71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_4680 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_4680  AP endonuclease  100 
 
 		 280 aa  573  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.110375  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04037  hypothetical protein  97.5 
 
 		 280 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0687839  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04075  conserved hypothetical protein  97.5 
 
 		 280 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0808004  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3803  xylose isomerase domain-containing protein  97.5 
 
 		 280 aa  561  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.465718  normal  0.675861 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4771  AP endonuclease  97.86 
 
 		 280 aa  563  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000229139  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4453  AP endonuclease  97.5 
 
 		 280 aa  561  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000121679  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4176  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  54.42 
 
 		 394 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346853  hitchhiker  0.000695283 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  54.47 
 
 		 296 aa  286  2e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1856  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  51.57 
 
 		 292 aa  275  5e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3334  xylose isomerase domain-containing protein  50.55 
 
 		 277 aa  273  2.0000000000000002e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0615  xylose isomerase domain-containing protein  50.52 
 
 		 296 aa  266  2.9999999999999995e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  49.08 
 
 		 276 aa  262  4.999999999999999e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.2281  hitchhiker  0.0000101278 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4011  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  48.35 
 
 		 276 aa  259  3e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1719  hypothetical protein  43.7 
 
 		 293 aa  209  3e-53  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3593  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  44.32 
 
 		 265 aa  209  6e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.244317  normal  0.215314 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4007  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.16 
 
 		 269 aa  204  1e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4583  xylose isomerase domain-containing protein  40.22 
 
 		 278 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2459  xylose isomerase domain-containing protein  43.02 
 
 		 292 aa  191  8e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0140499  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3367  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.07 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0558916 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6262  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.83 
 
 		 278 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0689378  normal  0.603305 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2423  xylose isomerase domain-containing protein  41.48 
 
 		 285 aa  187  2e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0964314  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1079  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  39.63 
 
 		 266 aa  186  4e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6726  putative endonuclease protein  42.46 
 
 		 285 aa  186  4e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.416579  normal  0.564821 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3414  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.01 
 
 		 286 aa  185  6e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2853  xylose isomerase domain-containing protein  41.26 
 
 		 274 aa  182  5.0000000000000004e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29070  sugar phosphate isomerase/epimerase  39.11 
 
 		 288 aa  181  8.000000000000001e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0137  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.6 
 
 		 276 aa  181  9.000000000000001e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2882  xylose isomerase domain-containing protein  45.15 
 
 		 276 aa  181  1e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2019  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  43.51 
 
 		 290 aa  180  2.9999999999999997e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.834913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1107  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.02 
 
 		 273 aa  179  2.9999999999999997e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.31 
 
 		 274 aa  179  5.999999999999999e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.362033  normal  0.0199285 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2177  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.55 
 
 		 279 aa  166  4e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000702324 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06440  sugar phosphate isomerase/epimerase  37.85 
 
 		 300 aa  162  6e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0895  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.26 
 
 		 298 aa  144  1e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0606369  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2394  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.53 
 
 		 316 aa  70.9  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.515446  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3702  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.49 
 
 		 313 aa  70.1  0.00000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.909161  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  26.03 
 
 		 293 aa  62  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4228  xylose isomerase domain-containing protein  30.16 
 
 		 268 aa  60.1  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  26.09 
 
 		 295 aa  55.5  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4045  xylose isomerase domain-containing protein  24.29 
 
 		 283 aa  55.1  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  28.24 
 
 		 295 aa  54.7  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  28.24 
 
 		 295 aa  54.7  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1876  xylose isomerase domain-containing protein  26.82 
 
 		 264 aa  53.9  0.000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0739188 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3597  xylose isomerase domain-containing protein  27.61 
 
 		 270 aa  53.1  0.000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.791675  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2613  hydroxypyruvate isomerase  25.75 
 
 		 267 aa  53.5  0.000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1807  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.23 
 
 		 277 aa  52.4  0.000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1896  xylose isomerase-like TIM barrel  26.26 
 
 		 264 aa  52.8  0.000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.31703  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1942  xylose isomerase domain-containing protein  26.26 
 
 		 264 aa  52.8  0.000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.98 
 
 		 258 aa  51.2  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.61 
 
 		 275 aa  50.4  0.00003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  23.68 
 
 		 272 aa  50.4  0.00003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2495  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 		 261 aa  50.4  0.00003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4709  myo-inositol catabolism protein  24.14 
 
 		 277 aa  49.7  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0492702  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.1 
 
 		 264 aa  48.5  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  30.6 
 
 		 290 aa  48.9  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  23.2 
 
 		 270 aa  47.4  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.85 
 
 		 282 aa  46.6  0.0004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.55 
 
 		 295 aa  45.8  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.263775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12330  sugar phosphate isomerase/epimerase  27.27 
 
 		 288 aa  45.4  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.205248  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5867  xylose isomerase domain-containing protein  26.29 
 
 		 295 aa  45.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.102013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3840  xylose isomerase domain-containing protein  24.32 
 
 		 280 aa  45.1  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.479073 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1969  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.83 
 
 		 270 aa  45.1  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  25.27 
 
 		 268 aa  43.5  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0533  xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.43 
 
 		 282 aa  43.1  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.605213  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.08 
 
 		 290 aa  43.5  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4578  xylose isomerase domain-containing protein  30 
 
 		 137 aa  42.7  0.006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.615471  normal  0.641383 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  26.43 
 
 		 278 aa  42.7  0.006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.43 
 
 		 289 aa  42.7  0.007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  26.27 
 
 		 256 aa  42.7  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  25.68 
 
 		 250 aa  42.4  0.009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7362  xylose isomerase  23.01 
 
 		 326 aa  42.4  0.009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.730487  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>