88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_2093 on replicon NC_011369
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_2093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 253 aa  518  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.446343  normal  0.467472 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  90.51 
 
 		 253 aa  474  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2406  hypothetical protein  63.64 
 
 		 253 aa  346  2e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0720427  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1723  xylose isomerase domain-containing protein  58.1 
 
 		 253 aa  320  1.9999999999999998e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.186177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3458  xylose isomerase domain-containing protein  54.55 
 
 		 248 aa  287  9e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.463794  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0886  xylose isomerase domain-containing protein  49.6 
 
 		 254 aa  266  2.9999999999999995e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.490019 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4327  xylose isomerase domain-containing protein  34.12 
 
 		 249 aa  150  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.543415 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1046  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.63 
 
 		 287 aa  131  1.0000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1192  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.19 
 
 		 284 aa  126  3e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3062  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.6 
 
 		 287 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1272  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.76 
 
 		 287 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1735  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.8 
 
 		 286 aa  107  2e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.340783  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5169  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.51 
 
 		 294 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.193202  normal  0.0119355 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00428  Twin-arginine translocation pathway signal  29.11 
 
 		 334 aa  102  4e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11160  sugar phosphate isomerase/epimerase  31.38 
 
 		 275 aa  99.4  5e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0839384 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0395  xylose isomerase domain-containing protein  29.66 
 
 		 252 aa  99.4  5e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0482433 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1543  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.71 
 
 		 245 aa  97.8  1e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.482416  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4661  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.13 
 
 		 243 aa  96.7  4e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0136  xylose isomerase domain-containing protein  29.06 
 
 		 250 aa  95.9  5e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.937365  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1892  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.94 
 
 		 296 aa  94  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.866168 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.49 
 
 		 292 aa  93.2  4e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.142923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1695  sugar phosphate isomerases/epimerases  25.88 
 
 		 285 aa  89.7  4e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0560599 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0527  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.62 
 
 		 289 aa  89.4  5e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000820487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2692  twin-arginine translocation pathway signal  25.6 
 
 		 300 aa  88.6  9e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2188  xylose isomerase domain-containing protein  28.46 
 
 		 290 aa  87.4  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.686752  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2333  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.56 
 
 		 255 aa  85.5  7e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2156  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.46 
 
 		 241 aa  85.5  7e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5021  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.73 
 
 		 297 aa  85.1  9e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1075  xylose isomerase domain-containing protein  23.75 
 
 		 249 aa  81.6  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4611  xylose isomerase domain-containing protein  30.89 
 
 		 325 aa  80.5  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal  0.241232 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3285  xylose isomerase domain-containing protein  26.74 
 
 		 287 aa  79  0.00000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.515332 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1938  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.19 
 
 		 256 aa  78.6  0.00000000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.00000239688  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0432  xylose isomerase domain-containing protein  27.97 
 
 		 258 aa  77.8  0.0000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0252  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.92 
 
 		 248 aa  77.4  0.0000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3435  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.89 
 
 		 289 aa  77  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2972  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.7 
 
 		 245 aa  74.7  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4404  xylose isomerase domain-containing protein  27.43 
 
 		 250 aa  74.7  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.658574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0574  xylose isomerase domain-containing protein  30.36 
 
 		 254 aa  74.7  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6351  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.95 
 
 		 279 aa  73.9  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3491  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.51 
 
 		 281 aa  73.9  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.642855  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27510  sugar phosphate isomerase/epimerase  28.95 
 
 		 274 aa  73.6  0.000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3167  twin-arginine translocation pathway signal  31.51 
 
 		 326 aa  73.2  0.000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1198  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.69 
 
 		 255 aa  72  0.000000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3498  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  28.09 
 
 		 248 aa  71.6  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.503466  hitchhiker  0.000525778 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0747  xylose isomerase domain-containing protein  26.03 
 
 		 250 aa  70.9  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.123525  normal  0.466968 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5339  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.38 
 
 		 250 aa  69.7  0.00000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00377604  normal  0.870166 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3337  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.57 
 
 		 287 aa  69.7  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.562048  normal  0.679518 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2652  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.91 
 
 		 283 aa  69.7  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000202898  normal  0.140843 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4324  xylose isomerase domain-containing protein  26.11 
 
 		 309 aa  69.3  0.00000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1429  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.31 
 
 		 284 aa  68.9  0.00000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.000000000000502947  normal  0.0400752 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1892  xylose isomerase domain-containing protein  28.88 
 
 		 304 aa  68.6  0.00000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0241791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2705  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.83 
 
 		 287 aa  67  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.917825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3722  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.78 
 
 		 246 aa  66.2  0.0000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0190729 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1595  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.86 
 
 		 284 aa  65.9  0.0000000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1893  xylose isomerase domain-containing protein  27.94 
 
 		 304 aa  65.5  0.0000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0559869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20260  sugar phosphate isomerase/epimerase  27.5 
 
 		 293 aa  65.1  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.239255  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0334  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.29 
 
 		 318 aa  65.1  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.212034  normal  0.78899 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0784  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.08 
 
 		 278 aa  63.2  0.000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.838141 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0425  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.04 
 
 		 243 aa  60.5  0.00000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4110  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.72 
 
 		 324 aa  58.9  0.00000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.719196  hitchhiker  0.00235403 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1628  xylose isomerase domain-containing protein  21.74 
 
 		 319 aa  57.4  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1739  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.12 
 
 		 271 aa  56.2  0.0000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.125041  normal  0.800521 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3333  Myo-inosose-2 dehydratase  26.42 
 
 		 296 aa  55.8  0.0000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22460  sugar phosphate isomerase/epimerase  27.46 
 
 		 282 aa  55.5  0.0000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2336  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.59 
 
 		 245 aa  54.7  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.791708  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3701  hypothetical protein  22.88 
 
 		 259 aa  53.9  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03870  xylose isomerase-like enzyme  31.78 
 
 		 244 aa  54.3  0.000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3397  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.13 
 
 		 251 aa  53.5  0.000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.843177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0365  xylose isomerase domain-containing protein  23.28 
 
 		 284 aa  53.5  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1158  xylose isomerase-like TIM barrel  24.18 
 
 		 253 aa  52  0.000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2541  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.71 
 
 		 252 aa  52.4  0.000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3436  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.04 
 
 		 288 aa  51.2  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4213  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.43 
 
 		 340 aa  50.1  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1346  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.95 
 
 		 301 aa  50.1  0.00003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50050  2-keto-myo-inositol dehydratase  23.78 
 
 		 303 aa  47.4  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.602375  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7800  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.92 
 
 		 301 aa  47  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  23.21 
 
 		 271 aa  47  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2482  oxidoreductase domain-containing protein  33.33 
 
 		 644 aa  44.3  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.230989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0486  putative myo-inositol catabolism protein  25.82 
 
 		 297 aa  43.9  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.425956  normal  0.198393 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1342  Myo-inosose-2 dehydratase  28.09 
 
 		 296 aa  43.9  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1816  xylose isomerase domain-containing protein  24.88 
 
 		 304 aa  43.5  0.003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.670883 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1596  xylose isomerase domain-containing protein  22.96 
 
 		 310 aa  42.7  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0724  AP endonuclease  23.35 
 
 		 306 aa  42.7  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.367793  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1653  AP endonuclease  23.35 
 
 		 306 aa  42.7  0.006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.959785  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0438  hypothetical protein  23.35 
 
 		 306 aa  42.7  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1442  AP endonuclease  23.35 
 
 		 306 aa  42.7  0.006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.609184  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0911  hypothetical protein  23.35 
 
 		 306 aa  42.7  0.006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1324  putative myo-inositol catabolism LolE protein  24.55 
 
 		 308 aa  42.4  0.007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>