88  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.686752  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4110  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  44.72 
 
 		 324 aa  257  1e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.719196  hitchhiker  0.00235403 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1892  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  43.45 
 
 		 296 aa  241  7.999999999999999e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.866168 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5021  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.39 
 
 		 297 aa  206  4e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2692  twin-arginine translocation pathway signal  38.81 
 
 		 300 aa  195  7e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00428  Twin-arginine translocation pathway signal  37.87 
 
 		 334 aa  192  5e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0334  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.44 
 
 		 318 aa  179  7e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.212034  normal  0.78899 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1735  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.33 
 
 		 286 aa  177  2e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.340783  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0527  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.36 
 
 		 289 aa  163  4.0000000000000004e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000820487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3435  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.22 
 
 		 289 aa  160  2e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1695  sugar phosphate isomerases/epimerases  33.55 
 
 		 285 aa  159  8e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0560599 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4611  xylose isomerase domain-containing protein  34.52 
 
 		 325 aa  144  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal  0.241232 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1938  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.07 
 
 		 256 aa  144  2e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.00000239688  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1075  xylose isomerase domain-containing protein  35.02 
 
 		 249 aa  142  6e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1628  xylose isomerase domain-containing protein  30.31 
 
 		 319 aa  140  3e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0395  xylose isomerase domain-containing protein  31.4 
 
 		 252 aa  139  7e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0482433 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6351  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.54 
 
 		 279 aa  134  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0136  xylose isomerase domain-containing protein  29.84 
 
 		 250 aa  129  7.000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.937365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3285  xylose isomerase domain-containing protein  32.29 
 
 		 287 aa  128  9.000000000000001e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.515332 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0088  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.03 
 
 		 341 aa  126  4.0000000000000003e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3167  twin-arginine translocation pathway signal  29.86 
 
 		 326 aa  125  1e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1893  xylose isomerase domain-containing protein  28.72 
 
 		 304 aa  122  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0559869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1892  xylose isomerase domain-containing protein  27.87 
 
 		 304 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0241791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2156  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.07 
 
 		 241 aa  118  9.999999999999999e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11160  sugar phosphate isomerase/epimerase  30.47 
 
 		 275 aa  115  6.9999999999999995e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0839384 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3491  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.37 
 
 		 281 aa  112  9e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.642855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0574  xylose isomerase domain-containing protein  33.59 
 
 		 254 aa  112  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1429  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.6 
 
 		 284 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.000000000000502947  normal  0.0400752 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2652  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.56 
 
 		 283 aa  108  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000202898  normal  0.140843 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2333  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.03 
 
 		 255 aa  107  3e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3337  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.06 
 
 		 287 aa  107  3e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.562048  normal  0.679518 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0252  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.66 
 
 		 248 aa  105  7e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27510  sugar phosphate isomerase/epimerase  30 
 
 		 274 aa  105  1e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4404  xylose isomerase domain-containing protein  27.84 
 
 		 250 aa  103  2e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.658574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1723  xylose isomerase domain-containing protein  30.92 
 
 		 253 aa  101  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.186177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0432  xylose isomerase domain-containing protein  28.19 
 
 		 258 aa  101  1e-20  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0747  xylose isomerase domain-containing protein  27.89 
 
 		 250 aa  100  3e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.123525  normal  0.466968 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1272  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.63 
 
 		 287 aa  99.8  5e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3722  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.97 
 
 		 246 aa  99.4  7e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0190729 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2406  hypothetical protein  31.02 
 
 		 253 aa  99.4  7e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0720427  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3498  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  30.2 
 
 		 248 aa  99  8e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.503466  hitchhiker  0.000525778 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2705  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.52 
 
 		 287 aa  99  8e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.917825  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.85 
 
 		 253 aa  95.5  9e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3458  xylose isomerase domain-containing protein  28.1 
 
 		 248 aa  95.1  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.463794  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5339  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.46 
 
 		 250 aa  95.1  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00377604  normal  0.870166 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3062  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.21 
 
 		 287 aa  94.4  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1046  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.54 
 
 		 287 aa  93.2  4e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.49 
 
 		 253 aa  92.8  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.446343  normal  0.467472 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4324  xylose isomerase domain-containing protein  28.27 
 
 		 309 aa  92  1e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4327  xylose isomerase domain-containing protein  25.19 
 
 		 249 aa  91.3  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.543415 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1543  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.06 
 
 		 245 aa  90.9  2e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.482416  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1158  xylose isomerase-like TIM barrel  27.56 
 
 		 253 aa  90.9  3e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2336  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.62 
 
 		 245 aa  86.3  6e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.791708  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1192  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.01 
 
 		 284 aa  85.9  8e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1198  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.48 
 
 		 255 aa  84.7  0.000000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0425  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.45 
 
 		 243 aa  84  0.000000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0784  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.98 
 
 		 278 aa  81.6  0.00000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.838141 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0886  xylose isomerase domain-containing protein  26.67 
 
 		 254 aa  80.9  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.490019 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1595  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.41 
 
 		 284 aa  80.5  0.00000000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03870  xylose isomerase-like enzyme  25.37 
 
 		 244 aa  76.3  0.0000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4661  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.33 
 
 		 243 aa  76.3  0.0000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2972  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.59 
 
 		 245 aa  75.5  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0365  xylose isomerase domain-containing protein  23.24 
 
 		 284 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20260  sugar phosphate isomerase/epimerase  21.95 
 
 		 293 aa  74.7  0.000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.239255  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2541  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.43 
 
 		 252 aa  72.8  0.000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3397  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.43 
 
 		 251 aa  70.1  0.00000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.843177  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22460  sugar phosphate isomerase/epimerase  27.56 
 
 		 282 aa  67  0.0000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  25.4 
 
 		 271 aa  66.6  0.0000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1346  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.12 
 
 		 301 aa  61.2  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1739  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.14 
 
 		 271 aa  60.8  0.00000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.125041  normal  0.800521 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0986  xylose isomerase domain-containing protein  26.64 
 
 		 273 aa  57.8  0.0000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1521  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.3 
 
 		 294 aa  57  0.0000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3701  hypothetical protein  22.49 
 
 		 259 aa  56.6  0.0000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4213  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.43 
 
 		 340 aa  56.2  0.0000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0273  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.47 
 
 		 278 aa  53.1  0.000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0386  xylose isomerase domain-containing protein  22.69 
 
 		 306 aa  51.2  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0735  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.62 
 
 		 312 aa  51.2  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0086  myo-inositol catabolism protein IolE  25.29 
 
 		 297 aa  49.7  0.00006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.58 
 
 		 270 aa  49.7  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.269917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3436  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.98 
 
 		 288 aa  49.7  0.00006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0439  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.96 
 
 		 308 aa  48.5  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00988774  normal  0.647818 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1674  xylose isomerase domain-containing protein  23.59 
 
 		 298 aa  48.1  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1615  hypothetical protein  22.66 
 
 		 298 aa  47  0.0004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1620  hypothetical protein  25.18 
 
 		 298 aa  46.6  0.0005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2746  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.93 
 
 		 330 aa  46.6  0.0005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.717662  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50250  hypothetical protein  22.63 
 
 		 307 aa  46.6  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.508803  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2640  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.3 
 
 		 307 aa  46.2  0.0006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3955  xylose isomerase domain-containing protein  25.44 
 
 		 276 aa  45.4  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00177251  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0043  xylose isomerase domain-containing protein  24.03 
 
 		 308 aa  45.4  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0067  xylose isomerase domain-containing protein  28.75 
 
 		 318 aa  45.1  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0290166  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2811  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.54 
 
 		 305 aa  45.4  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.279544  normal  0.182339 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.62 
 
 		 303 aa  44.7  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3018  hypothetical protein  22.39 
 
 		 307 aa  44.3  0.003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.130345  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3346  xylose isomerase-like TIM barrel  21.53 
 
 		 297 aa  44.3  0.003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0217845  normal  0.180586 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4013  Myo-inosose-2 dehydratase  23.98 
 
 		 297 aa  43.9  0.003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2414  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.36 
 
 		 924 aa  43.5  0.004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0730  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  20.53 
 
 		 295 aa  43.5  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.200556  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1238  putative myo-inositol catabolism protein  27.44 
 
 		 309 aa  42.7  0.007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>