206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5867 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5867  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 295 aa  610  9.999999999999999e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.102013  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  92.54 
 
 		 295 aa  560  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.263775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.49 
 
 		 282 aa  171  1e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  37.56 
 
 		 268 aa  152  8e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  35.66 
 
 		 290 aa  127  3e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  34.8 
 
 		 293 aa  116  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.3 
 
 		 289 aa  116  5e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4538  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.36 
 
 		 281 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.535239 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.22 
 
 		 283 aa  113  4.0000000000000004e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.22 
 
 		 290 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.25 
 
 		 290 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.74 
 
 		 262 aa  109  5e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.1 
 
 		 275 aa  108  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  34.06 
 
 		 295 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  31.22 
 
 		 289 aa  107  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  34.06 
 
 		 295 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.11 
 
 		 288 aa  106  6e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12330  sugar phosphate isomerase/epimerase  33.2 
 
 		 288 aa  106  6e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.205248  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  34.7 
 
 		 270 aa  104  1e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.77 
 
 		 283 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.74 
 
 		 285 aa  104  2e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  43.59 
 
 		 278 aa  99  1e-19  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30 
 
 		 293 aa  97.1  3e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  30.37 
 
 		 295 aa  95.9  7e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1251  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.79 
 
 		 274 aa  94.4  2e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.725023  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3635  xylose isomerase domain-containing protein  30.04 
 
 		 282 aa  92.8  6e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4045  xylose isomerase domain-containing protein  25.63 
 
 		 283 aa  90.9  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  29.36 
 
 		 297 aa  91.3  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  27.93 
 
 		 283 aa  90.5  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5314  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30 
 
 		 282 aa  90.1  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.98 
 
 		 264 aa  89.7  5e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4619  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.06 
 
 		 282 aa  87.8  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154569  normal  0.87312 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0533  xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.24 
 
 		 282 aa  85.9  8e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.605213  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1263  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.46 
 
 		 297 aa  82  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.39 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.65 
 
 		 279 aa  81.3  0.00000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0259  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.03 
 
 		 294 aa  80.1  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1528  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.35 
 
 		 264 aa  79.7  0.00000000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0288  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.52 
 
 		 294 aa  77.8  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3944  AP endonuclease  26.69 
 
 		 285 aa  76.6  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0718494  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1808  AP endonuclease  25.38 
 
 		 262 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01291  predicted enzyme  25.38 
 
 		 262 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.38 
 
 		 262 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.297697  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01302  hypothetical protein  25.38 
 
 		 262 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1429  AP endonuclease  25.38 
 
 		 262 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3174  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.88 
 
 		 283 aa  73.6  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1959  AP endonuclease, family 2  25 
 
 		 262 aa  72.8  0.000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0839995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2311  xylose isomerase domain-containing protein  25.38 
 
 		 262 aa  72.4  0.000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1524  AP endonuclease  25 
 
 		 262 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2160  xylose isomerase domain-containing protein  25.62 
 
 		 262 aa  70.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.26775 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1969  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.42 
 
 		 270 aa  68.6  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.85 
 
 		 286 aa  67.4  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0394614 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.81 
 
 		 303 aa  67.4  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8563  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 278 aa  67  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0314267  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3750  fructoselysine 3-epimerase  24.69 
 
 		 276 aa  66.6  0.0000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238004  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1174  hydroxypyruvate isomerase  25.73 
 
 		 262 aa  66.2  0.0000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.970176  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03223  predicted isomerase  24.69 
 
 		 276 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.69 
 
 		 276 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03175  hypothetical protein  24.69 
 
 		 276 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3568  fructoselysine 3-epimerase  24.69 
 
 		 276 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0340  fructoselysine 3-epimerase  24.69 
 
 		 276 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.452792 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4684  fructoselysine 3-epimerase  24.27 
 
 		 275 aa  63.5  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1981  xylose isomerase domain-containing protein  24.43 
 
 		 287 aa  63.2  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1112  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.3 
 
 		 259 aa  63.2  0.000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3842  fructoselysine 3-epimerase  24.27 
 
 		 276 aa  63.2  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0531  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.05 
 
 		 258 aa  63.2  0.000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.47 
 
 		 258 aa  62.8  0.000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2842  Hydroxypyruvate isomerase  26.2 
 
 		 271 aa  62.8  0.000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0814661  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2613  hydroxypyruvate isomerase  25.73 
 
 		 267 aa  62  0.00000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  26.01 
 
 		 256 aa  62.4  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.09 
 
 		 282 aa  61.6  0.00000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  35.2 
 
 		 250 aa  61.2  0.00000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1902  xylose isomerase domain-containing protein  33.99 
 
 		 299 aa  58.9  0.00000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3113  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.73 
 
 		 256 aa  58.9  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.787534  normal  0.440249 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3261  hypothetical protein  33.33 
 
 		 282 aa  57  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.879119  normal  0.639309 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2425  hydroxypyruvate isomerase  27.32 
 
 		 262 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2260  hydroxypyruvate isomerase  27.32 
 
 		 262 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.654587  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2300  hydroxypyruvate isomerase  27.32 
 
 		 262 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.946761  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  24.24 
 
 		 259 aa  56.2  0.0000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3564  xylose isomerase domain-containing protein  32.78 
 
 		 257 aa  55.8  0.0000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0379741  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31430  Xylose isomerase-like TIM barrel protein, probably inolved in myo-inositol catabolism  36.73 
 
 		 262 aa  55.8  0.0000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.161007  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1980  xylose isomerase domain-containing protein  23.55 
 
 		 274 aa  54.7  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2604  xylose isomerase domain-containing protein  31.09 
 
 		 271 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4202  hydroxypyruvate isomerase  27.43 
 
 		 268 aa  54.7  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.407118 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4771  AP endonuclease  26.8 
 
 		 280 aa  53.9  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000229139  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4680  AP endonuclease  26.29 
 
 		 280 aa  53.9  0.000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.110375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4453  AP endonuclease  26.8 
 
 		 280 aa  53.9  0.000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000121679  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3803  xylose isomerase domain-containing protein  26.8 
 
 		 280 aa  53.9  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.465718  normal  0.675861 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29590  sugar phosphate isomerase/epimerase  35.78 
 
 		 739 aa  52.8  0.000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6726  putative endonuclease protein  27.34 
 
 		 285 aa  52.8  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.416579  normal  0.564821 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29070  sugar phosphate isomerase/epimerase  33.79 
 
 		 288 aa  52.8  0.000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04075  conserved hypothetical protein  26.29 
 
 		 280 aa  52.8  0.000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0808004  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04037  hypothetical protein  26.29 
 
 		 280 aa  52.8  0.000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0687839  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4572  hydroxypyruvate isomerase  27.71 
 
 		 258 aa  52.8  0.000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0168162 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1496  xylose isomerase domain-containing protein  23.94 
 
 		 279 aa  52.8  0.000008  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00334669  normal  0.969169 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4163  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 		 257 aa  52  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4228  xylose isomerase domain-containing protein  30.47 
 
 		 268 aa  51.6  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4194  xylose isomerase-like TIM barrel  23.89 
 
 		 334 aa  51.6  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00304718 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2461  hydroxypyruvate isomerase  29.17 
 
 		 269 aa  51.2  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.731976  normal  0.599526 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5294  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.31 
 
 		 265 aa  51.2  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111966  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>