138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1893 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1893  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 
304 aa  627  1e-179  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0559869  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1892  xylose isomerase domain-containing protein  91.12 
 
 
304 aa  555  1e-157  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0241791  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1735  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.77 
 
 
286 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.340783  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5021  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.88 
 
 
297 aa  156  5.0000000000000005e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672095  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1892  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.65 
 
 
296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.866168 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00428  Twin-arginine translocation pathway signal  30.28 
 
 
334 aa  142  8e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5169  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.69 
 
 
294 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.193202  normal  0.0119355 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2692  twin-arginine translocation pathway signal  30.88 
 
 
300 aa  136  5e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1628  xylose isomerase domain-containing protein  30.1 
 
 
319 aa  134  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0136  xylose isomerase domain-containing protein  30.11 
 
 
250 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.937365  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0395  xylose isomerase domain-containing protein  30.35 
 
 
252 aa  127  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0482433 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1075  xylose isomerase domain-containing protein  30.55 
 
 
249 aa  125  1e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.21 
 
 
292 aa  123  4e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.142923  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1938  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.54 
 
 
256 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.00000239688  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0334  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.62 
 
 
318 aa  118  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.212034  normal  0.78899 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1695  sugar phosphate isomerases/epimerases  29.37 
 
 
285 aa  118  9.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0560599 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3435  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.33 
 
 
289 aa  117  3e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0527  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.26 
 
 
289 aa  116  5e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000820487  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4611  xylose isomerase domain-containing protein  30.8 
 
 
325 aa  116  5e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal  0.241232 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2156  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.99 
 
 
241 aa  116  6e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1429  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.88 
 
 
284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.000000000000502947  normal  0.0400752 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2705  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.22 
 
 
287 aa  113  5e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.917825  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2652  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.62 
 
 
283 aa  112  8.000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000202898  normal  0.140843 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2188  xylose isomerase domain-containing protein  27.04 
 
 
290 aa  110  4.0000000000000004e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.686752  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3337  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.94 
 
 
287 aa  109  5e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.562048  normal  0.679518 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3491  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.24 
 
 
281 aa  107  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.642855  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11160  sugar phosphate isomerase/epimerase  27.14 
 
 
275 aa  107  2e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0839384 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6351  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.84 
 
 
279 aa  107  3e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2333  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.76 
 
 
255 aa  102  1e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4110  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.82 
 
 
324 aa  101  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.719196  hitchhiker  0.00235403 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3167  twin-arginine translocation pathway signal  29.39 
 
 
326 aa  97.8  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0088  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.92 
 
 
341 aa  95.9  7e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1543  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.85 
 
 
245 aa  95.1  1e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.482416  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3062  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.06 
 
 
287 aa  94.7  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3285  xylose isomerase domain-containing protein  29.72 
 
 
287 aa  91.7  1e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.515332 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1272  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.06 
 
 
287 aa  91.7  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0365  xylose isomerase domain-containing protein  28.21 
 
 
284 aa  87.8  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1158  xylose isomerase-like TIM barrel  27.54 
 
 
253 aa  87  3e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4404  xylose isomerase domain-containing protein  26.46 
 
 
250 aa  85.5  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.658574  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3458  xylose isomerase domain-containing protein  25.29 
 
 
248 aa  83.6  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.463794  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0747  xylose isomerase domain-containing protein  26.07 
 
 
250 aa  82.4  0.000000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.123525  normal  0.466968 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1192  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.17 
 
 
284 aa  81.6  0.00000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1046  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.76 
 
 
287 aa  80.9  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0784  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.91 
 
 
278 aa  80.5  0.00000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.838141 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1198  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.84 
 
 
255 aa  79.3  0.00000000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22460  sugar phosphate isomerase/epimerase  31.65 
 
 
282 aa  78.2  0.0000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20260  sugar phosphate isomerase/epimerase  27.72 
 
 
293 aa  77.8  0.0000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.239255  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1723  xylose isomerase domain-containing protein  32.73 
 
 
253 aa  77.4  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.186177  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4324  xylose isomerase domain-containing protein  29.71 
 
 
309 aa  76.6  0.0000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4327  xylose isomerase domain-containing protein  31.43 
 
 
249 aa  76.3  0.0000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.543415 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1346  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.86 
 
 
301 aa  75.5  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4661  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.97 
 
 
243 aa  73.9  0.000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3498  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  27.73 
 
 
248 aa  72.4  0.000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.503466  hitchhiker  0.000525778 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0425  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.07 
 
 
243 aa  69.7  0.00000000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2406  hypothetical protein  29.31 
 
 
253 aa  68.2  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0720427  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5339  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.93 
 
 
250 aa  67.4  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00377604  normal  0.870166 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1595  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.66 
 
 
284 aa  67.4  0.0000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3722  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.1 
 
 
246 aa  67  0.0000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0190729 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2336  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.7 
 
 
245 aa  65.1  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.791708  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.94 
 
 
253 aa  65.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.446343  normal  0.467472 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0252  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28 
 
 
248 aa  65.1  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.04 
 
 
253 aa  65.1  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43019  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03870  xylose isomerase-like enzyme  27.01 
 
 
244 aa  64.3  0.000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2541  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.82 
 
 
252 aa  62.8  0.000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3701  hypothetical protein  23.9 
 
 
259 aa  61.6  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0574  xylose isomerase domain-containing protein  27.37 
 
 
254 aa  61.6  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27510  sugar phosphate isomerase/epimerase  26.64 
 
 
274 aa  61.2  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0432  xylose isomerase domain-containing protein  22.9 
 
 
258 aa  60.8  0.00000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1238  putative myo-inositol catabolism protein  33.1 
 
 
309 aa  60.8  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1739  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.64 
 
 
271 aa  60.8  0.00000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.125041  normal  0.800521 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1521  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.49 
 
 
294 aa  56.2  0.0000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1301  xylose isomerase domain-containing protein  31.69 
 
 
309 aa  55.5  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0886  xylose isomerase domain-containing protein  23.33 
 
 
254 aa  55.5  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.490019 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1894  xylose isomerase domain-containing protein  30.99 
 
 
309 aa  54.7  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.21993 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1399  xylose isomerase domain-containing protein  30.99 
 
 
309 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1340  xylose isomerase domain-containing protein  30.99 
 
 
309 aa  54.3  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0439  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.62 
 
 
308 aa  54.7  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00988774  normal  0.647818 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1842  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.08 
 
 
287 aa  54.7  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0086  myo-inositol catabolism protein IolE  26.17 
 
 
297 aa  54.3  0.000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5694  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.31 
 
 
300 aa  54.3  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.986609  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0067  xylose isomerase domain-containing protein  27.67 
 
 
318 aa  53.5  0.000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0290166  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0939  xylose isomerase-like TIM barrel  30.99 
 
 
309 aa  53.1  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00907131  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1421  xylose isomerase domain-containing protein  30.99 
 
 
309 aa  53.1  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3316  xylose isomerase domain-containing protein  30.99 
 
 
309 aa  53.1  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2972  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36 
 
 
245 aa  52.8  0.000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4565  xylose isomerase-like TIM barrel  30.99 
 
 
309 aa  52.8  0.000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0833957  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  28.37 
 
 
271 aa  51.6  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4055  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.08 
 
 
297 aa  52  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3333  Myo-inosose-2 dehydratase  28.06 
 
 
296 aa  50.8  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5989  xylose isomerase domain-containing protein  23.02 
 
 
312 aa  50.1  0.00005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63499  normal  0.171061 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1717  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.71 
 
 
275 aa  49.7  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.393807 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2932  xylose isomerase domain-containing protein  30.28 
 
 
308 aa  49.3  0.00008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.688703 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4213  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.15 
 
 
340 aa  48.9  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3397  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.73 
 
 
251 aa  48.9  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.843177  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2325  xylose isomerase domain-containing protein  23.84 
 
 
303 aa  47.8  0.0002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3436  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.53 
 
 
288 aa  47.8  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4190  xylose isomerase-like TIM barrel  33.33 
 
 
371 aa  47.4  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.720259  hitchhiker  0.00898811 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3346  xylose isomerase-like TIM barrel  28.19 
 
 
297 aa  47.4  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0217845  normal  0.180586 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3328  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.53 
 
 
346 aa  47.8  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.273118  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1342  Myo-inosose-2 dehydratase  29.17 
 
 
296 aa  47.4  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>